Mechanikos mokslo institutas yra Mechanikos fakulteto padalinys, kuris buvo įsteigtas 2012 m. birželio 1 d. Vilniaus Gedimino technikos universiteto tarybos nutarimu.
Šiuo metu Mechanikos mokslo institutą sudaro 3 mokslo laboratorijos: Eksperimentinės mechanikos laboratorija, Medžiagų tyrimo laboratorija, Skaitinio modeliavimo laboratorija.
Nuo Mechanikos mokslo instituto įsteigimo iki 2015 09 01 direktoriaus pareigose buvo prof. habil dr. Rimantas Kačianauskas, o nuo 2015 09 01 iki dabar direktoriaus pareigose yra doc. dr. Artūras Kilikevičius.