Fundamentinių mokslų fakultetas Padaliniai Chemijos ir bioinžinerijos katedra Studijos

Chemijos ir bioinžinerijos katedra

Turite klausimų?

susisiekite jums patogiu būdu

Telefonas (8 5) 274 4839

El. paštas crypt:PGEgaHJlZj0ibWFpbHRvOmNoZW1rYXRAdmlsbml1c3RlY2gubHQiPmNoZW1rYXRAdmlsbml1c3RlY2gubHQ8L2E+:xx

Studijos

Anotacijos

Studento vardas, pavardė	Baigiamojo darbo pavadinimas	Baigiamojo darbo vadovas
2024 metų bakalauro baigiamųjų darbų anotacijos
Studento vardas, pavardė Anastasija Kriučkova	Baigiamojo darbo pavadinimas Kapsuliuotos DNR pritaikymas paviršinio vandens tyrimuose	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Rūta Ivanec-Goranina
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe buvo tiriama, ar kapsuliuota DNR yra pritaikoma paviršinio vandens tyrimuose. Literatūrinėje dalyje yra aprašyti hidrologiniai žymikliai, jų rūšys, privalumai ir trūkumai. Aptariami sintetinės DNR žymikliai, išskiriant jų privalumus ir trūkumus, aprašoma kapsuliavimo svarba ir atlikti tyrimai su kapsuliuota DNR, naudojant ją kaip žymiklį hidrologiniuose tyrimuose. Taip pat aptariama DNR sintezės schema, naudojant realaus laiko polimerazinę grandininę reakciją ir kuo šis metodas skiriasi nuo paprasto PCR. Metodinėje dalyje pateikiamos baigiamajame darbe naudotos medžiagos, įranga ir naudoti tyrimo metodai. Nustatytas kapsulių dydis yra 9,9 µm. Buvo atlikti stabilumo tyrimai, kurių metu nustatyta, kad kapsulės kalcio chlorido tirpale yra stabilios 8 dienas ir kad geriausias kapsulių stabilumas stebimas 4–5 dienomis. Buvo atlikti 5 lauko eksperimentai, kurių metu buvo aptiktos skirtingos DNR koncentracijos, todėl galima daryti išvadą, kad kapsuliuota sintetinė DNR yra pritaikoma ir tinkama paviršinio vandens tyrimuose. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai, išvados , literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 44 p. teksto be priedų, 29 iliustr., 2 lent., 52 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Sintetinės DNR žymikliai, hidrologiniai žymikliai, kapsuliavimas, realaus laiko polimerazinė grandininė reakcija. Anotacija (užsienio k.) This Bachelors thesis investigates if the encapsulated DNA is applicable in surface water research. The literature review discusses hydrological tracers, their types, also their advantages and disadvantages. Also synthetic DNA markers are discussed, highlighting their advantages and disadvantages. This part of the thesis also describes the synthetic DNA markers' importance of encapsulation, and the studies, that were performed with encapsulated DNA, while using it as a marker in hydrological research. Additionally the scheme of DNA synthesis, using a real-time polymerase chain reaction, and how it differs from the simple PCR, is discussed.In the methodology section the materials, equipment and research methods, used in this study, are presented. The size of the capsules was determined to be 9.9 µm. During the stability tests it was determined, that capsules in Calcium Chloride are stable for 8 days, and that the best capsule stability is observed on 4-5 days. Five experiments were carried out on field, in which there were different concentrations of DNA found, which lets us conclude that encapsulated synthetic DNA is applicable and viable in research of surface waters. The thesis consists of 6 parts: introduction, literature review, materials and methods, results, conclusions, reference list. The volume of the thesis is 44 p. of text without appendices, 29 illustrations, 2 tables, 52 bibliographic sources. Raktiniai žodžiai: Synthetic DNA markers, hydrological tracers, encapsulation, real-time polymerase chain reaction.
Studento vardas, pavardė Daniel Doval	Baigiamojo darbo pavadinimas Kraujyje cirkuliuojančių uždegiminių veiksnių ryšys su pooperacinėmis komplikacijomis po skrandžio vėžio operacijų	Baigiamojo darbo vadovas dr. Neringa Dobrovolskienė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe nagrinėjamos kraujyje cirkuliuojančių uždegiminių veiksnių ryšys su pooperacinėmis komplikacijomis po skrandžio vėžio operacijų. Pasinaudojant ELISA metodu buvo apskaičiuotos CD14 ir LBP koncentracijos kraujo serume ir statistiniais metodais buvo ieškomos sąsąjos tarp jų ir pooperacinių komplikacijų, tačiau statistiškai reikšmingų duomenų tarp jų nerasta. Taip pat šiame darbe lyginti cirkuliuojantys uždegiminiai veiksniai CD14 ir LBP tarpusavyje, buvo apskaičiuota koreliacija tarp jų, kuri yra vidutinė teigiama. Pacientai taip pat buvo skirstomi pagal prehabilitaciją ir atsaką į neoadjuvantinę chemoterapiją. Buvo nustatyti statistiškai reikšmingi duomenys skirstant pacientus pagal prehabilitaciją. Atlikus išsamią statistinę analizę buvo gauti statistiškai reikšmingi duomenys, kurie parodė, kad prehabilituoti pacientai labiau toleravo neoadjuvantinę chemoterapiją bei turėjo geresnį atsaką į jį. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 53 p. teksto be priedų, 18 iliustr., 4 lent., 28 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: CD14, cirkuliuojantys uždegiminiai veiksniai, ELISA, imuninis atsakas, LBP, pooperacinės komplikacijos, prehabilitacija, rezekcinė operacija, skrandžio vėžys, statistinė analizė. Anotacija (užsienio k.) The final thesis of the bachelor thesis deals with the association of circulating inflammatory factors in the blood with post-operative complications after gastric cancer surgery. Serum levels of CD14 and LBP were calculated using ELISA and statistical methods were used to look for associations between them and postoperative complications, but no statistically significant data were found. Also in this study, the circulating inflammatory factors CD14 and LBP were compared with each other, and the correlation between them was calculated to be moderate positive. Patients were also stratified according to prehabilitation and response to neoadjuvant chemotherapy. Statistical significance was found when stratifying patients by prehabilitation. A detailed statistical analysis showed statistically significant data, which showed that prehabilitated patients had a better tolerance and response to neoadjuvant chemotherapy. The thesis consists of six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, and reference list. The thesis consists of 53 pages of text without appendices, 18 illustrations, 4 tables, 28 bibliographic sources Raktiniai žodžiai: CD14, circulating inflammatory factors, ELISA, immune response, LBP, postoperative complications, prehabilitation, resection surgery, gastric cancer, statistical analysis.
Studento vardas, pavardė Indrė Bernatavičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Trikomponenčių ?-karotenu įkapsuliuotų dalelių antioksidacinio aktyvumo stabilumo tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) Beta karotenas – organinis raudonai oranžinės spalvos pigmentas, priklausantis karotenoidų šeimai. Jis gali būti naudojamas maisto ir farmacijos pramonėje. Tačiau beta karotenas yra nestabilus ir jautrus aplinkos pokyčiams bei yra hidrofobinis junginys, kuris netirpsta vandenyje, todėl tampa jį sunkiau pritaikyti minėtose pramonės srityse. Siekiant įveikti šiuos apribojimus, kuriamos įvairios pernašos sistemos. Šiame baigiamajame darbe atlikta beta karoteno ir 2-hidroksipropil-?-ciklodekstrino įtarpos kompleksų, kurie papildomai dengti skirtingo tipo pektinais (pektino rūgštimi, žemo arba aukšto esterifikacijos laipsnio pektinu), sintezė – gautos trikomponentės dalelės. ABTS, DPPH ir FRAP metodais įvertintas trikomponenčių dalelių ir įtarpos kompleksų antioksidacinis aktyvumas, laikant daleles skirtingomis sąlygomis – 4 °C temperatūroje tamsoje, kambario temperatūroje tamsoje, kambario temperatūroje šviesoje, 37 °C temperatūroje tamsoje bei 60 ir 95 °C temperatūroje tamsoje. Įvertinus antioksidacinio aktyvumo kitimą pastebėta, kad įtarpos kompleksų papildomas dengimas, ar dengimui naudoto pektino tipas bei pH, didėlės įtakos neturi. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, tyrimo metodika, tyrimo rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 57 p. teksto be priedų, 26 iliustr., 5 lent., 39 bibliografiniai šaltiniai. 2 priedai. Raktiniai žodžiai: Beta karotenas, 2-hidroksipropil-?-ciklodekstrinas, pektinas, įtarpos kompleksai, trikomponentės dalelės, antioksidacinis aktyvumas, ABTS, DPPH, FRAP Anotacija (užsienio k.) Beta-carotene, an organic red-orange pigment that belongs to the carotenoid family, it is an important molecule for human health. It can be used in food and pharmaceutical industries. However, beta-carotene is also unstable to environmental changes and is a hydrophobic compound that does not dissolve in water, which makes it difficult to apply it industrially. Various transmission systems are being developed to overcome these limitations. In this work, the synthesis of beta-carotene and 2-hydroxypropyl-?-cyclodextrin inclusion complexes, which were additionally coated using different types of pectin (pectic acid, low or high degree of esterification pectin), was performed - three-component particles were obtained. ABTS, DPPH and FRAP assayes were performed to evaluate antioxidant activity of three-component particles and inclusion complexes that were stored under different conditions at 4 °C, room temperature, 37 °C in the dark also at room temperature in the light and 60 and 95 °C temperature in the dark. After evaluating the changes of the antioxidant activity, it was observed that the additional coating of inclusion complexes, the type of pectin used for coating and the pH had no significant effect. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consist of: 57 p. text without appendixes, 26 pictures, 5 tables, 39 bibliographical entries. 2 appendixes. Raktiniai žodžiai: Beta carotene, 2-hydroxypropyl-?-cyclodextrin, pectin, inclusion complexes, three-component particles, antioxidant activity, ABTS, DPPH, FRAP
Studento vardas, pavardė Virginija Gubanovaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kompiuteriniai rikiavimo metodai baltymų projektavimui	Baigiamojo darbo vadovas Taisija Dėmčėnko
Anotacija (lietuvių k.) Atsirandant naujoms baltymų inžinerijos technologijoms iškyla poreikis, kaip įvertinti naujai sukurtus baltymus. Atlikti tai laboratorijoje kainuoja žmogiškuosius ir kitus resursus, todėl viena iš potencialių galimybių yra tai patikrinti kompiuteriniais metodais. Kompiuteriniai metodai gali būti įvairūs, nuo evoliucinių, mašiniu mokymosi grįstų metodų iki laisvosios energijos apskaičiavimo. Tačiau kiekvienas įrankis gali turėti savų minusų - sudėtinga naudoti, reikalauja programavimo įgūdžių, komplikuota vertinti rezultatus, reikalauja didelių kompiuterinių resursų. Šiame darbe yra aprašomi dalis kompiuterinių baltymų reitingavimo įrankių ir apžvelgiami rezultatai gauti iš 3 įrankių - EvoEF2, EVmutation ir Pycofitness. Nors gauti rezultatai buvo gana skirtingi ir atsikartojamumo juose buvo nedaug, bet galima vertinti, jog Pycofitness skaičiavimai buvo tiksliausi. Išvados padarytos remiantis naudotos duomenų bazės eksperimentiniais baltymų aktyvumo matavimais. Raktiniai žodžiai: Baltymų dizainas, baltymų inžinerija, kompiuteriniai rikiavimo metodai, baltymų aktyvumas, laisvoji energija, baltymų mutacijos Anotacija (užsienio k.) With the emergence of new protein engineering technologies, there is a need to evaluate newly designed proteins. It costs human and other resources to do this in a laboratory, so one potential of the option is to check it with computer methods. Computational methods can range from evolutionary, machine learning-based methods to free energy calculations. However, each tool can have its own disadvantages - it could be difficult to use, requires programming skills, it is complicated to evaluate the results, and it requires large computer resources. This paper describes some computational protein ranking tools and reviews the results obtained from 3 tools - EvoEF2, EVmutation and Pycofitness. Although the obtained results were quite different and there was little repeatability in them, it can be estimated that the Pycofitness calculations were the most accurate. Conclusions are made based on experimental measurements of protein activity of the used database. Raktiniai žodžiai: Protein design, protein engineering, computational ranking methods, protein activity, free energy, protein mutations
Studento vardas, pavardė Yelyzaveta Gushchyna	Baigiamojo darbo pavadinimas Maisto pramonės atliekų panaudojimas askorbato oksidazės išgavimui	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Jolanta Sereikaitė
Anotacija (lietuvių k.) Askorbato oksidazė (AO) priklauso varį turinčių oksidazių šeimai, jos pagrindinė funkcija - askorbo rūgšties oksidacija į dehidroaskorbo rūgštį, naudojant O2 kaip elektronų akceptorių. Didžiausias AO kiekis aptinkamas moliūginių šeimos augaluose. AO yra ląstelės sienelės fermentas ir dalyvauja su augimu susijusiuose mechanizmuose: ląstelės sienelės komponentų sintezės kontrolėje formuojantis ląstelei, dalyvauja antioksidacinėje apsaugoje. AO yra įdomi dėl jo plataus panaudojimo: kaip reagentas L-askorbo rūgšties kiekiui maiste nustatyti ir kaip reagentas klinikinėje analizėje, taip pat biosensorių kūrimui askorbo rūgšties kiekiui farmaciniuose mėginiuose ir maisto produktuose matuoti, kaip fermentas, kuris gali būti panaudotas kepimo pramonėje ir kaip stiprus sisteminės apsaugos nuo Heterodera schachtii sukeltos cistas sudarančių nematodų infekcijos veiksnys. AO kiekiui nustatyti pasirinktos obuolių maisto pramonės atliekos, nes anksčiau jose buvo rasta kitų oksidazių. Darbe buvo ieškoma tinkamiausių sąlygų AO aktyvumui matuoti: nustatomas optimalus pH ir bangos ilgis, naudojant katecholį kaip substratą. AO išgryninimui buvo naudojami du pirminiai gryninimo būdai, tokie kaip nusodinimas amonio sulfatu ir jonų mainų chromatografija ant DEAE-Sefarozės sorbento, po gryninimo etapų jos aktyvumas buvo patvirtintas naudojant L-askorbo rūgštį, kuri yra tiesioginis substratas AO aktyvumui nustatyti. Raktiniai žodžiai: Askorbato oksidazė, baltymų gryninimas, obuolių maisto pramonės atliekos Anotacija (užsienio k.) Ascorbate oxidase (AO) belongs to the family of multi-copper oxidases, its main function is the oxidation of ascorbic acid to dehydroascorbic acid using O2 as an electron acceptor. The highest content of AO can be found in Cucurbits family. AO is a cell wall enzyme and it takes part in growth-related mechanisms such as control of the synthesis of cell wall components, control of cell elongation and loosening of cell wall during cell expansion and participation in antioxidative defence. AO should be isolated because of its broad uses: as a reagent for analysing L-ascorbic acid content in food and use in clinical analysis, as a biosensor to measure the amount of ascorbic acid in pharmaceutical samples and food, as a food enzyme for utilisation in baking and cereal-based procedures, as potent systemic defence priming agent against cyst nematode infection caused by Heterodera schachtii. Apple food industry waste is chosen for the determination of AO content, due to the previous findings of other oxidases in its content. The search for the most appropriate conditions for measuring AO activity in its content is performed, as determination of pH optimum and wavelength choice using catechol as its substrate. Two primary purification techniques were used for purifying AO, such as precipitation with Ammonium Sulphate and Ion-exchange chromatography on DEAE-Sepharose sorbent, after purification steps, its activity was confirmed with L-Ascorbic acid that is a direct substrate for determining AO activity. Raktiniai žodžiai: Ascorbate oxidase, protein purification, apple food industry waste
Studento vardas, pavardė Mariia Goman	Baigiamojo darbo pavadinimas Struktūra pagrįsto G baltymų ir mažųjų GTPazių filogenetinio medžio sudarymas	Baigiamojo darbo vadovas Taisija Dėmčėnko
Anotacija (lietuvių k.) Šiame darbe sukonstruoti ir išanalizuoti G baltymų ir mažųjų GTPazių filogenetiniai medžiai, pagrįsti duomenų rinkinių seka ir struktūra. Jei duomenų bazėse nėra baltymų struktūrų, jos prognozuojamos naudojant AlphaFold prieš sudarant struktūra pagrįstus filogenetinius medžius. Kiekvieno baltymų duomenų rinkinio sekomis ir struktūromis pagrįsti medžiai lyginami taikant ultrametriškumo, Robinsono-Fouldso metriką ir vizualiai apžiūrint medžius pagal dabartines baltymų klasifikacijas. Pateikiami pasiūlymai, kaip patobulinti dabartinę baltymų klasifikaciją remiantis sukonstruotais struktūra pagrįstais filogenetiniais medžiais. Darbą sudaro: Įvadas, Literatūros apžvalga, Medžiagos ir metodai, Rezultatai ir aptarimas, Išvados, Literatūros šaltiniai. Darbo apimtis 55 psl. teksto ir priedai, 15 iliustr., 3 lent., 60 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: filogenetinio medžio konstravimas, G baltymai, mažos GTPazės, struktūra pagrįstas filogenetinis medis. Anotacija (užsienio k.) The sequence- and structure-based phylogenetic trees of G proteins and small GTPases datasets are constructed and analyzed in this work. If the protein structures are not available in the databases, they are predicted with AlphaFold prior to structure-based phylogenetic trees construction. The sequence- and structure-based trees for each protein dataset are compared using ultrametricity, Robinson-Foulds metric, and visual inspection of the trees according to current protein classifications. The suggestions for improving the current protein classification based on the constructed structure-based phylogenetic trees are proposed. Structure: Introduction, Literature review, Materials and methods, Results and discussion, Conclusion, References. Thesis consists of: 55 pages of text plus appendices, 15 figures, 3 tables, 60 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: phylogenetic tree construction, G proteins, small GTPases, structure-based phylogenetic tree.
Studento vardas, pavardė Nazgul Kaldybek	Baigiamojo darbo pavadinimas Biologinių mėginių, užšaldytų greitojo užšaldymo būdu, kokybės patikrinimo metodų kūrimas	Baigiamojo darbo vadovas Daniel Naumovas
Anotacija (lietuvių k.) VILNIAUS GEDIMINO TECHNIKOS UNIVERSITETAS FUNDAMENTINIŲ MOKSLŲ FAKULTETAS CHEMIJOS IR BIOINŽINERIJOS KATEDRA Pirmos pakopos studijų programa Tema: GREITAI UŽŠALDYTŲ BIOLOGINIŲ MĖGINIŲ KOKYBĖS KONTROLĖS METODŲ KŪRIMAS Autorius: Nazgul Kaldybek Vadovas: Daniel Naumovas Kalba: Anglų Santrauka: Šiame tyrime buvo sukurti greitai užšaldytų biologinių mėginių – limfmazgių biopsijų – kokybės kontrolės metodai. Išspręsta problema – standartizuotų tokių mėginių kokybės kontrolės metodų trūkumas, dėl kurio duomenys gali būti nepatikimi. Tyrime buvo naudojama spektrofotometrija koncentracijai ir priemaišoms matuoti, o Agilent 2100 Bioanalyzer instrumentas – RNR vientisumui nustatyti. Buvo sukurtas qPCR pradmenų dizainas, o reakcijos parametrai optimizuoti DNR vientisumui įvertinti. Rezultatai parodė, kad greitas užšaldymas reikšmingai nepablogina DNR ir RNR kokybės limfmazgių mėginiuose. Rekomendacijos apima DNR ir RNR gryninimo protokolų optimizavimą ir didesnių mėginių imčių taikymą būsimiems tyrimams. Duomenys: • Skyriai: 6 • Apimtis: 39 puslapiai • Paveikslai: 13 • Lentelės: 2 • Literatūros sąrašas: 65 Raktiniai žodžiai: Reikšminiai žodžiai: biobankai, DNR integralumas, greitas šaldymas, kokybės kontrolė, limfmazgių biopsijos, RNR integralumas Anotacija (užsienio k.) VILNIUS GEDIMINAS TECHNICAL UNIVERSITY FACULTY OF FUNDAMENTAL SCIENCES DEPARTMENT OF CHEMISTRY AND BIOENGINEERING First Cycle Study Program Topic: DEVELOPMENT OF QUALITY CONTROL METHODS FOR FAST FROZEN BIOLOGICAL SAMPLES Author: Nazgul Kaldybek Supervisor: Daniel Naumovas Language: English Summary: In this study, the methods for the quality control of fast-frozen biological samples, particularly lymph node biopsies, were developed. The problem addressed is the lack of standardized quality control methods for such samples, which can lead to unreliable data. The research utilized spectrophotometry for measuring concentrations and impurities, and an Agilent 2100 Bioanalyzer instrument for RNA integrity. qPCR assays have been designed and the reaction parameters optimized for DNA integrity evaluation. Results indicated that fast freezing does not significantly degrade the quality of DNA and RNA in lymph node samples. Recommendations include optimizing DNA and RNA purification protocols and using larger sample sizes for future studies. Details: • Sections: 6 • Scope: 39 pages • Illustrations: 13 • Tables: 2 • References: 65 Raktiniai žodžiai: Keywords: biobank, DNA integrity, fast freezing, lymph node biopsies, quality control, RNA integrity
Studento vardas, pavardė Miras Anarkul	Baigiamojo darbo pavadinimas Oro valymui lašeliniame biofiltre naudojamos įkrovos mikrobiologiniai tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Alvydas Zagorskis
Anotacija (lietuvių k.) . Raktiniai žodžiai: . Anotacija (užsienio k.) VILNIUS GEDIMINIAS TECHNICAL UNIVERSITY FACULTY OF FUNDAMENTAL SCIENCES DEPARTMENT OF CHEMISTRY AND BIOENGINEERING First Cycle Study Program Topic: MICROBIOLOGICAL RESEARCH OF THE PACKING MATERIAL USED FOR AIR PURIFICATION IN THE TRICKLING BIOFILTER Author: Miras Anarkul Supervisor: Alvydas Zagorskis Language: English Summary: This study evaluates the microbiological aspects of packing materials used in trickling biofilters, demonstrating their effectiveness in supporting diverse microbial communities crucial for pollutant degradation. The study highlights the complex interactions between microorganisms and their degradation roles, influenced by factors like temperature, humidity, and the physicochemical properties of the packing material. These insights are pivotal for optimizing the design and operation of biotrickling filters for improved air purification and environmental sustainability. Details: •Sections: 5 •Scope: 33 pages •Illustrations: 15 •Tables: 3 •References: 38 Raktiniai žodžiai: Nutrient-solution tank, pollutant supply chamber, air pump, nozzle, circulating pump, extractor fan, biofilter, acetone concentration, adsorption, absorption
Studento vardas, pavardė Alper Melih Ucar	Baigiamojo darbo pavadinimas Antibiotikams atsparių bakterijų tyrimas žemės ūkio mėginiuose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Juliana Lukša
Anotacija (lietuvių k.) Šiuolaikiniuose žemės ūkio kraštovaizdžiuose mikrobų dinamika ganyklų ekosistemose yra labai svarbi norint suprasti bendrą ekologinę būklę ir galimas grėsmes gyvūnų ir žmonių sveikatai. Beveik 40% šiuo metu žinomų patogenų, užkrečiančių gyvulius, taip pat užkrečia ir žmones. Šio tyrimo tikslas – ištirti antibiotikams atsparių bakterijų (AAB) paplitimą Lietuvos ganyklų ekosistemose, daugiausia dėmesio skiriant dirvožemiui, pašarams ir gėlam vandeniui. Taikant morfologinius ir molekulinius metodus ištirtos ir identifikuotos 123 bakterijų padermės, pasižyminčios atsparumu antibiotikams. Tyrimas atskleidė didesnį atsparių antibiotikams bakterijų paplitimą dirvožemio mėginiuose – 41,64%. Didžiausias atsparumas antibiotikams ampicilinui nustatytas 45,53% padermių. Darbe nustatyta 17 skirtingų antibiotikams atsparių bakterijų genčių. Dauguma aptiktų antibiotikams atsparių bakterijų priklauso Enterobacter, Acinetobacter ir Bacillus gentims. Darbą sudaro: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 46 p. teksto be priedų, 10 iliustr., 4 lent., 81 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Antibiotikams atsparios bakterijos, Atsparumas antibiotikams ūkiuose, Bakterijų identifikavimas. Anotacija (užsienio k.) In contemporary agricultural landscapes, the microbial dynamics within pastoral ecosystems are pivotal for understanding the overall ecological conditions and potential threats to animal and human health. Almost 40% of the pathogens currently known to infect livestock are also infectious to humans. This study aims to investigate the antibiotic-resistant bacteria (ARBs) in Lithuanian farmland ecosystems, focusing on soil, feed, and freshwater. A total of 123 bacterial strains showing resistance to antibiotics were identified using morphological and molecular methods. The investigation revealed a higher prevalence of ARBs in soil samples, with 41,64% of identified strains. The highest resistance rate was revealed to ampicillin, with 45,53% of strains. 17 different antibiotic-resistant bacteria genera were identified, with the most prevalent belonging to Enterobacter, Acinetobacter and Bacillus genera. This thesis consists of the introduction, review of the literature, materials and methods, result and discussion, conclusions, references. This thesis consists of 46 pages without appendixes, 10 pictures, 4 tables, 81 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Antibiotic-Resistant Bacteria, Antibiotic Resistance in Farmlands, Bacteria Identification.
Studento vardas, pavardė Dominyka Jančiūraitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Menstruacinio kraujo mezenchiminių kamieninių ląstelių morfologinis ir funkcinis charakterizavimas fizioksijos sąlygomis	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eiva Bernotienė
Anotacija (lietuvių k.) Menstruacinis kraujas – vienas unikaliausių mezenchiminių kamieninių ląstelių (MKL) šaltinių, iš kurio ląstelės gaunamos natūraliai, neinvaziniu būdu, periodiškai bei nesukeliant jokių etinių problemų. Nuo pat šio MKL šaltinio atradimo, eksperimentai su menstruacinio kraujo mezenchimines kamieninėmis ląstelėmis (MenKL) atliekami įprastomis laboratorinėmis sąlygomis, kurios yra nutolusios nuo natūralios MenKL aplinkos. Siekiant naudoti MenKL terapiniais ir diagnostiniais tikslais, svarbu įvertinti kultivavimo sąlygų įtaką ląstelių savybėms. Darbo metu nustatyta, kad hiperoksinės (laboratorinės, 21% O2) ir fizioksinės (natūralios, 5% O2) sąlygos turėjo įtakos MenKL proliferacijai, morfologijai su senėjimu susijusios ?- galaktozidazės bei MenKL baltymų visumos raiškai. Čia įtakos turėjo fizioksinės sąlygos – jos skatino proliferaciją, slopino ląstelių senėjimą (?- galaktozidazės aktyvumą) bei baltymų, turinčių įtakos diferenciacijai ir senėjimui, raiškos pasikeitimą. Tad, galima teigti, jog skirtingos O2 koncentracijos turi įtakos šių ląstelių savybėms ir funkcijomis, tačiau svarbu pabrėžti, kad ląstelių pokyčiai priklauso ir nuo žmogaus organizmo. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros analizė, metodai ir medžiagos, rezultatų analizė, išvados bei literatūros sąrašas. Darbo apimtis 59 psl. teksto be priedų, 27 iliustracijos, 4 lentelės, 40 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: menstruacinio kraujo mezenchiminės kamieninės ląstelės, hiperoksinės ir fizioksinės sąlygos, diferenciacija, senėjimas, proliferacija, holografinė vaizdinimo įranga, proteomika. Anotacija (užsienio k.) Menstrual blood is one of the most unique sources of mesenchymal stem cells (MSC), from which cells are obtained naturally, non-invasively, periodically and without any ethical problems. Since the discovery of this MSC source, experiments with menstrual blood- derived mesenchymal stem cells (MenSCs) have been conducted under standard laboratory conditions, which differ from the natural environment of MenSCs. In order to use MenSCs for therapeutic and diagnostic purposes, it is important to evaluate the influence of cultivation conditions on cell properties. This study determined that hyperoxic (laboratory, 21% O2) and physioxic (natural, 5% O2) conditions influenced the proliferation, morphology, senescence-associated ?-galactosidase activity, and total protein expression of MenSCs. Physioxic conditions promoted proliferation, inhibited cellular senescence (?-galactosidase expression) and increased the expression of proteins associated with differentiation and aging. Therefore, it can be concluded that different O2 concentrations affect the properties and functions of these cells, but it is important to note, that cellular changes also depend on the human body. The thesis consists of 6 parts: introductions, literature analysis, methods and materials, results analysis, conclusions and literature list. Scope of work: 59 pages text without appendices, 27 illustrations, 4tables, 40 bibliographic sources. Raktiniai žodžiai: menstrual blood- derived mesenchymal stem cells, hyperoxic and physioxic conditions, differentiation, aging, proliferation, digital holographic microscopy, proteomics.
Studento vardas, pavardė Rokas Stumbrys	Baigiamojo darbo pavadinimas Skirtingų vaistų įtakos hipertrofiniams pokyčiams žmogaus kardiomiocitų linjoje vertinimas ir morfologinių pokyčių charakterizavimas holografinės analizės būdu	Baigiamojo darbo vadovas Raminta Vaičiulevičiūtė
Anotacija (lietuvių k.) Širdies ir kraujagyslių ligos, tokios kaip hipertrofija, vis dar yra viena pagrindinių mirties priežasčių pasaulyje, ir vis dar trūksta tinkamų modelių tirti širdies ir kraujagyslių ligoms naudojamus naujus junginius bei jų poveikį pažeistoms ląstelėms. Šiame darbe naudojant AC16 kardiomiocitų ląstelių linijos hipertrofijos modelį buvo morfologiškai bei funkciškai ištirti skirtingų vaistų: doksorubicino (Dox), fenilefrino (Phe), izoproterenolio (Iso) poveikis kardiomiocitams. Patikrintas transmembraninio citokinų receptoriaus gp130 signalinio kelio įtaka kardiomiocitų hipertrofijai. Tirti ląstelių morfologinius pokyčius buvo vertintas vidutinis ląstelių dydis bei vidutinis ląstelių branduolių dydis, vidutinis optinis tūris, vid. perimetras, vidutinis ląstelių plotas, tam didžiausią poveikį turėjo Dox. Funkciškai nustatyta, kad hipertrofijos metu padidėja AC16 ląstelių viduląstelinio kalcio kiekis, sustoja ląstelių proliferacija G2 ciklo fazėje. Norint ištirti gp130 signalinio kelio įtaką hipertrofijai darbe buvo tiriami skirtingi gp130 moduliatoriai RCGD423, SC114, WP1066. Naudojant anksčiau minėtus metodus nustatyta, kad geriausiai AC16 ląstelėse stabdant hipertrofiją veikia RCGD423. Tačiau ELISA metu buvo pastebėtas ryškus širdies nepakankamumo žymens Žmogaus BNP koncentracijos padidėjimas paveiktose ląstelėse. Raktiniai žodžiai: Doksorubicinas (Dox), AC16, Hipertrofija, Holografinė analizė, Gp130, RCGD423. Anotacija (užsienio k.) Cardiovascular diseases, such as hypertrophy, are still one of the leading causes of death worldwide, and there is still a lack of appropriate models to study new compounds used in cardiovascular disease and their effects on damaged cells. In the present work, the effects of different drugs: doxorubicin (Dox), phenylephrine (Phe), isoproterenol (Iso) on cardiomyocytes were morphologically and functionally investigated using the hypertrophy model of the cardiomyocyte cell line AC16. The influence of the transmembrane cytokine receptor gp130 signalling pathway on cardiomyocyte hypertrophy was tested. To investigate cell morphological changes, mean cell size and mean cell nuclei size, mean optical volume, mean perimeter and mean cell area were evaluated. The greatest effect noticed was that of Dox. Functionally, hypertrophy was found to increase the intracellular calcium content of AC16 cells and to stop cell proliferation in the G2 phase of the cycle. To investigate the influence of the gp130 signalling pathway on hypertrophy, different modulators of gp130, RCGD423, SC114, WP1066, were tested. Using the above methods, RCGD423 was found to be the best inhibitor of hypertrophy in AC16 cells. However, ELISA showed a marked increase in the concentration of the heart failure marker Human BNP in the affected cells. Raktiniai žodžiai: Doxorubicin (Dox), AC16, Hypertrophy, Holographic analysis, Gp130, RCGD423.
Studento vardas, pavardė Ieva Lenkutytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kalcio ir magnio jonų šalinimo iš vandens naudojant sapropelį tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Ramunė Albrektienė-Plačakė
Anotacija (lietuvių k.) Kalcio ir magnio jonai yra pagrindiniai vandens kietumą sudarantys elementai. Kalcio ir magnio jonai nekenkia žmonių sveikatai, bet jie gadina vamzdynus bei trumpina elektrininių prietaisų, kurie naudoja vandenį, naudojimo laiką. Įvairių šalių, tarp kurių ir Lietuva, didžioji dalis geriamojo vandens klasifikuojama kaip kietas ir vidutiniškai kietas. Literatūrinėje dalyje aprašomi kalcio ir magnio jonai gamtiniame ir geriamajame vandenyje, jų poveikis sveikatai bei su vandeniu dirbančiams prietaisams, kalcio ir amonio jonų šalinimo iš vandens būdai. Taip pat aprašomas sapropelis, kuris yra vandens tvenkinių dugne susikaupusios organinės nuosėdos. Bakalauro darbe tiriamas kalcio ir magnio jonų šalinimo iš vandens efektyvumas, naudojant sapropelį kaip sorbentą. Tyrimuose naudojamos skirtingos sapropelio dozės (1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40 ir 50 g/L), skirtingos maišymo trukmės (15, 30, 60, 90 ir 120 min) ir skirtingos pH reikšmės (3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 9,5; 10). Atliktuose tyrimuose nustatyta, kad pašarminus vandenį iki pH 9,5 ir maišant 30 min, bendrasis vandens kietumas ir magnio jonų koncentracija, kai sapropelio dozė lygi 3 g/L sumažinami atitinkamai 44,8 % ir 10,81 %, o kalcio jonų koncentracija, kai sapropelio dozė lygi 4 g/L sumažinama 57,95 %. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, tyrimų rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 62 puslapiai, 17 iliustracijų, 5 lentelės, 73 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Vanduo, vandens kietumas, kalcio jonai, magnio jonai, adsorbcija, sapropelis. Anotacija (užsienio k.) Calcium and magnesium ions are the main elements making up water hardness. Calcium and magnesium ions aren‘t harmful to human health, but they calcify pipelines and shorten use time of electronical devices, that interact with water. Various countries, among who is Lithuania, drinking water is classified as hard and medium hard. The literary part describes calcium and magnesium ions in natural and drinking water, their effect on health and water using devices, calcium and magnesium ion removal from water techniques. Also sapropel is described, which is organic sediment found on the bottom of pools of water. Bachelors thesis examines calcium and magnesium ions removal from water efficacy, using sapropel as a sorbent. Experiments used different sapropel doses (1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40 and 50 g/L), different stirring durations (15, 30, 60, 90 and 120 min) and different pH values (3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 9,5; 10). The experiments determined that alkalizing water to 9,5 pH and stirring water with sapropel for 30 min, using the 3 g/L sapropel dose, absolute water hardness (48,8 %) and magnesium ion concentration lessen 44,8 % and 10,81 % respectively, and calcium ion concentration lessens 57,95 % using the 4 g/L sapropel dose. Thesis consists of 6 parts: introduction, literature overview, materials and methods, experimental results and discussion, conclusions, references. Thesis scope – 62 pages, 17 illustrations, 5 tables, 73 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Water, water hardness, calcium ions, magnesium ions, adsorption, sapropel.
Studento vardas, pavardė Gabrielė Kavaliauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Metalų jonais legiruotų fosfatų ir hidroksidų antimikrobinio aktyvumo tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dovilė Vasiliauskienė
Anotacija (lietuvių k.) Pagrindinė problema, su kuria susiduriama ne tik medicinoje, bet ir maisto pramonėje ar medienos apdirbimo srityje, yra mikroorganizmai ir jų sukeliamos ligos. Norint to išvengti, mokslininkai kuria įvairiausias antibakterines medžiagas ir nanodangas. Šio baigiamojo bakalauro darbo tikslas buvo ištirti metalo jonais legiruotų trikalcio fosfatų, gadolinio fosfatų ir hidroksidų su vario ir cinko jonais antimikrobines savybes. Teorinėje dalyje apžvelgiamos medžiagų savybės ir pritaikymo būdai, metalo jonų antimikrobinio veikimo mechanizmai. Metodinėje dalyje aprašomi tyrimo metodai, kurie buvo naudojami gauti rezultatams. Iš gautų rezultatų, buvo padarytos išvados, kad antimikrobinėmis savybėmis prieš Gram-teigiamas ir Gram-neigiamas bakterijas pasižymėjo hidroksidai su vario jonais ir gadolinio fosfatai. Paprastosios pušies medžio mėginiai impregnuoti gadolinio fosfatu, pasižymėjo antifungiciniu aktyvumu. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 46 p. teksto be priedų, 10 paveiksl., 10 lent., 55 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: trikalcio fosfatas, gadolinio fosfatas, hidroksidai, antimikrobinis aktyvumas Anotacija (užsienio k.) The main problem faced not only in medicine, but also in the food industry or in the field of wood processing, are microorganisms and the diseases they cause. To prevent this, scientists are developing a variety of antibacterial materials and nanocoatings. The aim of this bachelor's thesis was to investigate the antimicrobial properties of tricalcium phosphates, gadolinium phosphates and hydroxides doped with metal ions with copper and zinc ions. The theoretical part reviews the properties of materials and ways of application, the mechanisms of antimicrobial action of metal ions. The methodological part describes the research methods that were used to obtain the results. From the obtained results, it was concluded that hydroxides with copper ions and gadolinium phosphates had antimicrobial properties against Gram-positive and Gram-negative bacteria. Scots pine wood samples impregnated with gadolinium phosphate showed antifungal activity. Thesis consists of 6 parts: introduction, literature review, methods and materials, results and discussion, conclusions, bibliography. Scope of work – 46 p. of text without appendices, 10 figures, 10 tables, 55 bibliographic sources. Raktiniai žodžiai: tricalcium phosphate, gadolinium phosphate, hydroxides, antimicrobial activity
Studento vardas, pavardė David Abashidze	Baigiamojo darbo pavadinimas Dihidrouracilo oksidazės apibūdinimas in vivo	Baigiamojo darbo vadovas prof. dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Šiame darbe tiriama timino ir uracilo auksotrofų (thyA,pyrF) mutantų komplementacija naudojant plazmides pQE60-AA ir pQE60-HP, daugiausia dėmesio skiriant fermentui dihidrouracilo oksidazei (DHO). Tyrimo tikslas – nustatyti, ar DHO fermentas gali paversti 5,6-dihidrotiminą į timiną ir 5,60dihidrouracilą į uracilą, taip palaikydamas thyA ir pyrF mutantų augimą aerobinėmis sąlygomis. Metodika apėmė thyA ir pyrF mutantų transformavimą pQE60-AA/pQE-60-HP plazmidėmis, elektrokompetentinių ląstelių kūrimą ir į vietą nukreiptos mutagenezės atlikimą, siekiant nustatyti fermento aktyvumui svarbias aminorūgštis. Transformacijos efektyvumas ir fermentų aktyvumas buvo įvertinti atliekant augimo eksperimentus lėkštelėse su timinu/uracilu, 5,6-dihidrotiminu/5,6-dihidrouracilu ir kontrolinėmis sąlygomis. Rezultatai parodė, kad DHO fermentas leido augti thyA mutantams esant 5,6-dihidrotiminui, bet ne anaerobinėmis sąlygomis, patvirtindamas fermento priklausomybę nuo deguonies. Darbą sudaro įvadas, literatūros apžvalga, medžiaga ir metodai, rezultatai ir aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Ją sudaro 36 puslapiai, 16 paveikslų ir 4 lentelės. Raktiniai žodžiai: pyrF, thyA, dihidrouracilo oksidazė, auksotrofai, M9 minimalios sąlygos. Anotacija (užsienio k.) This thesis investigates the complementation of thymine and uracil auxotrophs (thyA,pyrF) mutants using the plasmid pQE60-AA and pQE60-HP, specifically focusing on the enzyme dihydrouracil oxidase (DHO). The research aims to determine whether the DHO enzyme can convert 5,6-dihydrothymine to thymine, and 5,60dihydrouracil to uracil thereby supporting the growth of thyA and pyrF mutants under aerobic conditions. The methodology involved transforming thyA and pyrF mutants with the pQE60-AA/pQE-60-HP plasmids, creating electrocompetent cells, and conducting site-directed mutagenesis to identify critical amino acids for the enzyme's activity. The effectiveness of the transformation and enzyme activity was assessed through growth experiments on plates with thymine/uracil, 5,6-dihydrothymine/5,6-dihydrouracil, and control conditions. Results showed that the DHO enzyme enabled the growth of thyA mutants in the presence of 5,6-dihydrothymine, but not under anaerobic conditions, confirming the oxygen dependency of the enzyme. The thesis consists if the introduction, review of literature, materials and methods, results and discussion, conclusions and references. It consists of 36 pages, 16 figures and 4 tables. Raktiniai žodžiai: pyrF, thyA, Dihydrouracil oxidase, auxotrophs, M9 minimal conditions.
Studento vardas, pavardė Adomas Bajorinas	Baigiamojo darbo pavadinimas Žmogaus tarpslankstelinio stuburo disko ląstelių charakterizavimas ir palyginimas su kelio sąnario kremzlės chondrocitais	Baigiamojo darbo vadovas Jolita Pachaleva
Anotacija (lietuvių k.) Tarpslankstelinio stuburo disko (TSD) degeneracija ir osteoartritas yra didelė visuomeninė problema, sukelianti skausmą ir neįgalumą. Dabartiniai gydymo metodai turi tik simptomus mažinantį poveikį, tačiau negydo pagrindinės skausmą sukeliančios priežasties. Yra žinoma, kad TSD ir hialinė sąnario kremzlė turi daug panašumų. Dėl šios priežasties, siekiant sukurti naujus kremzlinių audinių degeneraciją slopinančius metodus, patobulinti jau tiriamus, svarbu palyginti tarpslankstelinio stuburo disko ląstelių savybes su kelio sąnario chondrocitų savybėmis. Baigiamajame bakalauro darbe atliekamas žmogaus TSD ląstelių charakterizavimas ir palyginimas su kelio sąnario kremzlės chondrocitais. Nustatyta, kad TSD ląstelės nucleus pulposus yra mažesnės negu annulus fibrosus ląstelės ir kelio sąnario kremzlės chondrocitai. Ląstelių proliferacija ir ciklas reikšmingai nesiskyrė, tačiau chondrocitai pasižymėjo geresnėmis diferenciacijos riebaline ir kauline kryptimi savybėmis, lyginant su stuburo disko ląstelėmis. Darbą sudaro 5 dalys: įvadas, literatūra, medžiagos ir metodai, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 51 p. teksto, 2 priedai, 38 iliustr., 3 lent., 42 bibliografiniai šaltiniai Raktiniai žodžiai: Osteoartritas, stuburo disko degeneracija, annulus fibrosus, nucleus pulposus, chondrocitai, diferenciacija, ląstelės ciklas. Anotacija (užsienio k.) Intervertebral disc (IVD) degeneration and osteoarthritis are major societal issues, causing pain and disability. Current treatment methods only have symptom-reducing effects and do not address the underlying cause of the pain. It is known that IVD and hyaline joint cartilage have many similarities. For this reason, in order to develop new methods to inhibit cartilage tissue degeneration and to improve those already being researched, it is important to compare the properties of intervertebral disc cells with the properties of knee joint chondrocytes.In the final bachelor's thesis, the characterization of human IVD cells and their comparison with knee joint cartilage chondrocytes is carried out. It was found that the nucleus pulposus cells of the IVD are smaller than the annulus fibrosus cells and the chondrocytes of the knee joint cartilage. Cell proliferation and cycle did not differ significantly, but chondrocytes exhibited better differentiation properties in the adipogenic and osteogenic directions compared to the cells of the intervertebral disc. Thesis structure: introduction, literature review, methodology, results, conclusions, references. Thesis consists of: 51 p. text, 2 appendices, 38 pictures, 3 tables, 42 bibliographical Raktiniai žodžiai: Osteoarthritis, disc degeneration, annulus fibrosus, nucleus pulposus, chondrocytes, differentiation, cell cycle.
Studento vardas, pavardė Agnė Česnulevičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Nizino pernašos sistemų proteolitinio stabilumo tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) Nizinas yra mažas peptidas, kurio molekulinė masė 3,5 kDa, išgaunamas iš Lactococcus lactis, ir laikomas perspektyvia natūralia alternatyva tradiciniams antimikrobiniams priedams. Dėl plataus veikimo spektro prieš gramteigiamas bakterijas, šis antimikrobinis peptidas yra patrauklus pasirinkimas maisto konservavimo, farmacijos ir sveikatos priežiūros srityse. Tačiau peptidų struktūrų jautrumas fermentiniam skaidymui kelia iššūkių efektyviam nizino naudojimui šiose srityse. Šiai problemai spręsti galima naudoti medžiagų įkapsuliavimą. Šiam tikslui tinka biopolimerai, dažniausiai polisacharidai, kurie yra natūralios kilmės ir paprastai gaunami iš augalų, gyvūnų bei mikrobų. Jie yra biologiškai suderinami ir mažai toksiški. Dėl savo neigiamo krūvio, polisacharidai gali kompleksuotis su teigiamai įkrautais peptidais, formuodami nanosferas. Šiame darbe fukoidanas ir skirtingo esterifikacijos laipsnio pektinai panaudoti nizino pernašos sistemų kūrimui. Skirtingais metodais įvertintas biopolimerų gebėjimas kapsuliuoti niziną, apskaičiuojamas įkapsuliavimo efektyvumas. Paruoštos nizino pernašos sistemos veikiamos skirtingomis proteazėmis ir, pasitelkus kapiliarinės zonų elektroforezės bei laisvų amino grupių nustatymo metodus, tiriama, ar nizino proteolitinis stabilumas priklauso nuo naudojamų biopolimerų. Darbą sudaro 7 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas, priedai. Darbo apimtis – 47 p. teksto be priedų, 25 iliustr., 3 lent., 47 bibliografinis šaltinis. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: biopolimeras, nizinas, proteolitinis skaldymas. Anotacija (užsienio k.) Nisin is a small peptide with a molecular weight of 3.5 kDa extracted from Lactococcus lactis and is considered a promising natural alternative to traditional antimicrobial additives. Due to its broad spectrum of activity against gram-positive bacteria, this antimicrobial peptide is an attractive choice in food preservation, pharmaceutical and healthcare applications. However, the sensitivity of peptide structures to enzymatic degradation poses challenges for the efficient use of nisin in these applications. Encapsulation of materials can be used to solve this problem. Suitable for this purpose are biopolymers, usually polysaccharides, which are of natural origin and usually obtained from plants, animals and microbes. They are biocompatible and have low toxicity. Due to their negative charge, polysaccharides can complex with positively charged peptides, forming nanospheres. In this work, fucoidan and pectins of different degrees of esterification were used for the development of nisin delivery systems. The ability of biopolymers to encapsulate nisin was evaluated by different methods, and the encapsulation efficiency was calculated. Prepared nisin transport systems are exposed to different proteases and with the help of capillary zone electrophoresis and free amino group determination methods, it is investigated whether the proteolytic stability of nisin depends on the biopolymers used. The work consists of 7 parts: introduction, literature review, methodological part, results and their discussion, conclusions, bibliography, appendices. The scope of work - 47 p. text without appendices, 25 illustrations, 3 tables, 47 bibliographic sources. Work accessories are attached separately. Raktiniai žodžiai: biopolymer, nisin, proteolytic degradation.
2024 metų magistro baigiamųjų darbų anotacijos
Studento vardas, pavardė Saulius Valatka	Baigiamojo darbo pavadinimas Didelio našumo mikrodalelių atranka naudojant fotopolimerizaciją	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Mikrodalelių atranka bei atskyrimas iš mišinių – fundamentali biologinių tyrimų dalis. Dauguma atrankos sistemų turi apribojimus, kurie lemia ribotą jų taikymą tyrimuose – priklausomos nuo antikūnų sąveikos, apribotos fluorescencijos analize ar pasižymi mažu našumu. Baigiamojo darbo metu sukurta fotopolimerizacija paremta mikrodalelių atrankos sistema – patobulinus įvairius esamus mikroskopijos metodus, tačiau išlaikant didelį atrankos našumą, kuriuo pasižymi FACS. Optimizavus fotopolimerizacijos metodiką, įvertintas atrankos sistemos efektyvumas, greitis bei tikslumas ir ji pritaikyta tikslinių mikrokapsulių išgryninimui. Atliktas optimalios lazerio trukmės ir polimero koncentracijos įvertinimas – C (Gel-MA) = 4,5% ir t (lazerio) = 50–100 ms. Įvertintas lazerio taško dydis bei hidrogelio plėtra – vidinių bei išorinių hidrogelių plotų diametrai didėja keliant LAP koncentraciją. Atliktas hidrogelio skaidymo greičio įvertinimas – skaidymas vidutiniškai trunka 5,8 s, naudojant 10 mg/ml kolagenazės tirpalą. Paruoštos fluorescuojančios mikrokapsulės atrankos sistemos įvertinimui. Pademonstruota, jog atrankos sistema gali būti pritaikyta tikslinių mikrokapsulių išgryninimui – hidrogeliuose užlaikytų mikrokapsulių atpalaidavimas trunka iki 10 s, naudojant 1 mg/ml kolagenazės tirpalą. Įvertintas atrankos sistemos efektyvumo vidurkis x? = 85,39%, standartinė paklaida ? = 2,22 % (vidutiniškai 85,39% visų užlaikytų mikrokapsulių populiacijos sudaro identifikuotos) bei tikslumo vidurkis x? = 93,74%, standartinė paklaida ? = 2,81 % (atrankos sistema vidutiniškai identifikuoja 93,74% visų fluorescuojančių mikrokapsulių). Išmatuota, jog vienas atrankos sistemos ciklas trunka 8,3 s. Atrankos sistema identifikuoja ne visą fluorescuojančių mikrokapsulių populiacijos dalį bei užlaiko ne tik identifikuotas, bet ir kitas šalia esančias mikrokapsules. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros šaltiniai, padėka. Darbo apimtis 48 p., 24 paveikslai, 6 lentelės ir 49 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: fotopolimerizacija, atranka, hidrogelis, mikroskysčiai, lazeris Anotacija (užsienio k.) Screening and separation of microparticles is a fundamental part of biological research. Most systems have limitations that result in their limited application in research - they depend on antibody interactions, are constrained by fluorescence analysis, or have low-throughput. During the thesis, a microparticle screening system based on photopolymerization was developed. The system improves existing microscopy methods while maintaining high-throughput characteristics of FACS. After optimizing the photopolymerization methodology, the specificity, throughput, and sensitivity of the screening system were evaluated, and it was adapted for the separation of microcapsules. An evaluation of the optimal laser duration and polymer concentration was performed – C (Gel-MA) = 4,5% and t (laser) = 50 - 100 ms. Laser spot size and hydrogel expansion were evaluated – the internal and external diameters of the hydrogels increase with rising LAP concentration. The digestion rate of the hydrogel was evaluated – it takes 5,8 seconds on average when using a 10 mg/ml collagenase solution. Fluorescent microcapsules were prepared for the evaluation of the screening system. It was demonstrated that the system can be adapted for the separation of target microcapsules – digestion of hydrogels takes up to 10 seconds when using a 1 mg/ml collagenase solution. Average specificity of the screening system was evaluated to be x? = 85,39% (standard error ? = 2,22 %) (on average, 85,39% of all retained microcapsules were identified), and the average sensitivity x? = 93,74% (standard error ? = 2,81 %) (the system identifies 93,74% of all fluorescent microcapsules). It was measured that one cycle of the system takes 8,3 seconds. The system does not identify the entire population of fluorescent microcapsules and retains not only the identified ones, but also other nearby ones. Structure: introduction, literature review, methods and materials, results and discussion, conclusions, references, and acknowledgment. Thesis consists of 48 p. text, 24 figures, 6 tables, and 49 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: photopolymerization, screening, hydrogel, microfluidics, laser
Studento vardas, pavardė Kotryna Meilūnaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Trijų pakopų bioreaktoriaus gaminančio metano dujas mikrobiotos nustatymas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dovilė Vasiliauskienė
Anotacija (lietuvių k.) Didėjantis iškastinio kuro sunaudojimas proporcingai didėja su žmonių populiacijos ir jų poreikių augimu. Tai kelia didelių iššūkių, kurių pagrindiniai yra žalingas poveikis aplinkai, sukeliantis klimato kaitą, ir energijos trūkumas dėl riboto iškastinio kuro prieinamumo. Metanas – tai vienos iš labiausiai paplitusių šiltnamio efektą sukeliančių dujų, kurių degimo produktai, kaip anglies dioksidas ir vandens garai, nėra tokie žalingi aplinkai, todėl metaną galima priskirti kaip ekologišką biokurą energijai gauti. Siekiant pagerinti metano dujų gamybą anaerobiniuose bioreaktoriuse, šiame tyrime buvo naudotos nulinio valentingumo geležies nanodalelės (nZVI) (NANOFER STAR nZVI milteliai). Analogiškomis sąlygomis ir tuo pačiu substratu buvo pakrauti du bioreaktoriai: vienas su nZVI, o kitas be nZVI – gautiems rezultatams palyginti. Abiejuose bioreaktoriuose dominavo tų pačių šeimų mikroorganizmai, tačiau Methanosarcinaceae šeima parodė atsparumą ir prisitaikymą bioreaktoriuje su nZVI ir dalyvavo anaerobiniame skaidyme viso proceso metu. Įvertinus biodujų sudėtį ir jose esančias priemaišas buvo nustatyta, kad pirmas 23 bioreaktoriaus veikimo dienas (iki laikino sustabdymo) susidariusios metano dujos naudojant substratą su nZVI buvo kokybiškesnės ir kiekis šiek tiek didesnis nei naudojant kontrolinį substratą. Po laikino bioreaktorių sustabdymo, bioreaktoriuje su nZVI metano susidarymo kiekis sumažėjo perpus ir suprastėjo kokybė, kuriai atsistatyti prireikė ~ 20 dienų. Darbą sudaro 7 dalys: įvadas; literatūros apžvalga; medžiagos ir metodai; rezultatai ir jų aptarimas; išvados; literatūros sąrašas; padėka. Atskirai pridedamų darbo priedų nėra. Darbo apimtis – 67 lapai teksto, 20 paveikslų, 11 lentelių, 58 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: anaerobinis skaidymas, biodujos, bioreaktorius, metanas, mikrobiota, nulinio valentingumo geležies nanodalelės, nZVI. Anotacija (užsienio k.) The increasing consumption of fossil fuels rises proportionally with the growth of the human population and their needs. This poses significant challenges, the main ones being the harmful effects on the environment, causing climate change, and the lack of energy due to the limited availability of fossil fuels. Meanwhile, methane is one of the most common greenhouse gases, and its combustion products, like carbon dioxide and water vapor, are not as harmful to the environment. Therefore, methane can be classified as an environmentally friendly biofuel to produce energy. To find the optimal way to produce quality methane gas in anaerobic bioreactors, zero-valent iron nanoparticles (nZVI) (NANOFER STAR nZVI powder) were used in this study. Under analogous conditions and using the same substrate, two bioreactors were loaded: one with nZVI and the other without nZVI for comparison of the results obtained. Both bioreactors were dominated by microorganisms of the same families, but the Methanosarcinaceae family showed resistance and adaptability in the bioreactor with nZVI and participated in anaerobic decomposition throughout the process. After assessing the composition of biogas and the impurities contained in it, it was found that the methane gas generated during the first 23 days of operation of the bioreactor (before the temporary suspension) was of higher quality when using the substrate with nZVI, and the amount was slightly higher than when using the control substrate. After the temporary suspension of the bioreactors, the amount of methane formation in the bioreactor with nZVI was halved, and the quality decreased, taking ~ 20 days to recover. The work consists of seven parts: introduction; literature review; materials and methods; results and their discussion; conclusions; list of references; acknowledgments. There are no separate appendices. The thesis consists of 67 pages of text, 20 figures, 11 tables, and 58 bibliographic sources. Raktiniai žodžiai: anaerobic digestion, biogas, bioreactor, methane, microbiota, zero-valent iron nanoparticles, nZVI.
Studento vardas, pavardė Akvilė Veleckaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas In vitro diagnostinės alergijų mikrogardelės prototipo kūrimas	Baigiamojo darbo vadovas prof. dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Alergijos yra plačiai paplitęs pasaulinis sveikatos iššūkis, kuriam spręsti yra būtina tiksli diagnozė. Pastaruoju metu vieni iš svarbiausių įrankių molekulinėje alergologijoje tampa ypač tikslūs in vitro alergologiniai tyrimai, galintys tirti daug skirtingų alergenų vienu metu ir pakeisti tradicinį alergijų diagnozavimo metodą. Šio darbo tikslas yra sukurti in vitro diagnostinį tyrimo prototipą specifiniams imunoglobulinams E prieš namų dulkių erkių ekstraktus ar rekombinantinius baltymus nustatyti, panaudojant mikrogardelių technologiją. Šiame tyrime buvo nustatyta, kad vykdant alergenų pasyviąją absorbciją prie latekso mikrosferų optimaliausia naudoti buferinius tirpalus, kurių pH vertė yra artima arba šiek tiek mažesnė, nei konjuguojamo alergeno izoelektrinis taškas. Mikrogardelių gamybai optimaliausia naudoti nitroceliuliozės arba maišytą celiuliozės–esterio membraną, kurios porų dydis yra 0,2 ?m. Taip pat buvo nustatyti optimaliausi taškų spausdinimo parametrai, sukurto testo prototipo analitinis ir diagnostinis jautrumas Der p 2, Der p 21 ir Der p 23 alergenams ir palygintas su ALEX tyrimo metodu. Raktiniai žodžiai: alergija, mikrogardelė, mikrosferos, namų dulkių erkutės Anotacija (užsienio k.) Allergies are a widespread global health challenge that requires accurate diagnosis. Recently, one of the most important tools in molecular allergy is the highly accurate in vitro allergy assay, which can test many different allergens at the same time, replacing the traditional allergy diagnosis method. The aim of this work is to develop a prototype in vitro diagnostic assay for the detection of specific immunoglobulins E against house dust mite extracts or recombinant proteins using microarray technology. In this study, it was found that for the passive adsorption of allergens onto latex microspheres, it is optimal to use buffer solutions with a pH value close to or slightly lower than the isoelectric point of the allergen to be conjugated. For the production of microgrids, it is optimal to use a nitrocellulose or mixed cellulose–ester membrane with a pore size of 0,2 ?m. In addition, the optimum dot printing parameters, the analytical and diagnostic sensitivity of the developed prototype test for Der p 2, Der p 21 and Der p 23 allergens were determined and compared with the ALEX test method. Raktiniai žodžiai: allergy, house dust mites, microarray, microspheres
Studento vardas, pavardė Marius Saulėnas	Baigiamojo darbo pavadinimas Apkonvertuojančių nanodalelių dengtų aukso – baltymo nanoklasteriais spektroskopiniai tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas dr. Vitalijus Karabanovas
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe tiriami susintetinti jaučio serumo albuminu dengti aukso nanoklasteriai, modifikuoti su apkonvertuojančiomis nanodalelėmis. Taip pat tiriama junginio galimybė generuoti aktyvias deguonies formas. Literatūros darbo dalyje aprašomos apkonvertuojančios nanodalelės, jų veikimo mechanizmas. Taip pat aprašomi aukso nanoklasterių sintezės metodai, jų trūkumai ir privalumai. Be to, pateikiama literatūra, aprašanti fotodinaminės terapijos mechanizmą, jos poveikį organizmui. Aprašomi fotodinaminėje terapijoje naudojami fotosensibilizatoriai bei jų generuojamos aktyvios deguonies formos. Metodinėje dalyje aprašytos naudojamos medžiagos, spektrinių matavimų parametrai, aukso-baltymo nanoklasterių sintezės schema, zeta potencialo nustatymo metodika bei gesimo kinetikų matavimo metodika. Rezultatų dalyje pateikiami pamatuoti aukso-baltymo ir apkonvertuojančių nanodalelių spektrai. Taip pat aprašyti apkonvertuojančių nanodalelių padengtų aukso-baltymo nanoklasteriu sąveikos rezultatai, aprašyti junginio aktyvių deguonies formų generavimo rezultatai, bei generacijos patobulinimas į kompleksą pridedant Ce6. Aprašyti duomenys leidžia daryti išvadą, jog Au aktyvių deguonies formų generacija yra nežymi, tačiau pridėjus Ce6, junginio fotosensibilizacinės savybės pagerėja. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 70 psl. teksto be priedų, 48 iliustr., 10 lent., 73 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: aukso nanoklasteriai, jaučio serumo albuminas, apkonvertuojančios nanodalelės, aktyvios deguonies formos, fotosensibilizatorius, fotosensibilizuojanti terapija. Anotacija (užsienio k.) In the final master thesis, gold nanoclusters coated with bovine serum albumin and modified with upconverting nanoparticles were synthesised. The ability of the compound to generate active oxygen species is also investigated. The literature part of the work describes the upconverting nanoparticles and their mechanism of action. It also describes the methods of synthesis of gold nanoclusters, their disadvantages and advantages. In addition, the literature describing the mechanism of photodynamic therapy and its effects on the body is presented. The photosensitisers used in photodynamic therapy and the active oxygen species they generate are described. The methodological part describes the materials used, the parameters for spectral measurements, the scheme for the synthesis of gold-protein nanoclusters, the methodology for the determination of the zeta potential and the measurement of quenching kinetics. The results section presents the measured spectra of the gold-protein and the upconverting nanoparticles. The results of the interaction of the inverting nanoparticles coated with the gold-protein nanocluster are also described, as well as the results of the generation of the active oxygen species of the compound and the enhancement of the generation by the addition of Ce6 to the complex. The data described suggest that the generation of Au active oxygen species is negligible, but the addition of Ce6 improves the photosensitisation properties of the compound. The thesis consists of 6 parts: introduction, literature review, materials and methods, results and their discussion, conclusions, reference list. The thesis consists of 70 pages of text without appendices, 48 illustrations, 10 tables, 73 bibliographical references. Raktiniai žodžiai: gold nanoclusters, bovine serum albumin, upconverters, active oxygen species, photosensitiser, photosensitising therapy.
Studento vardas, pavardė Adomas Stuogis	Baigiamojo darbo pavadinimas Hidrofobinų gryninimas ir pritaikymas paviršiams dengti	Baigiamojo darbo vadovas prof. dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Hidrofobinai yra iki 20 kDa dydžio pelėsinių grybų išskiriami baltymai, kurie sugeba spontaniškai susirinkti į amfifilinius sluoksnius ant hidrofobinių-hidrofilinių paviršių ir pakeisti jų savybes. Šias unikalias savybes nulemia jų sudėtyje esantys 8 cisteinai, sujungti disulfidiniais ryšiais ir bifunkcinė molekulinė struktūra, turinti hidrofilinę ir hidrofobinę puses. Dėl šių priežasčių hidrofobinai jau yra plačiai naudojami siekiant pagerinti medžiagų stabilumą, slopinant medžiagų imunogeniškumą, pakeičiant medžiagų hidrofilines ar hidrofobines savybes bei keičiant imobilizuotų molekulių aktyvumą. Baigiamajame magistro darbe buvo tiriamas aukso nanodalelių savybių pakitimas jas padengus hidrofobinais. Šiam tikslui į Escherichia coli BL21 (DE3) kamieną buvo įterpta plazmidė su AfRodA baltymą koduojančiu genu. Vėliau buvo vykdoma šio baltymo raiška ir gryninimas afininės chromatografijos būdu. Išgrynintas biologiškai aktyvus baltymas buvo naudojamas aukso nanodalelių paviršiaus padengimui. Padengimo efektyvumas buvo tiriamas fluorimetru, kaip mėginius naudojant hidrofobinais arba polietilenglikoliu padengtų aukso nanodalelių ir jaučio albumino serumo su natrio chloridu mišinį, kuris buvo paruoštas 7,4 pH fosfatiniame buferiniame tirpale, siekiant kuo labiau atkurti sąlygas randamas žmogaus kraujotakoje. Tyrimo metu gauti rezultatai parodė, kad, masės atžvilgiu, hidrofobinai aukso nanodaleles padengia 10 kartų efektyviau nei polietilenglikolis. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodai ir medžiagos, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 53 p. teksto, 9 paveikslėliai, 5 lentelės, 9 grafikai, 51 bibliografinis šaltinis Raktiniai žodžiai: Hidrofobinai, afininė chromatografija, baltymai, aukso nanodalelės, polietilenglikolis, jaučio serumo albuminas. Anotacija (užsienio k.) Hydrophobins are fungal proteins up to 20 kDa in size, which have the ability to spontaneously assemble into amphiphilic layers on hydrophobic-hydrophilic surfaces, altering their properties. These unique characteristics are determined by their special composition, which includes 8 cysteines connected by disulfide bonds, and a bifunctional molecular structure with both hydrophilic and hydrophobic regions. Due to these properties, hydrophobins are widely used to improve material stability, suppress immunogenicity, modify the activity and hydrophilic or hydrophobic properties of immobilized molecules. The final master's thesis focused on investigating the alteration of gold nanoparticles properties upon coating them with hydrophobins. For this purpose, a plasmid containing the gene encoding AfRodA protein was inserted into Escherichia coli BL21 (DE3) strain. Subsequently, the protein was expressed and then purified using affinity chromatography. Biologically active purified protein was then used to coat the gold nanoparticles. The coating efficiency was investigated using a fluorimeter, with samples consisting of gold nanoparticles coated with hydrophobins or polyethylene glycol, mixed with bovine serum albumin and sodium chloride, prepared in a pH 7.4 phosphate buffer solution to mimic conditions found in the human bloodstream as closely as possible. Investigation showed that in terms of mass, hydrophobins cover gold nanoparticles ten times more efficiently than polyethylene glycol. Thesis structure contains 6 parts: introduction, literature review, methods and materials, results, conclusions, references. Thesis consists of: 53p. without appendixes, 9 pictures, 5 tables, 9 graphs, 51 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Hydrophobins, affinity chromatography, proteins, gold nanoparticles, polyethylene glycol, bovine serum albumin.
Studento vardas, pavardė Dominyka Švedaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Laisvos ir kapsuliuotos DNR pritaikymas paviršinio vandens tyrimuose	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Rūta Ivanec-Goranina
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe nagrinėjama ir tiriama laisvos ir kapsuliuotos DNR pritaikymo galimybės Murlės upės vandenyje. Teorinėje dalyje nagrinėjami esami ir naudojami įvairūs žymikliai, bei kapsuliavimo galimybės ir būdai. Taip pat aptariami kitų mokslininkų atlikti tyrimai naudojant laisvą ir/ar kapsuliuotą DNR kaip žymiklį įvairiose vandens sistemose. Metodinėje dalyje pateikiamos kPGR ir kapsuliavimo sąlygos bei ardymo metodika. Analitinėje darbo dalyje aprašomi atliktų lauko ekperimentų ir tyrimų laboratorijoje rezultatai. Nustatyta, kad kapsulės yra stabilios 8 d. CaCl2 tirpale ir kiekviename kapsuliavimo etape. Nustatytas kapsulių dydis 9,9 mikronai. Atlikus lauko eksperimentus galima daryti išvadą, kad kapsuliuota DNR yra tinkama paviršinio vandens tyrimams. Nors tiek laisvos, tiek kapsuliuotos DNR žymiklius pavyko atkurti, tačiau kapsuliuotos DNR žymiklių koncentracija po tyrimų buvo apie 3-5 kartus didesnė, nei laisvos DNR žymiklių. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 54 p. teksto be priedų, 26 iliustr., 6 lent., 47 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: laisva DNR, kapsuliuota DNR, DNR žymikliai, kPGR, alginato/chitozano kapsulės, paviršinio vandens tyrimai. Anotacija (užsienio k.) Master thesis examines and investigates the applicability of free and encapsulated DNA in the water of the Murle River. The literature review discusses the different markers available and used, as well as the possibilities and methods of encapsulation. It also discusses the studies carried out by other researchers using free and/or encapsulated DNA as a marker in different aquatic systems. The methodological part presents the conditions for qPCR and encapsulation as well as the disruption methodology. The analytical part of the work describes the results of field experiments and laboratory research. The capsules were found to be stable for 8 days in CaCl2 solution and at each encapsulation step. The size of the capsules is determined to be 9.9 microns. Field experiments lead to the conclusion that encapsulated DNA is more suitable for surface water studies. Although both free and encapsulated DNA markers could be recovered, the concentration of encapsulated DNA markers after the tests was about 3-5 times higher than that of the free DNA markers. Thesis structure: introduction, literature review, materials and methods, results, conclusions, reference list. Thesis consists of: 54 p. text without appendices, 26 pictures, 6 tables, 47 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: free DNA, encapsulated DNA, DNA tracers, qPCR, alginate/chitosane capsules, surface water studies.
Studento vardas, pavardė Raswati Pant	Baigiamojo darbo pavadinimas Tarpslankstelinio disko ląstelių ir kelio sąnario chondrocitų funkcinės savybės ir atsakas į Stat3 signalinio kelio moduliatorių	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eiva Bernotienė
Anotacija (lietuvių k.) Osteoartritas (OA) ir tarpslankstelinio stuburo disko (TSD) degeneracija yra viena iš pagrindinių priežasčių, sukeliančių skausmą, gyvenimo kokybės suprastėjimą ir neįgalumą. Nepaisant to, šių ligų gydymas vis dar kelia daug iššūkių. TSD ir sąnarių kremzlės turi daug panašumų, tokių kaip žemos deguonies koncentracijos aplinka, užląstelinio matrikso struktūra, ląstelių tipas ir degeneraciniai mechanizmai. Degeneraciją sukelia įvairūs biomechaniniai ir ląsteliniai procesai bei medžiagų apykaitos pokyčiai, o IL-6 citokinų šeima turi svarbų vaidmenį kremzlės audinio degeneracijoje ir sukelia ląstelių senėjimą. Neseniai buvo atrasta maža STAT3 signalinį kelią moduliuojanti molekulė RCGD423, kuri parodė daug žadančius rezultatus slopindama sąnarių kremzlės audinio degeneraciją. Atsižvelgiant į TSD ir sąnarinės kremzlės panašumus, RCGD423 taikymas TSD degeneracijai gali tapti daug žadančia priemone TSD degeneracijos prevencijai ir slopinimui. RCGD423 poveikis buvo ištirtas panaudojant žmogaus TSD ląsteles annulus fibrosus (AF) ir nucleus pulposus (NP) ir palygintas su sąnarių kremzlės chondrocitais. IL-6 buvo naudojamas uždegiinei aplinkai, esančiai degeneracijos metu sukurti. Buvo nustatyta, kad RCGD423 kartu su IL-6 ir TGF-?3 padidino glikozaminoglikanų gamybą chondrogenezės metu. Be to, RCGD423 patikimai sumažino IL-6 sukeltą NP ląstelių senėjimą. Rezultatai rodo, kad RCGD423 gali pagerinti TSD ląstelių funkcines savybes ir tapti daug žadančia priemone TSD degeneracijos slopinimui. Raktiniai žodžiai: Tarpslankstelinis stuburo diskas, degeneracija, osteoartritas, uždegimas, IL-6, STAT3, senėjimas, chondrocitai, nucleus pulposus, annulus fibrosus. Anotacija (užsienio k.) Osteoarthritis (OA) and Intervertebral Disc (IVD) degeneration are the leading causes of pain in the human body, resulting in decreased mobility and reduced quality of life. Although there is a need for effective regenerative technologies for articular cartilage and IVD repair. there are significant challenges in developing such technologies because of the IVD and articular cartilage share similar properties, including their low-level oxygen environment, extracellular matrix composition, cells and mechanisms of degeneration. Degeneration is caused by a variety of biomechanical and cellular processes and metabolic changes, with the IL-6 family of cytokines playing a significant role in cartilage tissue degeneration and cell senescence. Recently, a small-molecule modulator of the STAT3 signaling pathway, RCGD423, has shown promising results in suppressing articular cartilage tissue degeneration. Given the similarities between the IVD and articular cartilage, the application of RCGD423 may lead to the development of an effective method for preventing the progression of IVD degeneration. The effect of RCGD423 was tested in human nucleus pulposus (NP) and annulus fibrosus (AF) cells in vitro and compared with articular cartilage chondrocytes. IL-6 was used to mimic the degenerative inflammatory environment. RCGD423 combined with IL-6 and TGF-?3 upregulated the production of glycosaminoglycans during chondrogenesis. Furthermore, RCGD423 significantly reduced senescence in IL-6–stimulated NP cells. The results suggest that RCGD423 has the potential to enhance the functional properties of IVD cells and may be promising for the modulation of IVD degeneration. Raktiniai žodžiai: Osteoarthritis (OA), Intervertebral Disc (IVD) Degeneration, RCGD 423, IL-6, STAT3 signaling pathway, Senescence, Chondrocytes, Annulus Fibrosus (AF), Nucleus Pulposus (NP).
Studento vardas, pavardė Robertas Lisicinas	Baigiamojo darbo pavadinimas Mielių toksinų ir lakiųjų organinių junginių svarba biokontrolėje	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Anotacija Mielės yra eukariotiniai mikroorganizmai, paplitę gamtoje. Žmonės jas naudoja įvairiose srityse, nuo maisto pramonės (duonos gamyba) iki biotechnologijų (vaistinių medžiagų kūrimas). Pastaruoju metu vis daugiau dėmesio skiriama mielių biokontrolės savybėms, kurios dėl gebėjimo riboti kitų organizmų augimą yra pritaikomos įvairiose srityse: aplinkos apsaugoje, medicinoje, pramoninėje biotechnologijoje ar žemės ūkyje. Vienas iš mielių biokontrolės mechanizmų yra antimikrobinių medžiagų – toksinų – išskyrimas, o juos išskiriančios mielės vadinamos biocidinėmis mielėmis. Nors nemažai žinoma apie biocidiškumu pasižyminčių mielių rūšis, jų išskiriamų medžiagų įvairovę bei veikimo mechanizmus, bet apie biocidinių mielių išskiriamų lakiųjų organinių junginių bei sintetinamų toksinų svarbą biokontrolėje trūksta informacijos. Šio darbo metu tirtas biocidinių mielių paplitimas ant 2016–2022 metais Vilniaus apskrityje surinktų erškėtuogių. Atrankiai padauginta ir išanalizuota 140 mielių kamienų. Atlikus nuo erškėtrožių išskirtų mielių kamienų biocidinio aktyvumo analizę, nustatytas 21 biocidinis kamienas, priklausęs 7 mielių rūšims: Metschnikowia pulcherrima, Hanseniaspora uvarum, Saccharomyces paradoxus, Saccharomyces cerevisiae, Pichia anomala, Pichia kluyveri ir Torulaspora delbrueckii. Aštuonių kamienų biocidinis fenotipas koduojamos dvigrandėje RNR. Stipriausiomis biocidinėmis savybėmis pasižymėjo S. cerevisiae, silpniausiomis – H. uvarum, o P. anomala kamienai turėjo plačiausią biocidinio veikimo spektrą. H. uvarum išskyrė 15 % daugiau lakiųjų organinių junginių palyginti su S. cerevisiae mielėmis. Dominavo esteriai, alkoholiai ir aromatiniai junginiai. Daugiausiai sintetinami lakieji organiniai junginiai (3-metilbutilacetatas, 3-metilbutanolis, etilacetatas, 2-feniletanolis) turi potencialą biokontrolėje. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 81 p. teksto be priedų, 19 paveikslų, 14 lentelių, 140 bibliografinių šaltinių ir 3 priedai. Raktiniai žodžiai: Prasminiai žodžiai: mielės, biokontrolė, erškėtuogės, biocidiškumas, dvigrandė RNR, toksinai, lakieji organiniai junginiai. Anotacija (užsienio k.) Annotation Yeasts are eukaryotic microorganisms that are widespread in nature. Humans use them in various fields, from the food industry to biotechnology. Recently, increasing attention has been given to the biocontrol properties of yeasts, which, due to their ability to limit the growth of other organisms, are applied in various areas. One of the biocontrol mechanisms of yeasts is the secretion of antimicrobial substances - toxins. Yeasts that secrete these substances are called biocidal yeasts. Although much is known about the species of yeasts that exhibit biocidal properties, the diversity of the substances they secrete and their mechanisms of action, there is a lack of information about the importance of volatile organic compounds and synthesized toxins secreted by biocidal yeasts in biocontrol. In this study, the prevalence of biocidal yeasts on rose hips collected in Vilnius County from 2016 to 2022 was investigated. A total of 140 yeast strains were selectively propagated and analyzed. Biocidal activity analysis of yeast strains isolated from rose hips identified 21 biocidal strains belonging to 7 yeast species: Metschnikowia pulcherrima, Hanseniaspora uvarum, Saccharomyces paradoxus, Saccharomyces cerevisiae, Pichia anomala, Pichia kluyveri and Torulaspora delbrueckii. The biocidal phenotype of eight strains is encoded by double-stranded RNA. S. cerevisiae showed the strongest biocidal properties, while H. uvarum showed the weakest and P. anomala strains had the broadest biocidal activity spectrum. H. uvarum secreted 15% more volatile organic compounds compared to S. cerevisiae yeasts. Esters, alcohols and aromatic compounds dominated. The most synthesized volatile organic compounds (3-methylbutyl acetate, 3-methylbutanol, ethyl acetate, 2-phenylethanol) have potential in biocontrol. The work consists of six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions and references. The scope of the work is 81 pages of text without appendices, 19 figures, 14 tables, 140 bibliographic sources and 3 appendices. Raktiniai žodžiai: Key words: yeasts, biocontrol, rosehip, killer yeast, double-stranded RNR, toxin, volatile organic compounds.
Studento vardas, pavardė Gustė Mockaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Protelomerazių tyrimai ir jų taikymas DNR konstruktų technologijai	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eglė Strainienė
Anotacija (lietuvių k.) Protelomerazės (dar vadinamos telomerų rezolvazėmis) yra įdomi ir unikali fermentų klasė, atsakinga už linijinės DNR (kai kurių fagų, bakterijų plazmidžių ir bakterijų chromosomų) uždarų plaukų segtukų susidarymą. Šis baltymas sugeba spręsti pabaigos replikacijos problemas ir geba uždaryti laisvus ir atvirus DNR molekulės galus. Formuodami telomerines struktūras linijinių plazmidžių galuose, fermentai apsaugo genetinę medžiagą nuo degradacijos egzonukleazėmis ir pažeidžiamumo, todėl tikimasi, kad šios struktūros bus stabilios. Be to, replikuojant šias sritis nėra prarandama informacija iš 5' galo, nes šis baltymas gali pertvarkyti tikslinę sritį, nepridėdamas ar nepašalindamas nukleotidų. Iki šiol telomerų rezolvazės identifikuotos ir apibūdintos septyniose bakterijų rūšyse ir trijuose faguose. Nepaisant to, protelomerazės tebėra menkai apibūdintos, o klausimai apie jų struktūrą, funkciją, mechanizmą ir evoliucijos istoriją lieka neatsakyti. Šio tyrimo tikslas – apibūdinti protelomerazės fermentus ir jų tinkamumą DNR konstruktams kurti. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literaūros apžvalga, metodika, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 75 p. teksto be priedų, 28 iliustr., 30 lent., 109 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: Protelomerazė, telomereų rezolvazė, plaukų segtuko motyvai, RCA Anotacija (užsienio k.) Protelomerases (known as telomere resolvases) are an interesting and unique class of enzymes that are responsible for generating closed hairpin ends in linear DNA (some phages, bacterial plasmids, and bacterial chromosomes). This protein is known as a unique key to the end replication problem for its ability to close DNA molecule-free or open ends. In forming telomeric structures at the ends of linear plasmids, enzymes protect the genetic material from exonuclease degradation and vulnerability and are expected to make structures stable. In addition, such ends are replicated without loss of information from 5‘ end, because this protein can rearrange the target site without adding or deleting nucleotides. To date, telomere resolvases have been identified and characterized in seven bacterial species and three phages. Despite this, protelomerases remain poorly characterized and questions about their structure, function, mechanism, and evolutionary history remain unanswered. The purpose of this research is to characterize protelomerase derivatives and their suitability for creating DNA constructs. Structure: introduction, literature review, methodology, results, conclusions, references. Thesis consist of: 75 p. text without appendixes, 28 pictures, 30 tables, 109 references. Appendixes included. Raktiniai žodžiai: Protelomerase, telomere resolvase, hairpin motif, RCA
Studento vardas, pavardė Gintarė Kuliešiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Hepatito B viruso paviršinių antigenų gryninimo schemos, skirtos gamybai 300L tūryje, vystymas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Jolanta Sereikaitė
Anotacija (lietuvių k.) Šiame baigiamajame magistro darbe yra siekiama išvystyti naują, greitesnę bei efektyvesnę rekombinantinių Hepatito B viruso paviršinių antigenų gryninimo technologiją, kuri tiktų tiek laboratorinei, tiek gamybinei skalėms, ir su kuria pavyktų pasiekti konkurencingą produkto kiekį bei biofarmacijos reikalavimus atitinkantį produkto grynumą. Didžioji dalis esamos literatūros aprašo sunkiai į gamybos skalę perkeliamus VLP gryninimo žingsnius, brangiai arba visai neįgyvendinamus šimtų ir tūkstančio litrų tūrio biosintezės skalėse. Siekiant sukurti efektyvesnį Hepatito B antigeno gryninimo procesą, buvo įvertintas įvairių chromatografinių gryninimo žingsnių efektyvumas. Didžiausią efektyvumą parodė CIMmultus QA chromatografija, kuria pavyko atsivalyti nuo ląstelės DNR. Šiuo būdu buvo sukurtas greitesnis pirmas gryninimo žingsnis trunkantis iki valandos, palyginus su jau seniai naudojamais silikageliais, su kuriais gryninimas tęsiasi bent tris dienas. Taip pat naudojant tangentinio filtravimo procesą tokiems baltymo gryninimo proceso žingsniams kaip ląstelių nuolaužų atskyrimas, buferio pakeitimas ir formulavimas, buvo parinktos tinkamiausios membranos bei filtrai. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūrinė, medžiagų bei metodinė dalis, tyrimo rezultatai, išvados, darbe naudotos literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 76 psl. be priedų, 46 iliustr., 10 lent., 52 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: chromatografija, gryninimo schema, Hepatito B virusas, proceso vystymas, rekombinantinis baltymas, tangentinis filtravimas Anotacija (užsienio k.) In the final thesis, the aim is to develop a new, faster, and more efficient purification technology for recombinant Hepatitis B virus surface antigens, suitable for both laboratory and production scales, and capable of achieving competitive product quantities and meeting product purity requirements for biopharmaceuticals. Much of the existing literature describes purification steps for VLPs that are difficult to scale up for production, costly, or entirely impractical at the hundreds and thousands of liters scale of biosynthesis. In order to create a more efficient purification process for the Hepatitis B antigen, the effectiveness of various chromatographic purification steps was evaluated. The highest efficiency was demonstrated by CIMmultus QA chromatography, which achieved removal of host cell DNA. This resulted in a faster first purification step lasting up to an hour, compared to the long-used silica gels, which typically take at least three days for purification to complete. Additionally, using tangential filtration processes for protein purification steps such as cell lysate microfiltration, buffer exchange, and formulation, the most suitable membranes and filters were selected. Thesis structure: introduction, literature review, materials, methodology, results, conclusions, references. Thesis consists of 76 p. text without appendices, 46 pictures, 10 tables, 52 bibliographical entries. Appendices are included. Raktiniai žodžiai: chromatography, Hepatitis B virus, process development, purification scheme, recombinant protein, tangential filtration
Studento vardas, pavardė Akvilė Zareckaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kamieniškumo slopiklių poveikio tyrimai kiaušidžių vėžio ląstelių linijose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Agata Mlynska
Anotacija (lietuvių k.) Kiaušidžių vėžys – tai aštuntas labiausiai paplitęs onkologinis Europos moterų susirgimas, sudarantis 5 % visų vėžinių susirgimų pasaulyje. Deja, didžiajai daliai moterų kiaušidžių navikai diagnozavimo metu būna jau išplitę, o įgyjamas atsparumas plačiai naudojamiems chemoterapijos terapiniams preparatams skatina ieškoti naujų gydymo strategijų. Naujausi tyrimai pabrėžia didėjančią vėžio kamieniškumo savybių identifikavimo svarbą bei būtent į šiomis savybėmis pasižyminčias ląsteles nukreiptus terapinius preparatus. Nustatyta, kad padidėjusi transkripcijos faktorių SOX2, NANOG bei OCT-4 raiška yra glaudžiai susijusi su kamieniškumu pasižyminčių, vėžinių ląstelių dauginimusi, atsinaujinimu bei atsparumu vaistams. Identifikuoti ir stebėti transkripcijos veiksnių įtaką kiaušidžių vėžio ląstelėms bei pritaikyti naujus genų raiškos slopinamojo poveikio metodus reikalinga plati ląstelių analizė tiek 2D, tiek 3D kultūrose. Vis dėlto, šiuo metu dar trūksta kiaušidžių vėžio ląstelių analizės po terapinių vaistų poveikio, ypatingai 3D modeliuose, kurie savo aplinka bei struktūra artimi navikui. Nors yra manoma, kad priešvėžiniu poveikiu pasižymintys terapiniai vaistai gali būti ir potencialūs kiaušidžių vėžio kamieniškumo savybių slopikliai, reikalingi detalesni ląstelių poveikio tyrimai, kurie galėtų prisidėti prie veiksmingo gydymo kūrimo. Darbą sudaro 6 dalys: i?vadas, literatu?ros apz?valga, medz?iagos ir metodai, tyrimu? rezultatai ir ju? aptarimas, is?vados ir literatu?ros sa?ras?as. Darbo apimtis – 66 p., 25 iliustr., 8 lent., 78 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: kiaušidžių vėžys, genų raiška, gydymas, slopinimas, SOX2, NANOG, OCT-4, kamieniškumas, ląstelės, IC50. Anotacija (užsienio k.) Ovarian cancer is the eighth most common cancer among European women and accounts for 5% of all cancers worldwide. Unfortunately, usually ovarian tumors are already advanced at the time of diagnosis, and the development of resistance to commonly used chemotherapy drugs is driving the search for new treatment strategies. Recent research shows that it is increasingly important to identify the stem-like properties of cancer and to direct therapeutic agents specifically to cells with these properties. Increased expression of the transcription factors SOX2, NANOG and OCT-4 has been found to be closely linked to cancer stem cell proliferation, recurrence and drug resistance. Detection and monitoring of the effects of transcription factors on ovarian cancer cells and new approaches to inhibit gene expression require a comprehensive analysis of cells in 2D and 3D cultures. However, there is currently still lack of analysis of ovarian cancer cells after exposure to therapeutic drugs, especially in 3D models, which are beter resemble tumor structure. Although therapeutic drugs with anticancer effects could be potential inhibitors of ovarian cancer stemness, more detailed studies on cellular effects are needed in order to contribute to the development of effective treatments. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results, conclusion, and references. Thesis consist of – 66 p., 25 pictures, 8 tables and 78 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: ovarian cancer, gene expression, treatment, inhibitor, SOX2, NANOG, OCT-4, stemness, cells, IC50.
Studento vardas, pavardė Eglė Aušrinė Kundrotaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Modifikuoto hepatocitų augimo faktoriaus ekspresijos sistemos kūrimas ir panaudojimas 3D ląstelių kultūrose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe nagrinėjamos hepatocitų augimo faktoriaus modifikavimo ir naujų sukurtų konstruktų veikimo bei panaudojimo galimybės. Augimo faktoriai geba stimuliuoti įvairius ląstelių procesus – migraciją, diferenciaciją, proliferaciją. Tačiau pristačius tokius augimo faktorius norimą audinį, dėl intersticinių skysčių srovių, jie būtų per trumpą laiką pašalinti iš audinio. Todėl reikalingos technologijos, kurios leistų imobilizuoti norimame audinyje reikalingus augimo faktorius ar baltymines molekules ir išlaikyti kuo ilgiau jų biologinį aktyvumą. Regeneracijos galimybės su sintetiniais genais, kurie gali būti įmobilizuojami į dirbtinę mikroaplinką leidžia imituoti naturialią mikroaplinką ir skatinti regeneraciją, žaizdų gijimą, ląstelių atsinaujinimą. Šiame darbe pateikta išsami HGF modifikavimo eiga, pridėjus TG seką, kurią sudaro NQEQVSP peptidas, dėl jos baltymas gali kovalentiškai prisijungti prie fibrino hidrogelių. Šis peptidas yra Faktoriaus XIII substratas ir visi baltymai, kurie turi tokį peptidą gali būti kovalentiškai prijungiami prie fibrino hidrogelių ir likti funkciškai aktyvūs. Šiame darbe buvo sukonstruota universali modifikuotų baltymų ekspresijos plazmidė, leidžianti ekspresuoti žinduolinėse ląstelėse rekombinantinius baltymus. Sukurtos HGF baltymą koduojančios tarpinės plazmidės iš kurių HGF baltymas perkeltas į universalias modifikuotas baltymų ekspresijos plazmides. Pasiekta raiška E.Coli sistemoje. Pateikta, kad ląstelės pagamina ir sekretuoja rekombinantinius TG-HGF ir HGF-TG baltymus. Šiame darbe buvo pateikta, kad sukurtuose 3D ląstelių migracijos modeliuose su ląstelių sferoidais sekretuojami modifikuoti HGF-TG ir TG-HGF baltymai funkciškai aktyvūs ir stimuliuoja ląstelių migraciją. Darbą sudaro 4 dalys: įvadas, lietratūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis 60 p. teksto be priedų, 35 iliustr., 20 lent., 50 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Hepatocitų ekspresijos sistema, ekspresijos raiškos vektorius, hepatocitų augimo faktorius, baltymų ekspresija. Anotacija (užsienio k.) This Master's thesis explores the possibilities of modifying hepatocyte growth factor and the performance and applications of the new constructs. Growth factors are capable of stimulating various cellular processes such as migration, differentiation and proliferation. However, when such growth factors are delivered to the desired tissue, interstitial fluid currents would result in their removal from the tissue within a short time. Therefore, technologies are needed to immobilise the required growth factors or protein molecules in the desired tissue and maintain their biological activity for as long as possible. Regeneration options with synthetic genes that can be immobilised in an artificial microenvironment allow to mimic the natural microenvironment and promote regeneration, wound healing and cell renewal. In this work, a detailed modification of HGF is presented by the addition of a TG sequence consisting of the NQEQVSP peptide, which allows the protein to covalently bind to fibrin hydrogels. This peptide is a substrate of Factor XIII and all proteins that contain this peptide can covalently bind to fibrin hydrogels and remain functionally active. In this work, a versatile modified protein expression plasmid was constructed to express recombinant proteins in mammalian cells. Intermediate plasmids encoding the HGF protein were constructed from which the HGF protein was transferred to the universal modified protein expression plasmids. Expression in E.Coli was achieved. The production and secretion of recombinant TG-HGF and HGF-TG proteins by the cells is demonstrated. In this work it was reported that in 3D cell migration models developed with cell spheroids, secreted modified HGF-TG and TG-HGF proteins are functionally active and stimulate cell migration. Raktiniai žodžiai: Hepatocyte expression system, expression vector, hepatocyte growth factor, protein expression.
Studento vardas, pavardė Živilė Pakalniškytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kepenų hepatocitų organoidų ir neparenchiminių ląstelių 3D kultūrų funkcinis charakterizavimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe funkciškai charakterizuojamos kepenų ląstelės ir 3D kultūros siekiant suprasti jų veiksmingumą ir svarbą kepenų ligų tyrimuose bei gydyme. Sergamumas kepenų ligomis visame pasaulyje nuolat auga ir dėl riboto prieinamumo arba ne itin veiksmingų gydymo būdų yra fiksuojamas didelis mirčių nuo kepenų ligų skaičius. Detalūs ląstelių tyrimai, 3D kultūrų kūrimas ir funkcinis charakterizavimas gali suteikti galimybių ieškoti naujų bei alternatyvių būdų gydyti kepenų ligas. Teorinėje darbo dalyje aptariamos pagrindinės kepenų ląstelės ir jų funkcijos, dažniausiai pasitaikančios kepenų ligos, taip pat analizuojama 3D kultūrų įvairovė, jų gamybos technologijos bei reikšmingiausi panaudojimo būdai, trumpai apžvelgiama tarpląstelinės matricos ir žmogaus baltymo – ephrin A1 svarba žmogaus organizmui. Analitinėje darbo dalyje kuriamas žmogaus ephrin A1 baltymo bakterinės ekspresijos vektorius, atliekama ephrin A1 baltymo ekspresijos analizė E.coli ląstelėse, taip pat kuriamas žmogaus kepenų ląstelių in vitro 3D kultūros modelis, analizuojant modifikuoto ephrin A1 baltymo ir sintetinų ephrin A1 pamėgdžiojančių peptidų įtaką signalo perdavimui ir ląstelių migracijai. Darbą sudaro 7 dalys: įvadas, literatūrinė dalis, metodinė dalis, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas ir priedai. Darbo apimtis – 68 p. teksto be priedų, 69 iliustr., 21 lent., 65 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: 3D kultūra, ephrin A1, elektroforezė, funkcinis charakterizavimas, hepatocitai, kepenų ląstelės, transfekcija. Anotacija (užsienio k.) In the Master's thesis, the functional characterization of liver cell and 3D cultures is performed in order to understand their effectiveness and importance in the research and treatment of liver diseases. The incidence of liver disease is constantly increasing worldwide. The high number of deaths from liver diseases is recorded due to limited or not very effective treatment options. Detailed cell studies, development of 3D cultures and functional characterization may provide opportunities to search for new and alternative ways to treat liver diseases. The theoretical part of the work discusses the main liver cells and their functions, the most common liver diseases, as well as analyzes the variety of 3D cultures, their production technologies and the most significant ways of use, briefly reviews the importance of the extracellular matrix and the human protein – ephrin A1 to the human body. In the analytical part of the work, a vector for the bacterial expression of the human ephrin A1 protein is created, an analysis of the expression of the ephrin A1 protein in E.coli cells is performed, as well as a 3D culture model of human liver cells in vitro is created, analyzing the influence of the modified ephrin A1 protein and synthetic ephrin A1-mimetic peptides for signal transmission and cell migration. Thesis consists of– 68 p. text without appendices, 69 illustrations, 21 tables, 65 bibliographic sources. Appendices are included. Raktiniai žodžiai: 3D culture, electrophoresis, ephrin A1, functional characterization, hepatocytes, liver cells, transfection.
Studento vardas, pavardė Aušrinė Čekytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Modifikuotų pirimidino heterociklinių bazių sintezė ir metabolizmo tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas dr. Daiva Tauraitė
Anotacija (lietuvių k.) Vis dar labai mažai žinoma apie modifikuotų pirimidinų metabolizmą. Šios žinios padėtų geriau suprasti ir spręsti ligas, susijusias su genetika. Taip pat dauguma modifikuotų pirimidinų yra naudojami kaip vaistai, todėl suradus fermentus, gebančius sintetinti modifikuotus pirimidinus, vietoj cheminės jų sintezės, būtų vykdoma biosintezė, kas prisidėtų prie tvariosios chemijos principų įgyvendinimo. Baigiamojo magistro darbo metu susintetintos 6 modifikuotos heterociklinės bazės, sukurtos 8 metagenominės bibliotekos, tirtas fermentinis modifikuotų heterociklinių junginių skaidymas, vykdytas fermentų atrankos metodas. Susintetinti junginiai charakterizuoti bei jų grynumas įrodytas BMR spektroskopijos, HPLC, TLC bei UV/Vis metodais. Metagenominės bibliotekos sukurtos naudojant daugiakopijinius (pUC19) bei mažakopijinius (BAC) vektorius. Sukurtos metagenominės bibliotekos, įterptos į E. coli ?pyrF uracilo auksotrofą elektroporacijos bei cheminės transformacijos būdais, buvo panaudotos fermentų atrankai. Fermentinis modifikuotų junginių skaidymas nustatytas naudojant uracilo auksotrofo E. coli ?pyrF kamieno grubų ekstraktą. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 72 p. teksto be priedų, 30 iliustr., 30 lent., 57 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: Heterociklinės bazės, pirimidinai, cheminė sintezė, uracilo auksotrofai, fermentų atranka, cheminė transformacija, elektroporacija, metagenominė biblioteka Anotacija (užsienio k.) Until now, very little has been known about the metabolism of modified pyrimidines. This knowledge would help to better understand and tackle diseases linked to genetics. Also, many of modified pyrimidines are used as medicine, so finding enzymes capable to synthesize modified pyrimidines would allow biosynthesis instead of chemical synthesis, which would contribute to the principles of sustainable chemistry. In the final Master thesis, 6 modified heterocyclic bases were synthesized, 8 metagenomic libraries were created, the enzymatic cleavage of modified heterocyclic compounds was discovered, and an enzyme screening approach was performed. The synthesized compounds were analyzed by NMR, HPLC, TLC, and UV/Vis methods. Metagenomic libraries were constructed using multicopy (pUC19) and low copy (BAC) vectors. Created metagenomic libraries were inserted into the E. coli ?pyrF uracil auxotroph by electroporation and chemical transformation methods and were used for enzyme screening. Enzymatic activity was determined using a crude extract of the uracil auxotroph E. coli ?pyrF strain. The thesis consists of 6 parts: introduction, literature review, materials and methods, results and their discussion, conclusions, list of references. The volume of the thesis is 72 p. of text without appendices, 30 illustrations, 30 tables, 57 bibliographic sources. Appendices are attached separately. Raktiniai žodžiai: Heterocyclic bases, pyrimidines, chemical synthesis, uracil auxotrophs, enzymatic screening, chemical transformation, electroporation, metagenomic library
Studento vardas, pavardė Aistė Galinskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Nizinu ir mielių S. cerevisiae išskiriamu K2 toksinu kapsuliuotų fukoidano dalelių sintezė ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) K2 mielių toksinas – baltymas aktyvus kitų mielių atžvilgiu. Nizinas – peptidas, veikiantis prieš gramteigiamas bakterijas. Šių dviejų natūralių antimikrobinių medžiagų panaudojimas maisto pramonėje padėtų kontroliuoti gedimą ir ligas sukeliančių mikroorganizmų augimą. Pagrindinė problema su jų panaudojimu yra tai, kad proteolizė, aplinkos stresas gali sumažinti antimikrobinį aktyvumą. Kad būtų galima to išvengti, medžiagos įkapsuliuojamos ir taip apsaugomos. Tyrimo metu įkapsuliavimui panaudotas neigiamai įkrautas polisacharidas fukoidanas, kuris turi antikoaguliacinių, priešvėžinių, antivirusinių ir kitų naudingų savybių. Šiame darbe jonų mainų chromatografijos būdu išgrynintas K2 toksinas ir gaminamos trijų rūšių dalelės – K2 toksino-fukoidano, nizino-fukoidano ir K2 toksino-nizino-fukoidano. Susidariusios dalelės tirtos patvirtinant komponentų sąveiką, stebint dalelių dydžius, zeta potencialus bei stabilumą. Darbą sudaro 7 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas, priedai. Darbo apimtis – 64 p. teksto be priedų, 34 iliustr., 9 lent., 53 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: fukoidanas, įkapsuliavimas, jonų mainų chromatografija, K2 toksinas, nizinas. Anotacija (užsienio k.) K2 yeast toxin is a protein with activity against other yeasts. Nisin – a peptide with activity against Gram-positive bacteria. The use of these two natural antimicrobial agents in the food industry could help control the growth of microorganisms that cause spoilage and diseases. The main problem with their use is that proteolysis and environmental stress can reduce antimicrobial activity. To avoid this, materials are encapsulated and protected. In this study, negatively charged polysaccharide fucoidan was used for encapsulation. It also has anticoagulant, antitumor, antiviral and other beneficial properties. K2 toxin was purified by ion exchange chromatography and three types of particles were synthesized – K2 toxin-fucoidan, nisin-fucoidan and K2 toxin-nisin-fucoidan. The particles were investigated to confirm the interactions between the components and to measure particle size, zeta potential and stability. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, reference list, appendices. The thesis consists of: 64 p. of text without appendices, 34 pictures, 9 tables, 53 bibliographical entries. Appendices are included. Raktiniai žodžiai: encapsulation, fucoidan, ion exchange chromatography, K2 toxin, nisin.
Studento vardas, pavardė Evelina Lazickytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Mielių virusinių sistemų panaudojimas maisto ir žmonių saugai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Biocidinės mielės gali turėti virusinę sistemą, kurią sudaro dvigrandžiai RNR virusai, koduojantys toksinus. Mielių biocidinės sistemos gali būti panaudojamos medicinoje bei maisto pramonėje dėl antibiotinių ir antimikrobinių savybių, taip pat farmacijoje terapinių vaistų gamybai. Ieškant naujų vaistinių medžiagų įkapsuliavimo ir pristatymo į tikslinę vietą būdų, pasitelkiamos baltymų kapsulės ir virusai. Šios dalelės gali būti panaudotos aktyvių junginių, tokių kaip bakteriocinai, įkapsuliavimui. Nizinas – bakterijų Lactococcus lactis sintetinamas bakteriocinas, turintis gebėjimą slopinti gramteigiamų bakterijų augimą. Tobulėjant medicinai ir biotechnologijoms, nizinas tapo patrauklus dėl antibakterinio veikimo, kadangi ieškoma alternatyvių gydymo metodų prieš įprastiems antibiotikams atsparias bakterijas. Šio darbo metu vykdyta biocidinių mielių paieška 2022 m. spontaniniuose rauguose ir jų identifikavimas, tirtas įkapsuliuoto mielių biocidinio toksino aktyvumas ir stabilumas, antimikrobinis poveikis potencialiai žalingiems mieliagrybiams bei įkapsuliuoto nizino antibakterinis poveikis patogeninėms bakterijoms. Daugiau nei 11 % iš spontaninių raugų išskirtų mielių pasižymėjo biocidinėmis savybėmis. Saccharomyces cerevisiae biocidiniai kamienai turėjo dvigrandžius RNR L-A ir M virusus. Įkapsuliuotas mielių K2 toksinas didžiausią aktyvumą rodė esant pH 4,2 bei išliko aktyvus, nepriklausomai nuo aplinkos rūgštingumo, 4 °C temperatūroje. Į fukoidano nanodaleles įkapsuliuotas K2 toksinas stipriausiai biocidiškai veikė S. cerevisiae mieles. Į virusinę dalelę įkapsuliuotas nizinas slopino B. subtilis, S. aureus ir S. pyogenes bakterijų augimą. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 80 p. teksto be priedų, 16 paveikslų, 3 lentelės, 178 bibliografiniai šaltiniai ir 1 darbo priedas. Raktiniai žodžiai: mielės, patogeniniai mikroorganizmai, dgRNR toksinai, įkapsuliavimas, fukoidanas, nizinas, į virusą panaši dalelė, antibakterinis poveikis Anotacija (užsienio k.) Yeast viral system, consisting of double-stranded RNA viruses, encode toxins that give the yeast a biocidal phenotype. Yeast biocide systems can be used in the biomedical and food industries for their antibiotic and antimicrobial properties, as well as in pharmaceuticals for the production of therapeutic drugs. Protein capsules and viruses have been used to find new ways of encapsulating and delivering drugs to their target site. These particles can be used to encapsulate active compounds such as bacteriocins. Nisin is a bacteriocin synthesised by the bacterium Lactococcus lactis, which has the ability to inhibit the growth of Gram-positive bacteria. With advances in medicine and biotechnology, nisin has become attractive due to its antibacterial activity, as alternative therapies against bacteria resistant to conventional antibiotics are sought. In this study searching and identification of biocidal yeast in spontaneous fermentations was performed, stability of encapsulated yeast biocidal toxin and activity on potentially harmful yeast was investigated, the antibacterial effects of encapsulated nisin on pathogenic bacteria was analyzed. More than 11 % of yeast isolated from spontaneous ferments exhibited biocidal properties. Biocidal strains of Saccharomyces cerevisiae carried double-stranded RNA L-A and M viruses. Encapsulated yeast K2 toxin showed the highest activity at pH 4.2 and remained stable at 4 °C regardless of pH. K2 toxin encapsulated in fucoidan nanoparticles had the strongest effect on S. cerevisiae yeast. Nisin, encapsulated in viral particles, inhibited the growth of B. subtilis, S. aureus, and S. pyogenes bacteria. The work consists of six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, and references. Structure – 80 p. text without appendixes, 16 pictures, 3 tables, 178 bibliographical entries, 1 appendix. Raktiniai žodžiai: yeast, pathogenic microorganisms, dsRNA toxins, encapsulation, fucoidan, nisin, virus like particle, antibacterial effect
Studento vardas, pavardė Simona Guobužaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Bifermentinio etanolio biojutiklio kūrimas ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Tikslus ir selektyvus etanolio koncentracijos įvertinimas vis dažniau atliekamas naudojant fermentų pagrindu sukonstruotus biojutiklius. Jie geba greitai bei dideliu jautrumu nustatyti tikslinę analitę esant žemai aptikimo ribai. Vienas tokių pavyzdžių gali būti nuo NAD+ priklausomos alkoholio dehidrogenazės veikimu pagrįstas etanolio biojutiklis. Tačiau pastebėta, jog šiuose analitiniuose prietaisuose fermento katalizuojamos reakcijos metu susidariusio NADH reoksidacijai elektrodo paviršiuje reikalingas aukštas darbinis potencialas, galintis neigiamai paveikti pagrindinius biojutiklio parametrus. Todėl šiai problemai spręsti baigiamojo darbo metu sukuriamas bifermentinis etanolio biojutiklis, turintis ne tik alkoholio dehidrogenazę (ADH), bet ir diaforazę (DH). Tyrimo metu gauti keturi skirtingos konstrukcijos elektrodai, iš kurių geriausiu elektrokataliniu efektyvumu pasižymi anglies nanovamzdeliais struktūrizuotas grafito elektrodas su imobilizuotais DH ir ADH. Šis analitinis prietaisas, esant optimalioms sąlygoms (pH 7,5, 150 mV vs SCE, 25 °C), pasižymi 0,06 µA · mM-1 · cm-2 jautrumu ir 3 mM detekcijos limitu bei išlaiko 74 % pradinio aktyvumo po 3 dienų. Taip pat pademonstruota, kad sukonstruotas bifermentinis etanolio biojutiklis geba nustatyti etanolį „nežinomos“ koncentracijos tirpaluose aukštu tikslumu. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 74 p. teksto be priedų, 23 iliustr., 10 lent., 73 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: Etanolis, etanolio biojutiklis, bifermentinis etanolio biojutiklis, alkoholio dehidrogenazė, diaforazė, anglies nanovamzdeliai, gvajakolis, tetratiafulvalenas Anotacija (užsienio k.) Accurate and selective determination of ethanol concentration is increasingly being done using enzyme-based biosensors. They are able to detect the analyte quickly and with high sensitivity at low detection limits. One such example is an ethanol biosensor based on NAD+-dependent alcohol dehydrogenase. However, it has been observed that in these analytical devices, the reoxidation of the NADH at the electrode surface requires a high working potential, which can adversely affect the key parameters of the biosensor. Therefore, to address this problem, the thesis develops a bienzymetic ethanol biosensor containing not only alcohol dehydrogenase (ADH) but also diaphorase (DH). Four different electrode designs were obtained, with the carbon nanotube-structured biosensor exhibiting the best electrocatalytic performance. This analytical device has a sensitivity of 0,06 µA · mM-1 · cm-2 and a limit of detection of 3 mM under optimal conditions (pH 7,5, 150 mV vs SCE, 25 °C) and also retains 74 % of the initial activity after 3 days. The bienzymetic ethanol biosensor was also demonstrated to detect ethanol in solutions of "unknown" concentractions with high accuracy. Structure of this thesis: introduction, literature overview, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. It consists of 74 pages without appendices, 23 pictures, 10 tables, 73 bibliographic entries. Appendices included. Raktiniai žodžiai: Ethanol, ethanol biosensor, bienzymetic ethanol biosensor, alcohol dehydrogenase, diaphorase, carbon nanotubes, guaiacol, tetrathiafulvalene
Studento vardas, pavardė Leyla Ibrahimova	Baigiamojo darbo pavadinimas Vištų mėšlo anaerobinio skaidymo efektyvumo padidinimas naudojant ceolitą	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Alvydas Zagorskis
Anotacija (lietuvių k.) Šiame magistro darbe aprašomas substrato, sudaryto iš vištų mėšlo, makrodumblių ir šiaudų panaudojimas anaerobiniam perdirbimui. Darbe nagrinėjama šių substratų sąveika ir ceolito įtaka biodujų gamybai bei metano kiekiui. Darbo tikslas – ištirti ceolito įtaką anaerobiniam vištų mėšlo apdorojimui. Literatūros apžvalgą sudaro išsami dabartinių biodujų gamybos tyrimų apžvalga, taip pat ceolito kaip priedo panaudojimo biodujų gamybai tyrimų rezultatai. Baigiamojo darbo struktūra: įvadas, literatūros apžvalga, metodika, rezultatai ir aptarimas, išvados, literatūros sąrašas, priedai. Darbo apimtis – 48 puslapiai teksto be priedų, 20 paveikslų, 7 lentelės, 55 bibliografiniai šaltiniai. Pridedami priedai. Raktiniai žodžiai: Raktažodžiai: vištų mėšlas, biodujos, makrodumbliai, ceolitas Anotacija (užsienio k.) This master’s thesis describes the use of a combination of chicken manure, macroalgae, and straw as substrates in anaerobic digestion, examining their interactions and the effects of zeolite addition on biogas production, and methane content. The aim of the work is to examine the consequences of incorporating zeolite into anaerobic digestion systems for the treatment of chicken manure. The literature review consists of comprehensive research on current problems in biogas production, as well as the results of research into the use of zeolite as a substrate. Thesis structure: introduction, literature review, methodology, results and discussion, conclusions, references, appendices. This thesis consists of: 48 pages of text without appendices, 20 figures, 7 tables, 55 bibliographical entries. Appendices are included. Raktiniai žodžiai: Keywords: chicken manure, biogas, macroalgae, zeolite
Studento vardas, pavardė Irma Emilija Krasaitienė	Baigiamojo darbo pavadinimas CIK/lektino citotoksiškumo tyrimų platformos kūrimas in vitro	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jan Aleksander Krasko
Anotacija (lietuvių k.) Krūties vėžys yra vienas dažniausiai diagnozuojamų ir daugiausia mirčių sukeliančių susirgimų, kuriuo serga moterys, visame pasaulyje. Iki šiol naudojami krūties vėžio gydymo metodai - chirurgija, spindulinė terapija, hormonų terapija ir chemoterapija, tačiau nuolat ieškoma naujų gydymo būdų, kurie papildytų ar pakeistų dabartinius. Imunoterapija yra inovatyvus gydymo metodas, kurį norima taikyti įvairiems krūties vėžio molekuliniams potipiams. Lektinai - dar nepakankamai išsamiai ištirti baltymai, kurie taip pat pasižymi priešvėžinėmis, antimetastatinėmis savybėmis. Baigiamajame darbe buvo tiriamas citotoksinis citokinais indukuotų ląstelių žudikių ir bakterinio lektino poveikis krūties vėžio ląstelių linijoms. Teorinėje baigiamojo darbo dalyje aptariami krūties vėžio molekuliniai potipiai, šiuo metu taikomi gydymo būdai bei apžvelgiama imunoterapijos įvairovė bei lektinai. Analitinėje baigiamojo darbo dalyje buvo nustatytas našiausias citokinais indukuotų ląstelių žudikių diferenciacijos protokolas, palygintos šių ląstelių auginimo sąlygos ir jų įtaka ląstelių išeigai, subpopuliacijų sudėčiai bei citotoksiniam aktyvumui. Taip pat įvertintas citotoksinis citokinais indukuotų ląstelių žudikių bei lektino poveikis skirtingoms ląstelių linijoms 2D ir 3D kultūrose. K562 ląstelių linija buvo naudojama kaip standartas. Ląstelių fenotipas nustatytas tėkmės citometrijos analizės būdu, o ląstelių citotoksiškumas - kolorimetrinės citotoksiškumo analizės metu. Gauti eksperimentų rezultatai parodo, jog diferenciacijos sąlygos turi įtakos citokinais indukuotoms ląstelėms žudikėms, o šios ląstelės, pačios savaime bei derinamos kartu su lektinu pasižymi citotoksiniu aktyvumu prieš skirtingas ląstelių linijas 2D ir 3D kultūrose. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų vertinimas, išvados, literatūros sąrašas, priedai. Darbo apimtis: 79 psl. be priedų, 16 iliustracijų, 3 lentelės, 150 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: citokinais indukuotos ląstelės žudikės, citotoksiškumas, diferenciacija, krūties vėžys, lektinas, sferoidai Anotacija (užsienio k.) Breast cancer is one of the most commonly diagnosed and deadliest diseases affecting women worldwide. Current well-established treatment methods for breast cancer include surgery, radiotherapy, hormone therapy and chemotherapy, but new treatments are constantly being sought to complement or replace the existing ones. Immunotherapy is an innovative treatment approach that could used for different molecular subtypes of breast cancer. Lectins are proteins that have not yet been studied in detail and which also have anti-tumour, anti-metastatic properties. In this thesis, the cytotoxic effects of cytokine-induced killer cells and bacterial lectin on breast cancer cell lines were investigated. The theoretical part of the thesis discusses the molecular subtypes of breast cancer, the current therapeutic approaches and an overview of the variety of immunotherapies and lectins. In the analytical part of the thesis, the most efficient protocol for the differentiation of cytokine-induced killer cells has been identified, and the conditions under which these cells are grown have been compared and their impact on cell yield, subpopulation composition and cytotoxic activity has been assessed. The cytotoxic effects of cytokine-induced killer cells and lectin on different cell lines in 2D and 3D cultures were also evaluated. The K562 cell line was used as a reference. Cell phenotype was determined by flow cytometry analysis and cell cytotoxicity was determined by colorimetric cytotoxicity assay. The experimental results show that differentiation conditions affect cytokine-induced killer cells and that these cells, alone and in combination with lectin, exhibit cytotoxic activity against different cell lines in 2D and 3D cultures. Thesis consists of seven parts: introduction, literature review, materials and methods, results and evaluation, conclusions, reference list, appendices. Thesis consists of: 79 p. without appendices, 16 pictures, 3 tables, 150 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: breast cancer, cytokine-induced killer cells, cytotoxicity, differentiation, lectin, spheroids
Studento vardas, pavardė Marius Čepas	Baigiamojo darbo pavadinimas Nanodalelių citotoksiškumo įvertinimas glioblastomos 2D ir 3D audinių kultūrose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Glioblastoma yra labiausiai paplitusi iš greitai progresuojančių smegenų vėžio formų. Priklausomai nuo amžiaus, po šios ligos diagnozavimo, vidutinis išgyvenamumas yra nuo 4,5 iki 19 mėnesių. Taip yra dėl ligos gydymą apsunkinančių aplinkybių – auglio lokacijos, heterogeniškumo ir onkologinių darinių sugebėjimo priešintis gydymui. Todėl yra poreikis kurti naujus metodus, kurie gebėtų efektyviau kovoti su šia liga. Nors ir jau yra sukurta nemaža aibė metodų ir jų kombinacijų, kurie padeda gydyti glioblastomą, tačiau iššūkiai išlieka neįveikti – kraujo-smegenų barjero selektyvus pralaidumas, modelių, gebančių atkartoti natūralią glioblastomos aplinką trūkumas ir užtikrintą veikimą turinčių vaistų stygius. Atliktame darbe yra kuriamos ir standartizuojamos 3D sistemos - sferoidai, kurie geba atkartoti audiniuose augančių glioblastomos ląstelių aplinką, nes yra sudaryti iš U87 glioblastomos ir PKEL endotelinio audinio ląstelių. Pasitelkiant lentivirusinius vektorius yra kuriamos linijos, kurios ekspresuoja fluoresuojančius GFP ir DsRed baltymus. Tai įgalina vizuolų vertinimą dviejų skirtingų kultūrų, augančių viename trimačiame objekte. Suformuoti dariniai yra veikiami skirtingais preparatais – vaistais ir nanodalelėse įkapsuliuotais vaistais bei yra stabimas jų daromas poveikis struktūroms. Vertinimas buvo atliktas stebint fluoresencijos pokyčius, matuojant ATP kiekį sferoide su liuciferaze bei reazurino skaidymą su Alamar blue reagentu, veikiant sferoidus skirtingomis vaistų koncentracijomis. Rezultate buvo nustatyta, kad naudoti vaistai turi sinergistinį poveikį, bei tų pačių vaistų inkapsuliuotų nanodalelėse poveikis kurtoms struktūroms. Darbo apimtis 62 p. teksto be priedų. 29 iliustr., 6 lent., 30 bibliografinių šaltinių Raktiniai žodžiai: Glioblastoma, citotoksiškumas, 3D modelis, fluoresencija. Anotacija (užsienio k.) Glioblastoma is the most common of rapidly progressing forms of brain cancer. After diagnosis deppending on patient age average survival length varies from 4,5 to 19 months. Reason for this low survivability are tumor location, heterogenity and treatment resistance. Therefore, there is a requirement of new methods capable of treating this disease. Even though there are pleanty of methods and their combinations designed to treat glioblastoma, there still are challenges such as blood-brain barrier selective permeability, lack of optimised model systems that recreate natural habitat of glioblastoma and deficiency of efective drugs. This work describes standartized 3D system – sferoids, that incorporates U87 glioblastoma and PKEL endothelium cells to create environments similar to natural glioblastoma environment. Lentiviral vectors are used to create cell lines that express GFP and DsRed proteins which allows us to visualize two different type of cells in single 3D structure. Sferoids themselves are being treated with different type of drugs and encapsulated drugs in nanoparticles in order to get a better understanding about their effects. The evaluation is being performed by observing fluorescent changes, measuring ATP with liuciferase and metabolic activity with Alamar Blue reagent while sferoids are affected by different concentrations of drugs. This research provide insight on drugs used in research synergistic effect and cytotoxicity of same drugs while encapsulated in nanoparticles. Thesis consists of 62 p. text without appendixes. 29 pictures, 6 tables, 30 bibliographical sources. Raktiniai žodžiai: Glioblastoma, cytotoxicity, 3D model, fluoresence.

- Puslapio administratoriai:
- Emilija Blaškevič
- Ernestas Čepulionis
- Karolina Kardokaitė
- Ugnė Daraškevičiūtė

Studijos

Anotacijos