Fundamentinių mokslų fakultetas Padaliniai Chemijos ir bioinžinerijos katedra Studijos

Chemijos ir bioinžinerijos katedra

Turite klausimų?

susisiekite jums patogiu būdu

Telefonas (8 5) 274 4839

El. paštas crypt:PGEgaHJlZj0ibWFpbHRvOmNoZW1rYXRAdmlsbml1c3RlY2gubHQiPmNoZW1rYXRAdmlsbml1c3RlY2gubHQ8L2E+:xx

Studijos

Šiuo metu chemijos ir bioinžinerijos katedra vykdo tris studijų programas: vieną bakalauro ir dvi magistrantūros.

Bakalauro studijų programa- bioinžinerija.
Studijų programos tikslas – parengti specialistus, gebančius dirbti biotechnologijos, maisto, žemės ūkio ir pramonės įmonėse, kokybės kontrolės, mokymo ir mokslo tyrimų įstaigose.

Ši programa Lietuvoje išskirtinė tuo, kad moko valdyti, analizuoti ir modeliuoti biotechnologinius ir cheminius procesus, juos aprašyti viso pasaulio bioinžinieriams suprantama kalba. Studentai įgyja mikrobiologijos, biochemijos, ląstelės biologijos, genų inžinerijos, biologinių sistemų modeliavimo, biochemijos inžinerijos pamatinių žinių ir išmoksta jas pritaikyti praktiškai.

Magistrantūros studijų programa- bioinžinerija.
Bioinžinerijos studijų programos tikslas yra parengti bioinžinerijos magistrus, turinčius pamatinių žinių genų, baltymų, biochemijos inžinerijos, biologinių sistemų modeliavimo ir bioinformacinės analizės srityse, gebančius savarankiškai atlikti mokslinius tyrimus ir analizuoti gautus rezultatus bei tęsti studijas doktorantūros studijose.

Bioinžinerijos magistro kvalifikacinis laipsnis reikalingas norint dirbti įvairiose su biologiniais objektais susijusiose technologijos sričių mokslo ir gamybos įmonėse.

Magistrantūros studijų programa- nanobiotechnologija.
Nanobiotechnologijos studijų programos tikslas yra parengti nanobiotechnologijos magistrus, turinčius pamatinių žinių genų veiklos, ląstelių bei audinių inžinerijos, nanomedžiagų, nanomedicinos, diagnostinės nanobiotechnologijos bei biokomponentų mikrokapsuliavimo srityse, gebančius savarankiškai atlikti mokslinius tyrimus ir analizuoti gautus rezultatus bei tęsti studijas doktorantūros studijose.

Biotechnologijų magistro kvalifikacinis laipsnis reikalingas norint dirbti biotechnologijos, biofarmacijos, biochemijos, cheminės technologijos, maisto pramonės mokslo ir technologijų srityse.

Anotacijos

Studento vardas, pavardė	Baigiamojo darbo pavadinimas	Baigiamojo darbo vadovas
2021 metų bakalauro baigiamųjų darbų anotacijos
Studento vardas, pavardė Agnė Grigalauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Gliukozės jutiklio paremto gliukozės oksidaze ir aukso nanostruktūromis kūrimas ir analizė	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe sukurtas ir išanalizuotas gliukozės biojutiklis, kurio veikimas yra pagrįstas gliukozės oksidacijos proceso metu sukelto analizinio signalo registravimu. Viena is svarbiausių gliukozės biojutiklio dalių – vandenilio peroksido jutiklis. Biojutiklio kūrimui panaudotas fermentas – gliukozės oksidazė, išskirta iš Aspergillus niger grybelio. Tyrimo metu buvo susintetintas vandenilio peroksido elektrodas padengtas Nafionu bei trys vienodos konfigūracijos vandenilio peroksido elektrodai modifikuoti aukso nanodalelėmis ir Nafionu. Elektrodai padengti aukso nanodalelėmis pasižymėjo geresniu vandenilio peroksido produkavimo efektyvumu bei didesniu jautrumu, iš kurių du atrinkti, remiantis atsaku į analizinį signalą, gliukozės biojutikliui kurti. Sukurti du vienodos konfigūracijos fermentiniai elektrodai ir remiantis biokatalizės efektyvumu parinktas tinkamiausias elektrodas biojutikliui kurti, kurio konfigūracija: aukso nanodalelėmis nanostruktūrizuoto aukso elektrodo paviršius modifikuotas Nafionu ir imobilizuotas fermentas. Nustatyta, kad optimaliomis sąlygomis (300 mV, pH 7,4) gliukozės biojutiklis pasižymėjo 2,323 µA · mM · cm-2 jautrumu tiesinėje 0 – 1,4 mM dalyje. Taip pat biojutiklis pasižymėjo 0,68 mM detekcijos limitu. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodai ir medžiagos, rezultatai ir jų aptarimas, išvados bei literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 38 p. teksto be priedų, 12 paveikslų, 1 lentelė ir 35 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: aukso nanodalelės, gliukozės oksidazė, gliukozės biojutiklis, gliukozė Anotacija (užsienio k.) This bachelor‘s thesis describes developement and analysis of glucose biosensor which ability to do work is based on the recording of the analytical signal induced during the glucose oxidation process. One of the most important parts of a glucose biosensor is the hydrogen peroxide sensor. The enzyme used to create the biosensor is glucose oxidase, extracted from the fungus Aspergillus niger. During the research Hydrogen peroxide electrode coated with Nafion was synthesized as well as three identical configurations of hydrogen peroxide electrodes modified with gold nanoparticles and Nafion. Electrodes coated with gold nanoparticles were distinguished by better hydrogen peroxide production efficiency and higher sensitivity, two of which were selected based on the response to the analytical signal to develop a glucose biosensor. Two enzymatic electrodes of the same configuration were developed and based on the efficiency of biocatalysis, the most suitable electrode for the development of a biosensor was selected, with the configuration of: Nafion surface modified with gold nanoparticles and immobilized enzyme. This thesis provides a conclusion that under optimal conditions (300 mV, pH 7.4) the glucose biosensor had a sensitivity of 2.323 µA · mM · cm-2 in the linear part of 0 - 1.4 mM. The biosensor also had a detection limit of 0.68 mM. Structure: introduction, literature review, methods and materials, results, conclusions and references. Thesis consist of: 38 p. text without appendixes, 12 pictures, 1 table, 35 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: gold nanoparticles, glucose oxidase, glucose biosensor, glucose
Studento vardas, pavardė Jurgita Montrimaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Klenow fragmento (exo- ) gryninimo technologijos tobulinimas ir kokybinių parametrų vertinimas	Baigiamojo darbo vadovas Augusta Ivaškė
Anotacija (lietuvių k.) Klenow fragmentas (exo-), yra didysis DNR polimerazės I fragmentas. Jis turi 5' - 3' polimerazinį aktyvumą, tačiau pašalintas 5' - 3' ir 3' - 5' egzonukleazinis aktyvumas. Klenow fragmentas (exo-) naudojamas Sengerio sekoskaitai, žymėtų zondų sintezei ir kt. Šio darbo tikslas - paruošti Klenow fragmento (exo-) gryninimo schemą, išgryninti baltymą ir įvertinti jo kokybę. Darbo apimtis – 56 p. teksto be priedų, 29 iliustr., 6 lent., 42 bibliografiniai šaltiniai, 6 priedai. Raktiniai žodžiai: Chromatografija, gryninimas, Klenow fragmentas (exo-), DNR polimerazė I. Anotacija (užsienio k.) Klenow fragment (exo-) is the major part of DNA polimerase I enzyme. Fragment maintained its 5' - 3' DNA polymerase I activity , with both 5' - 3' and 3' - 5' exonucleasic acticity parts removed. Klenow fragment (exo-) is used for Senger sequencing, synthesis of marked probes etc. Main goal for this work is to prepare Klenow fragment (exo-) purification scheme then purify the target enzyme and evualate its quality. Thesis consist of: 56 p. text without appendixes, 29 pictures, 6 tables, 42 bibliography entries, 6 appendixes. Raktiniai žodžiai: Chromatography, purification, Klenow fragment (exo-), DNA polymerase I.
Studento vardas, pavardė Edita Kodytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Nizinu įkapsuliuotų ulvano dalelių sintezė ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) Nizinas yra vienas populiariausių bakteriocinų maisto pramonėje. Tačiau nizino antibakterinis aktyvumas ir stabilumas gali mažėti dėl sąveikos su maiste esančiais komponentais arba aplinkos veiksnių. Nizinui apsaugoti yra kuriamos įvairios įkapsuliavimo sistemos. Ulvanas yra potencialus polimeras, kuris gali būti naudojamas kaip niziną kapsuliuojanti medžiaga. Šio baigiamojo bakalauro darbo tikslas buvo susintetinti nizinu kapsuliuotas ulvano daleles ir jas ištirti, t.y. įvertinti įkapuliavimo efektyvumą, kaip jis keičiasi dalelių saugojimo metu, palyginti nizinu įkapsuliuotų ulvano dalelių ir laisvo nizino proteolitinį stabilumą bei atlikti nizino atsipalaidavimo iš dalelių tyrimus. Geresnis įkapsuliavimo efektyvumas yra stebimas labiau šarminėmis sąlygomis, o saugojimo laikotarpis neturi įtakos dalelių stabilumui. Taip pat nustatyta, kad nizinu įkapsuliuotos ulvano dalelės yra mažiau jautrios proteolitiniam poveikiui. Atlikus nizino atpalaidavimo tyrimus in vitro gauta, kad nizinas atsipalaiduoja esant žemam pH. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 54 p. teksto be priedų, 24 iliustr., 5 lent., 52 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: įkapsuliavimas, nizinas, nizinu įkapsuliuotos ulvano dalelės, ulvanas, proteolitinis stabilumas, įkapsuliavimo efektyvumas. Anotacija (užsienio k.) One of the most popular bacteriocins in the food industry is nisin. Unfortunately, the antimicrobial activity and stability of nisin may be reduced due to interactions with food compounds or environmental factors. Various encapsulation systems are being developed to solve this problem. Ulvan is a potential polymer that can be used as a coating material. This study was aimed to synthesize nisin-loaded ulvan particles and investigate, i.e. evaluate loading efficiency, observe the effect of storage time on the loading efficiency, compare the proteolytic stability of nisin-ulvan loaded particles with free nisin and perform nisin release from particles studies. Nisin-loaded ulvan particles were prepared by the complexation method. The better loading efficiency is observed under more alkaline conditions. Particles’ storage time does not have an impact on the loading efficiency. In addition, it was determined that nisin-loaded ulvan particles are more resistant against proteolytic degradation. Nisin release from ulvan particles in vitro was observed at lower pH. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consist of 54 p. text without appendixes, 24 pictures, 5 tables, 52 bibliographical entries. Appendixes included. Raktiniai žodžiai: encapsulation, nisin, nisin-loaded particles, ulvan, proteolytic stability, encapsulation efficiency.
Studento vardas, pavardė Vita Jankauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Probiotinų preparatų įtaka lapinių burokėlių (Beta vulgaris) morfometriniams parametrams, antioksidantiniam aktyvumui bei fenolinių junginių kiekiui auginant laboratorinėmis sąlygomis	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe, biocheminių bei spektrofotometrinių metodų pagalba, nagrinėjama probiotinių preparatų įtaka valgomųjų burokėlių morfometriniams parametras, antioksidantiniam aktyvumui bei fenolinių junginių kiekiui. Darbe buvo panaudoti dveji skirtingi probiotiniai preparatai, išnagrinėta šių preparatų sudėtis bei jų poveikis valgomųjų burokėlių biometriniams parametrams. Nustatytas vitamino C kiekis burokėliuose, užaugintuose ekologiniame ūkyje, panaudojant HPTLC metodą. Įvertintas fenolinių junginių kiekio kaupimasis šakniavaisiuose pagal galo rūgšties ekvivalentą. DPPH radikalų surišimo metodu nustatytas valgomųjų burokėlių antioksidantinis aktyvumas. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, 3 skyriai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 48 p. teksto be priedų, 22 iliustr., 2 lent., 66 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Probiotiniai preparatai, valgomasis burokėlis, vitaminas C, fenoliniai junginiai, antioksidantinis aktyvumas Anotacija (užsienio k.) In the bachelor work effect of enzymatic composition of probiotics on beetroot morphometric parameters, antioxidant activity and phenolic compounds has been analysed, using biochemical and spectrophotometric methods. In this work two different probiotic preparations were used, composition of these preparations and their impact for beetroot biometric parameters was analysed. The amount of vitamin C in beetroot from organic farm was measured using HPTLC method. Total phenolic compounds content in root was compared with gallic acid equivalent. Antioxidant activity of beetroot was evaluated using DPPH test. Structure: introduction, 3 chapters, conclusions, references. Thesis consist of: 48 p. text without appendixes, 22 pictures, 2 tables, 66 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Probiotic preparation, beetroot, vitamin C, phenolic compounds, antioxidant activity
Studento vardas, pavardė Kamilė Šimelytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Antimikrobinio peptido iš Pediococcus acidilactici JEM-1 gryninimo metodų paieška	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Jolanta Sereikaitė
Anotacija (lietuvių k.) Priklausomai nuo Pediococcus acidilactici kamieno skiriasi produkuojamo pediocino kiekis, todėl rasti efektyvią gryninimo schemą yra pakankamai sudėtinga. Dar vienas iššūkis, su kuriuo susiduriama gryninant pediociną, tai gaunamo tikslinio produkto išeiga, kuri dažnu atveju yra labai maža. Tad šiame baigiamajame bakalauro darbe kuriama efektyvi antimikrobinio peptido, kurį išskiria Pediococcus acidilactici JEM-1 bakterijos, gryninimo schema. Pirmiausia buvo modifikuotas pediocino gryninimo būdas iš bakterijų kultivavimo terpės, naudojant adsorbcijos-desorbcijos metodą. Atlikus tolimesnį gryninimą – SP-sefarozės jonų mainų chromatografiją, buvo pasitelkta tricino-NaDS-PAAG elektroforeze ir nustatyta apytikslė molekulinė masė, siekianti 4,2 kDa. Taip pat buvo išmatuota gauto tirpalo koncentracija bicinchoninės rūgšties metodu ir įvertinta gryninimo išeiga. Iš 250 mL terpės gauta 160 ?g pediocino. Kadangi išeiga gauta maža, buvo pasirinkta tobulinti pediocino gryninimo būdą. Kultivavimo terpė buvo prafiltruota per 5 kDa pralaidžias membranas ir kitomis sąlygomis atlikta SP-sefarozės jonų mainų chromatografija. Po šio gryninimo proceso buvo įvertinta išeiga. Iš 250 mL terpės gauta 660 ?g pediocino. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 53 p. teksto be priedų, 22 iliustr., 3 lent., 58 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami 2 darbo priedai. Raktiniai žodžiai: antimikrobinis aktyvumas, antimikrobinis peptidas, bakteriocinas, gryninimas, išeiga, molekulinė masė, pediocinas, Pediococcus acidilactici Anotacija (užsienio k.) The amount of produced pediocin varies depending on the strain of Pediococcus acidilactici. That is why finding an effective purification scheme is quite difficult. Another challenge encountered during the purification of pediocin is the low yield. Therefore, in this study, an efficient purification scheme of an antimicrobial peptide secreted by Pediococcus acidilactici JEM-1 bacteria is developed. At first, the purification method from the growth medium was modified using the adsorption-desorption method. After a further SP-Sepharose ion-exchange chromatography Tricine-SDS-PAGE electrophoresis was implemented to determine the approximate molecular weight which was 4.2 kDa. Also, the concentration of the sample was measured by BCA assay and the yield of the final product was evaluated. 160 ?g of pediocin was obtained from 250 mL growth medium. Due to the low yield it was chosen to improve the purification method. The growth medium was filtered through 5 kDa permeable membranes and SP-Sepharose ion-exchange chromatography was performed under other conditions. After this purification process the yield was estimated. 660 ?g of pediocin was obtained from 250 mL growth medium. Thesis has six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusion, references. Thesis consist of: 53 p. text without appendixes, 22 pictures, 3 tables, 58 bibliographical entries. 2 appendixes are included. Raktiniai žodžiai: antimicrobial activity, antimicrobial peptide, bacteriocin, purification, yield, molecular weight, pediocin, Pediococcus acidilactici
Studento vardas, pavardė Lina Mickevičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Pediastrum genties žaliadumblių potencialo biokuro gamybai vertinimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Jolanta Sereikaitė
Anotacija (lietuvių k.) Organinė biomasė – atliekos, aliejiniai augalai ar dumbliai, kaip atsinaujinantis šaltinis dažniausiai naudojamas šiluminei ir elektros energijoms bei biokurui gaminti. Dumblių biomasė – perspektyvi komercinio biodyzelino gamybai, kadangi kultūros gali būti auginamos nederlinguose žemės plotuose, nereikia papildomo apšvietimo, tinka panaudotas vanduo. Procesų rentabilumui padidinti, pramoninės, miestų ar kitos nuotekos naudojamos kaip pigi terpė dumblių biomasei gauti. Svarbu atrinkti modelinius organizmus – mikrodumblių rūšis, kurios kaupia daug lipidų, tinkamų panaudoti biodyzelino gamybai. Baigiamajame bakalauro darbe buvo tiriamas Pediastrum simplex žaliadumblių potencialas biodyzelino gamybai, vertinant jų augimą ir lipidų kaupimą nuotekose. Gauti rezultatai buvo pristatyti Vilnius Tech 24-oje jaunųjų mokslininkų konferencijoje, ir rodo, kad Kėdainių cukraus fabriko nuotekos nėra perspektyvios norint auginti Pediastrum genties žaliadumblių kultūrą biokuro gamybos tikslams, kadangi sintetinėje terpėje gauta iki 5 kartų didesnis biomasės kiekis. Kultūra, kuri buvo auginama nuotekose, sukaupė mažiau lipidų – 18 %, sintetinėje kontrolinėje terpėje – 27 %. Taigi, šio žaliadumblio kamieno auginimo kaštai būtų per dideli rentabiliai biokuro gamybai. Tačiau sukaupti potencialiai dideli lipidų kiekiai sintetinėje kontrolinėje terpėje parodo, kad pasirinkta dumblių rūšis gali būti vertinga kitiems bioproduktams gauti. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 56 p. teksto be priedų, 24 pav., 3 lent., 43 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Kokoidiniai žaliadumbliai, mikrodumbliai, biokuras, nuotekų valymas, bioproduktai. Anotacija (užsienio k.) Organic biomass - waste, oilseeds or algae as a renewable source is mainly used for the production of heat and electricity and biofuels. Algal biomass is promising for the production of commercial biodiesel as crops can be grown on infertile land, no additional lighting is required, and used water is suitable. To increase the cost-effectiveness of processes, industrial, urban or other wastewater is used as a cheap medium to obtain algal biomass. It is important to select model organisms - microalgae species that accumulate a lot of lipids suitable for use in the production of biodiesel. The bachelor thesis investigated the potential of Pediastrum simplex green algae for biodiesel production by assessing their growth and lipid accumulation in wastewater. The obtained results were presented at the 24th conference of young scientists of Vilnius Tech and show that the wastewater of Kėdainiai sugar factory is not promising to grow Pediastrum genus for biofuel production, as up to 5 times higher biomass was obtained in synthetic medium. The culture which was grown in wastewater accumulated less lipids – 18 %, in the synthetic control medium – 27 %. So the cost of growing this green algae strain would be too cost-ineffective for biofuel production. However, the accumulation of potentially high levels of lipids in the synthetic control medium indicates that the chosen algal species may be valuable for other bioproducts. Structure: introduction, literature review, methodical part, results, conclusions, references. Thesis consist of: 56 p. text without appendixes, 24 pictures, 3 tables, 43 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Cocoid green algae, microalgae, biofuels, wastewater treatment, bioproducts.
Studento vardas, pavardė Rugilė Chmieliauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Polimerintų dalelių fermentinė sintezė ir jų pritaikymas gliukozės biologinio jutiklio kūrimui	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Didėjant žmonių, sergančių cukriniu diabetu, skaičiui pasaulyje, auga biologinių jutiklių kūrimo metodų paklausa. Todėl mokslininkų bendruomenė deda pastangas kurdama veiksmingas diabeto valdymo ir diagnostikos priemones. Dėl šios priežasties polimerai tampa neatsiejama biomolekulių imobilizacijos strategijų ir elektrocheminių jutiklinių platformų dalis. Baigiamojo bakalauro darbo tikslas buvo fermentinės sintezės metu susintetinti polimerintas daleles (polipirolo, polianilino), jas pritaikyti kuriant gliukozės biologinio jutiklio modelį bei panaudoti nustatant gliukozės kiekį žmogaus serume. Darbo metu buvo nustatyta, kad optimaliausia pirolo ir anilino dalelių polimerizacijos trukmė yra 2 paros sintetinant pH 6,0 acetatiniame buferiniame tirpale. Pastebėta, kad mediatoriaus pridėjimas yra būtinas, jog gliukozės biologinis jutiklis būtų jautrus analitei. Nustatyta, kad 3 ?L polimerintų dalelių kiekis yra optimaliausias kuriant biologinį jutiklį. Taip pat išsiaiškinta, kad biologinis jutiklis sukurtas grafito elektrodo, padengto polipirolu ir gliukozės oksidaze, pagrindu yra efektyvesnis už analogišką elektrodą, padengtą polianilinu ir gliukozės oksidaze. Naudojant sukurtą grafito elektrodą, modifikuotą polipirolo sluoksniu bei gliukozės oksidaze, įvertintas tiesinis gliukozės koncentracijos intervalas – nuo 0,1 iki 16,5 mmol/L, koreliacijos koeficientas – 0,9969, aptikimo riba – 0,10 mmol/L, rezultatų variacijos koeficientas esant 4,48 mmol/L gliukozės koncentracijai – 2,34 %, bei stabilumas – 22 paros. Nustatyta, kad sukurtas gliukozės biologinis jutiklis yra atsparus trukdžiams bei pasižymi geromis išgavomis nuo 92 iki 98,2 %, nustatant gliukozės kiekį skiestame žmogaus serume. Darbą sudaro 8 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas, padėka, priedai. Darbo apimtis – 59 p. be priedų, 32 paveikslai, 2 lentelės ir 46 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Anilinas, biologinis jutiklis, gliukozė, gliukozės oksidazė, grafito elektrodas, N-metilfenazino metosulfatas, pirolas, žmogaus serumas. Anotacija (užsienio k.) An increasing number of people with diabetes simultaneously affects the demand for methods for developing biological sensors. Therefore, the research community is working to develop effective tools for diabetes management and diagnosis. Hence, polymers are becoming an integral part of biomolecule immobilization strategies and electrochemical sensor platforms. The bachelor's thesis aimed to synthesize polymerized particles (polypyrrole, polyaniline) during enzymatic synthesis, to apply them in the development of a glucose biological sensor model, and, likewise, to use polymerized particles in the determination of glucose in human serum. The performed study found that the optimal time for polypyrrole’s and polyaniline’s particles formation is 2 days in the solution of acetate buffer, pH 6.0. It has been observed that the addition of a mediator is necessary for the glucose biological sensor to be sensitive to the analyte. The amount of 3 ?L polymerized particles was found to be the most optimal for the development of a biological sensor. In addition, a biological sensor based on a graphite rod electrode coated with polypyrrole and glucose oxidase has been found more efficient than an analogous electrode coated with polyaniline and glucose oxidase. Using the developed graphite rod electrode modified with polypyrrole layer and glucose oxidase, the linear concentration range of glucose was estimated to range from 0.1 to 16.5 mmol/L, the correlation coefficient – 0.9969, the detection limit – 0.10 mmol/L, coefficient of variation of results at 4.48 mmol/L glucose concentration – 2.34 %, and the stability – 22 days. The developed glucose biosensor was found to be resistant to interferences and to have good yields ranging from 92 to 98.2 % regarding the determination of glucose in diluted human serum. Thesis consists of 8 parts: introduction, literature review, methodological part, results and their discussion, conclusions, references, acknowledgment, appendices. Thesis consists of: 59 p. text without appendices, 32 figures, 2 tables and 46 bibliographical sources. Raktiniai žodžiai: Aniline, biological sensor, glucose, glucose oxidase, graphite rod electrode, N-methylphenazine methosulfate, pyrrole, human serum.
Studento vardas, pavardė Laura Stakytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Bet v 1 alergenų antigeniškumo savybių palyginamoji analizė	Baigiamojo darbo vadovas Vilius Bešėnas
Anotacija (lietuvių k.) Alergija yra dažniausia lėtinė liga Europoje, sergamumo lygis kiekvienais metais vis didėja ir per pastaruosius dešimtmečius buvo stebimas drastiškas alerginių susirgimų skaičiaus augimas. Tobulėjant molekulinei biologijai bei bioinžinerijai, pavyko išgryninti pavienius alergenus, dar vadinamus komponentais. Alergenų komponentų naudojimas alergijų diagnostikoje gali padidinti in vitro tyrimų analitinį jautrumą, ypač kai reikiamo alergeno ekstrakte yra nepakankamai, nustatyti kryžminėse reakcijose dalyvaujančius alergenus, patobulinti testų analitinį specifiškumą. Šio darbo tikslas: įvertinti trijų Bet v 1 alergenų, išskirtų iš skirtingų šaltinių (E. Coli bakterijų, tabako lapų ir beržo ekstrakto) tinkamumą alergijų diagnostikoje in vitro ir palyginti jų antigenines savybes. Šio darbo metu ištirtos trijų skirtingų Bet v 1 alergenų antigeninės savybės specifinių IgE inhibicijos, imunofermentinės analizės ir imunofluorescencinės analizės mikrogardelės formate metodais. Nustatyta, jog potencialiai tinkamiausias alergeno komponentas alergijų diagnostikoje in vitro yra Bet v 1, išskirtas iš E. Coli ir sulietas su MBP, mažiau tinkamas Bet v 1, išskirtas iš natūralaus šaltinio. Bet v 1, išskirtas iš tabako lapų, šiomis sąlygomis nėra tinkamas alergijų diagnostikoje. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, tyrimo rezultatai, rezultatų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 54 p. teksto be priedų, 18 iliustracijų, 4 lentelės, 44 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: alergenų komponentai, alergijų diagnostika in vitro, Bet v 1, antigeninės savybės Anotacija (užsienio k.) Allergy is the most common chronic disease in Europe, the incidence rate is increasing every year and a drastic increase in the number of allergic diseases has been observed in recent decades. With the development of molecular biology and bioengineering, it has been possible to purify individual allergens, also called components. The use of allergen components in the diagnosis of allergies can increase the analytical sensitivity of in vitro tests, especially when the required allergen is insufficient in the extract, identify allergens involved in cross-reactions, and improve the analytical specificity of tests. This study aimed to evaluate the suitability of three Bet v 1 allergens isolated from different sources (E. coli bacteria, tobacco leaves, and birch extract) for allergy diagnosis in vitro and to compare their antigenic properties. In this work, the antigenic properties of three different Bet v 1 allergens were investigated by methods of specific IgE inhibition, enzyme-linked immunosorbent assay, and immunofluorescence assay in a microarray format. The potentially most suitable allergen component in the diagnosis of allergies in vitro was found to be Bet v 1 isolated from E. coli and fused to MBP, the less suitable Bet v 1 isolated from a natural source. Bet v 1 isolated from tobacco leaves is not suitable in the diagnosis of allergies under these conditions. Structure: introduction, literature review, materials and methods, research results, discussion of results, conclusions, and references. The thesis consists of 54 p. text without appendixes, 18 pictures, 4 tables, 44 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: allergen components, allergy diagnostics in vitro, Bet v 1, antigenic properties
Studento vardas, pavardė Gabija Kugaudaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Sergamumo odos melanoma ir mirtingumo nuo jos pokyčiai Lietuvoje	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eglė Strainienė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe yra tiriami sergamumo ir mirtingumo nuo odos melanomos rodiklių pokyčiai Lietuvoje per 25 metų laikotarpį bendrai ir grupėse pagal amžių, periodą ir gimimo kohortą. Darbe pateikiami apskaičiuoti standartizuoti kasmetiniai sergamumo odos melanoma 1988-2012 m. laikotarpiu ir mirtingumo nuo jos 1993-2017 m. laikotarpiu rodikliai ir atlikta jų pokyčių tarp vyrų ir moterų Lietuvoje analizė. Vertinant sergamumo ir mirtingumo pokyčius Lietuvoje, buvo apskaičiuoti rodikliai, atsižvelgiant į amžių, laikotarpį ir gimimo metus. Išnagrinėjus sergamumo odos melanoma ir mirtingumuo nuo jos pokyčius Lietuvoje, pateikiamos baigiamojo darbo išvados ir rekomendacijos. Darbą sudaro dalys: įvadas, literatūros apžvalga, tyrimo medžiaga ir metodai, tyrimo rezultatai, rezultatų aptarimas ir rekomendacijos, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 56 p. teksto, 23 iliustr., 7 lent., 42 bibliografiniai šaltinių. Raktiniai žodžiai: epidemiologinė analizė, metinis procentinis pokytis, mirtingumas, mirtingumo rodiklis, odos melanoma, onkologinė liga, pasikliautinasis intervalas, rizikos veiksniai, segmentinės regresijos metodas, sergamumas, sergamumo rodiklis, standartizuotas pagal amžių rodiklis, vidutinis metinis procentinis pokytis Anotacija (užsienio k.) The final bachelor's thesis examines the trends in incidence and mortality from skin melanoma in Lithuania over a 25-year period in general and in groups by age, period and birth cohort. The final work presents the calculated annual standardized rates of the incidence of skin melanoma in the period of 1988-2012 and mortality from it in the period of 1993-2017 and the analysis of their trends between men and women in Lithuania. To assess changes in incidence and mortality in Lithuania, rates were calculated according to age, period and year of birth. After analyzing the changes in the incidence of skin melanoma and mortality from it in Lithuania, the conclusions and recommendations of the final work are presented. Structure: introduction, literature review, research material and methods, research results, discussion of results and recommendations, conclusions, references. Thesis consists of: 56 p. text, 23 pictures, 7 tables, 42 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: age-standardized rate, annual percentage change, average annual percentage change, confidence interval, epidemiological analysis, incidence rate, incidence, mortality rate, mortality, oncological disease, risk factors, segmental regression method, skin melanoma
Studento vardas, pavardė Paulius Zasčiurinskas	Baigiamojo darbo pavadinimas Biocidinių mielių paieška rūgštinį pH turinčiuose aplinkos mėginiuose	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Biocidinės mielės, tai vienaląsčiai eukariotiniai mikroorganizmai, kurie konkuruodami su kitais mikroorganizmais išskiria biocidines medžiagas, kurios slopina konkurentų augimą ir vystymąsi. Mielių biocidiškumas priklauso ne nuo konkrečių mielių rūšių, bet nuo jų kamienų. Vienas iš mechanizmų, kuriuo mielės antagonistiškai veikia kitus mikroorganizmus yra baltyminių medžiagų - toksinų - sintezė ir išskyrimas. Mielių toksinai yra aktyvūs rūgštiniame pH, todėl didžiausia tikimybė rasti naujų biocidinių mielių kamienų yra žemą pH turinčiuose aplinkos mėginiuose. Šio darbo tikslas taikant mikrobiologinius ir molekulinius tyrimų metodus identifikuoti biocidines mieles iš rūgštinį pH turinčių aplinkos mėginių ir įvertinti jų biocidines savybes. Šio darbo metu tyrimai buvo vykdomi su iš pelkių vandens, siloso ir uogų (spanguolių, bruknių ir juodųjų aronijų) išskirtomis mielėmis bei bakterijų kamienais. Mėginių pH buvo nuo 2.5 iki 7. Buvo atliekama mielių kultūrų morfologinė analizė, įvertinamas mielių biocidiškumas kitoms mielėms bei bakterijoms ir molekuliniais metodais identifikuojamos mielių rūšys. Buvo išskirta po 31 mielių kamienų iš trijų buveinių. Iš pelkių vandens buvo išskirti 8 biocidiniai kamienai, iš uogų – 13, tuo tarpu iš siloso – 14. Daugiausia biocidinių mielių priklausė Wicherchamomyces, Candida, Metchnikowia ir Cryptococcus gentims. Buvo nustatyta, kad stipriausiai biocidinės mielių savybės pasireiškė esant pH intervalui tarp 4-4,8. 46 mielių kamienai išskirti iš rūgštinį pH turinčių mėginių, antibakteriškai veikė bent vieną bakterijų kamieną, iš kurių K. pneumoniae, Arthrobacter sp. ir B. subtilis buvo jautriausi mielių poveikiui. Šio eksperimento metu pirmą kartą buvo tiriama mielių įvairovė pelkių vandenyje ir pirmą kartą aprašytos biocidinės mielių, išskirtų iš rūgštinį pH turinčio vandens, savybės Lietuvoje. Darbą sudaro įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai, rezultatų apibendrinimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 70 p. teksto su priedais, 17 paveikslėlių, 15 lentelių, 74 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Biocidinės mielės, rūgštinis pH, antibakterinis aktyvumas. Anotacija (užsienio k.) Annotation Killer yeasts are unicellular eukaryotic microorganisms secreting toxins lethal to susceptible cells. Most of the time biocidal activity is strain-dependent. Yeast toxins are active at acidic pH, ensuring the high probability of finding new killer yeast strains in low-pH environment. The objective of the present work was identification of killer yeasts in acidic environmental samples and evaluation of their biocidal properties. Samples were collected from swamp water, silage, and berries, such as cranberries, lingonberries and black chokeberries. Sample pH was in 2.5 – 7 range. Ninety three strains of yeast-like morphology, representing each of mentioned above habitat, were used for killer assay against yeast, bacteria and molecular species identification. Nine biocidal strains were isolated from swamp water, thirteen - from berries and fourteen - from silage. Most of killer yeast belonged to Wicherchamomyces, Candida, Metchnikowia and Cryptococcus genus. The strongest biocidal properties of identified killer yeasts were observed at pH 4 and 4.8. 46 strains of yeast showed antibacterial activity against at least one strain of bacteria. K. pneumoniae, Arthrobacter sp. and B. subtilis were most susceptible to yeast. Strongest antibacterial activity of identified killer yeasts were observed at 5.6 pH. This study, focusing on the diversity of yeast in acidic environmental habitats and prevalence of killer yeasts, is the first such investigation in Lithuania. The obtained data offer new insights on killer or other biocidal systems existing in acidic environments. Identified biocidal yeast and their toxins may have high potential in food industry and human therapy. Bachelor’s thesis structure: introduction, review of literature, material and methods, results and discussion, conclusions, references. Bachelors thesis consists of 70 pages, 17 figures, 15 tables, 74 references Raktiniai žodžiai: Killer yeast, acid pH, antibacterial activity
Studento vardas, pavardė Justas Simonavičius	Baigiamojo darbo pavadinimas Fermentinė kofeino degradacija ir sąsajos su purinų metabolizmu	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Atliekant baigiamąjį bakalauro darbą buvo siekiama įvertinti kofeino ir/arba teobromino biojutiklio sukūrimo galimybes panaudojant N1-demetilazę NdmA-His6, kuri degraduoja kofeiną arba N3-demetilazę NdmB-His6, kuri degraduoja teobrominą, nenaudojant reduktazės NdmD, kuri yra reikalinga šiems fermentams kaip elektronų donoras. Biojutiklis buvo kuriamas vieno fermento pagrindu, dėl iš dviejų fermentų sudaryto biojutiklio sudėtingumo jį pagaminant. Eksperimentų metu minėtus fermentus koduojantys genai buvo transformuoti į E.coli BL21(DE3) šeimininką, išreikšti, ir atitinkami NdmA-His6 ir NdmB-His6 baltymai buvo sėkmingai išgryninti iki homogeniškumo, tačiau jų aktyvumo naudojant tik NADH ar citochromo c kofaktorius nepavyko nustatyti. Padaryta išvada, kad tirti kofaktoriai/mediatoriai negali pakeisti NdmD baltymo demetilinimo reakcijoje, tam turi būti panaudojami kiti kofaktoriai/mediatoriai. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir tyrimo metodai, rezultatai ir rezultatų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 47 p. teksto be priedų, 20 iliustr., 11 lent., 32 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai Raktiniai žodžiai: Prasminiai žodžiai: biojutiklis, kofeinas, teobrominas, NdmA-His6, NdmB-His6, Escherichia coli. Anotacija (užsienio k.) The aim of this thesis was to evaluate the possibility of creating the caffeine and/or theobromine biosensor using the N1-demethylase NdmA-His6, which degrades the caffeine or N3-demethylase NdmB-His6, which degrades the theobromine, without use of NdmD reductase, which is required as the donor of electrons. The biosensor was developed on based on a single enzyme, due to the complexity of the biosensor composed of the two enzymes in its manufacture. During the experiments, the aforementioned genes were transformed into E. coli BL21(DE3) host, overexpressed, and respective NdmA-His6 and NdmB-His6 proteins were purified to homogeneity, but their activity using only NADH or citochrome c cofactors was not detected. It was concluded that used cofactors/mediators cannot replace the NdmD protein during the demethylation, for this purpose, the additional cofactors/mediators have to be used. Structure: introduction, literature overview, materials and methods, results and review of results, conclusions, references. Thesis consist of: 47 p. text without appendixes, 20 pictures, 11 tables, 32 bibliographical entries. Appendixes included. Raktiniai žodžiai: Keywords: Biosensor, caffeine, theobromine, NdmA-His6, NdmB-His6, Escherichia coli.
Studento vardas, pavardė Aistė Čenkutė	Baigiamojo darbo pavadinimas Valgomojo pomidoro (Solanum lycopersicum L.) lapų ligų sukėlėjų aptikimas ir identifikavimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eglė Strainienė
Anotacija (lietuvių k.) Darbo metu siekta aptikti patogenus, pažeidžiančius valgomojo pomidoro (Solanum lycopersicum L.) lapus, ir juos identifikuoti, naudojant PGR metodą su rūšims specifiniais pradmenimis. Siekiant aptikti patogeninius mikroorganizmus ankstyvojoje ligos stadijoje, buvo išskirti 152 grybinių mikroorganizmų izoliatai. Morfologinės analizės metu 57 grybiniai izoliatai buvo atrinkti tolimesniam identifikavimui. Naudojant rūšims specifinius pradmenis buvo identifikuotas 1 izoliatas Phytophtora infestans, 6 izoliatai Alternaria solani, 17 izoliatų Botrytis cinerea ir 1 izoliatas Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. Leveillula taurica, Septoria lycopersici ir Sclerotium rolfsii nebuvo aptikta. Raktiniai žodžiai: Pomidorų ligos, patogenai, grybai, PGR, Alternaria solani, Botrytis cinerea, Phytophthora infestans, Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, Leveillula taurica, Septoria lycopersici. Anotacija (užsienio k.) The main aim of this work was to detect pathogens damaging the leaves of tomato (Solanum lycopersicum L.) and to identify them using a PCR method with species-specific primers. 152 isolates of fungal microorganisms were isolated to detect pathogenic microorganisms in the early stage of the disease. During the morphological analysis, 57 fungal isolates were selected for further identification. 1 isolate of Phytophtora infestans, 6 isolates of Alternaria solani, 17 isolates of Botrytis cinerea and 1 isolate of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici were detected using species-specific primers. Leveillula taurica, Septoria lycopersici and Sclerotium rolfsii were not detected. Raktiniai žodžiai: Tomato diseases, pathogens, fungi, PCR, Alternaria solani, Botrytis cinerea, Phytophthora infestans, Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, Leveillula taurica, Septoria lycopersici.
Studento vardas, pavardė Evelina Bludnickaja	Baigiamojo darbo pavadinimas Enzimatinė DNR oligonukleotidų sintezė	Baigiamojo darbo vadovas dr. Daiva Tauraitė
Anotacija (lietuvių k.) Oligonukleotidai plačiai pritaikomi gyvybės mokslų tyrimuose – kaip molekulinės biologijos įrankis (pavydžiui, pradmenys, zondai ar aptamerai), taip pat gali būti panaudojami medicininiuose tyrimuose, nanotechnologijose. Paprastai oligonukleotidai gaunami kietafazės cheminės sintezės būdu, panaudojant fosforamiditų sintezės metodą. Tačiau cheminė sintezė pasižymi tam tikrais apribojimais – sudėtinga sintetinti ilgus fragmentus (>100 b), iškyla sintezės tikslumo problemų. Fermentinė oligonukleotidų sintezė galėtų būti puiki alternatyva cheminei sintezei, nes polimerazės yra sąlyginai tikslios ir procesyvios; fermentinė sintezė yra pigesnė. Taigi šio darbo tikslas – sukurti fermentinės daugybinės oligonukleotidų sintezės platformą ir charakterizuoti susintetintus oligonukleotidus naujos kartos sekoskaitos metodu. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūra. Darbo apimtis – 75 p. teksto be priedų, 31 iliustr., 23 lent., 22 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: oligonukleotidai, fermentinė sintezė, genominės DNR biblioteka. Anotacija (užsienio k.) Oligonucleotides are widely applied in life sciences studies – they could be used as a tool in molecular biology (e.g., primers, probes, aptamers). Also, oligonucleotides could be used in medical researches and nanotechnologies. Usually, oligonucleotides are synthesized by the solid-phase chemical synthesis, using the phosphoramidite method. However, chemical synthesis has some limitations – it is difficult to synthesize long fragments (>100 b), accuracy of the synthesis is not very precise. Enzymatic synthesis of oligonucleotides could be a great alternative to chemical synthesis, because polymerases are relatively accurate and processive, also enzymatic synthesis is cheaper. The purpose of this work is to develop a platform for enzymatic multiple oligonucleotide synthesis and characterize synthesized oligonucleotides by a new generation sequencing method. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consist of: 75 p. text without appendixes, 31 pictures, 23 tables, 22 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: oligonucleotides, enzymathic synthesis, genomic DNA library.
Studento vardas, pavardė Austėja Kazanavičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Knygas pažeidžiančių mikromicetų augimo galimybių skirtingomis sąlygomis įvertinimas ir fungicidinių priemonių paieška	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Mikromicetai, esant augimui palankioms sąlygoms, tokioms kaip optimali augimo temperatūra, terpės pH reikšmė, augimui palankūs substratai, efektyviai auga, dauginasi ir taip gali pažeisti, sugadinti knygas. Siekiant apsaugoti dokumentus nuo biodegradacijos, reikia ištirti, kokios sąlygos yra nepalankios mikromicetų augimui ir kokios fungicidinės priemonės gali būti efektyviai taikomos augimo inhibicijai. Šiame darbe buvo tiriamas A. alternariae, A. fumigatus, A. niger, C. cladosporioides, P. brevicompactum, P. chrysogenum, T. harzianum mikromicetų augimas esant įvairiems anglies šaltiniams, skirtingai aplinkos temperatūrai, skirtingai terpės pH, taip pat įvertintas knygoms naudojamų klijų pažeidžiamumas. Galiausiai buvo tiriamas fungicidinių medžiagų (etanolis, propilparabenas, benzalkonio chloridas) ir skirtingų jų koncentracijų poveikis mikromicetų augimui. Darbo metu nustatyta, kad visos tirtos mikromicetų rūšys auga anglies šaltiniu esant celiuliozei. Esant 4°C aplinkos temperatūrai yra mažiausia tikimybė šių mikroskopinių grybų plitimui, o terpės pH mikromicetų augimui didelės įtakos neturi. Efektyviausiai mikromicetų augimą inhibuoja benzalkonio chloridas, optimali šios medžiagos koncentracija yra 1%, 2%. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, tyrimo metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 51 p. teksto be priedų, 22 iliustr., 10 lent., 60 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: anglies šaltinis, augimo sąlygos, fungicidinės medžiagos, mikromicetai, pH, temperatūra. Anotacija (užsienio k.) Micromycetes are able to grow on books and therefore damage them under suitable growth conditions, such as optimal growth temperature, pH, preferred substrates. In order to prevent biodegradation of documents, it is important to investigate, what conditions are unfavorable for micromycetes and what fungicidal substances can be effectively used to inhibit the growth of micro fungi. Growth of A. alternariae, A. fumigatus, A. niger, C. cladosporioides, P. brevicompactum, P. chrysogenum, T. harzianum micromycetes under different conditions were investigated in this work. Experiments included growing selected micro fungi at different temperature, different pH of medium, on various carbon sources. Also, effect of fungicidal substances (ethanol, propylparaben, benzalkonium chloride) and variation of their concentrations on growth of micro fungi was estimated. It was established, that all selected micromycetes grow on cellulose. Growth of micro fungi depends on temperature and decreases when temperature is decreasing, while variations of pH do not have a significant effect. The most effective fungicide is benzalkonium chloride and it‘s optimal concentration to inhibit the growth of micromycetes is 1% or 2%. Structure: introduction, literature review, methods, results, discussion, conclusions and references. Thesis consist of: 51 p. text without appendixes, 22 pictures, 10 tables, 60 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: carbon sources, fungicidal substances, micromycetes, optimal growth conditions, pH, temperature.
Studento vardas, pavardė Sandra Viažel	Baigiamojo darbo pavadinimas Užterštame dirvožemyje aptinkamų aktinobakterijų biocidinis aktyvumas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Juliana Lukša
Anotacija (lietuvių k.) Aktinobakterijos yra viena iš dominuojančių mikroorganizmų grupių dirvožemyje, kurios gamina biotechnologiniu požiūriu svarbius antrinius metabolitus, tokius kaip fermentai, antibiotikai, taip pat padeda augalams įsisavinti organines medžiagas, bei mažina dirvožemio užteršimą. Jų kiekis priklauso nuo metų laiko, pH, drėgmės ir kt. Tyrimo tikslas – išsiaiškinti aktinobakterijų paplitimą užterštame dirvožemyje, bei rasti aktinobakterijų produkuojančių biologiškai aktyvias medžiagas. Šiame darbe buvo tirtas aktinobakterijų paplitimas užterštame dirvožemyje, bei jų gebėjimas išskirti biologiškai aktyvias medžiagas. Iš užteršto dirvožemio mėginių buvo išskirta ir išgryninta iki grynų kolonijų virš 100 aktinobakterijų kultūrų, kurios buvo panaudotos biocidinio aktyvumo tyrimui. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis 42 p. teksto be priedų, 18 paveikslas, 7 lentelės, 34 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: aktinobakterijos, paplitimas, užterštas dirvožemis, biocidinis aktyvumas. Anotacija (užsienio k.) Actinobacteria are one of the dominant groups of microorganisms in soil that produce biotechnologically important secondary metabolites such as enzymes, antibiotics also help plants absorb organic matter, and reduce soil contamination. Their amount depends on the time of year, pH, humidity, and so on. The aim of the study was to estimate out the prevalence of actinobacteria in contaminated soil, and to find actinobacteria that produce biologically active substances. In this work, the prevalence of actinobacteria in contaminated soil and their ability to release biologically active substances were investigated. More than 100 cultures of actinobacteria were isolated from the contaminated soil samples and purified to pure cultures, which were used for the biocidal activity assay. The work consists of six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and their discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 42 p. text without appendixes, 18 pictures, 7 tables, 34 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Key words: actinobacteria, prevalence, contaminated soil, biocidal activity.
Studento vardas, pavardė Titas Stanevičius	Baigiamojo darbo pavadinimas CuNi kompozicijų sintezė ir charakterizavimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Šiame darbe Cu/Ti, Ni/Ti, CuNi/Ti, AuCu/Ti, AuNi/Ti ir AuCuNi/Ti dangos buvo tiriamos kaip gliukozės oksidacijos katalizatoriai. Cu-Ni kompozitai buvo suformuoti naudojant nebrangų elektrocheminį metalų nusodinimo metodą ir dekoruoti aukso nanodalelėmis galvaninio pakeitimo metodu. Charakterizuoti paruoštų nanokompozitų paviršiaus morfologiją, sudėtį ir struktūrą buvo pasitelkta skenuojanti elektroninė mikroskopija (SEM) ir Induktyviai Susietos Plazmos Optinės Emisijos Spektroskopija (ICP-OES). Nustatyta, jog suformuotos dangos pasižymėjo porėta struktūra. Paruoštų katalizatorių aktyvumas buvo įvertintas gliukozės oksidacijos reakcijai, naudojant ciklinės voltamperometrijos metodą, skleidžiant elektrodo potencialą 50 mV s-1 greičiu potecialo verčių intervale nuo -0,7 iki 0,7 V 0,1M Glu ir 0,1M NaOH tirpale. Palyginus susintetintų katalizatorių aktyvumą gliukozės oksidacijos reakcijai, nustatyta jog AuNDs didina kompozitų aktyvumą gliukozės oksidacijos reakcijai. Taip pat buvo tiriamas suformuotų katalizatorių aktyvumas gliukozės-vandenilio kuro elemento laboratoriniame prototipe. Galiausiai ištirtos nanokompozitų antimikrobinės savybės prieš dviejų rūšių bakterijų kultūras, stebint susidariusias inhibicines zonas. Visi tirti elektrodai pasižymėjo akivaizdžiai matomomis antimikrobinėmis savybėmis, o suformuotas Cu/Ti nanokompozitas inhibuoja didžiąją dalį bakterijų Petri lėkštelėje. Bakalaurinį darbą sudaro: įvadas, 4 skyriai, išvados ir literatūros sąrašas. Bakalaurinio darbo apimtis - 41 p. teksto, 16 paveikslų, 5 lentelės, 30 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Gliukozės oksidacija, aukso nanodalelės, kuro elementai, CuNi nanokompozitai, katalizatoriai, antimikrobinės savybės. Anotacija (užsienio k.) In this work, Cu/Ti, Ni/Ti, CuNi/Ti, AuCu/Ti, AuNi/Ti and AuCuNi/Ti coatings were investigated as glucose oxidation catalysts. Cu-Ni composites were prepared using the low-cost electrochemical metal deposition method and decorated with gold nanoparticles by the galvanic exchange method. Scanning electron microscopy (SEM) and Inductive Coupled Plasma Optical Emission Spectroscopy (ICP-OES) were used to characterize the surface morphology, composition, and structure of the prepared nanocomposites. It was found that the formed coatings had a porous structure. The activity of the prepared catalysts was evaluated for the glucose oxidation reaction using the cyclic voltammetry method, emitting the electrode potential at a speed of 50 mV s-1 in the range of -0.7 to 0.7 V 0.1M Glu and 0.1M NaOH solution.. Comparing the activity of the synthesized catalysts for the glucose oxidation reaction, it was found that AuNDs increase the activity of the composites in the glucose oxidation reaction. The activity of the formed catalysts was also investigated in the laboratory prototype of glucose-hydrogen fuel cell. Finally, the antimicrobial properties of the formed nanocomposites were investigated against the cultures of two different bacteria by observing inhibitory zones. All electrodes tested had clearly visible antimicrobial properties, and the formed Cu / Ti nanocomposite inhibited most of the bacteria in the Petri dish. Bachelor’s thesis structure: introduction, 4 chapters, conclusions, references. Bachelor’s thesis consists of: 41 p. of text, 16 figures, 2 tables, 30 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Glucose oxidation, gold nanoparticles, fuel cells, CuNi nanocomposites, catalysts, antimicrobial properties.
Studento vardas, pavardė Eimantas Pocius	Baigiamojo darbo pavadinimas Modifikuotųjų pirimidinų ir purinų metabolizmo mutantų sukūrimas ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Purinų ir pirimidinų metabolizmas yra neatsiejama kiekvieno organizmo vystymosi dalis. Šiuose metabolizmo keliuose dalyvauja įvairūs fermentai, koduojami atitinkamų genų. Šio darbo metu buvo siekiama sukonstruoti modifikuotųjų purinų ir pirimidinų metabolizmo mutantus. Mutantų kūrimui buvo parinktos Salmonella typhi ir Escherichia coli bakterijos. Žiedinių plazmidžių ir linijinės DNR įterpimas į bakterijas buvo atliekamas keliais metodais: cheminės transformacijos naudojant CaCl2, elektroporacijos naudojant elektros laukus, ir mechaninės (fizinės) transformacijos naudojant hidrogelį sepiolitą. Tiksliniai genai buvo padauginami polimerazinės grandininės reakcijos (PGR) pagalba, naudojant skirtingus pradmenis kaip šablonas buvo naudojama pTZ57R plazmidė su atsparumo kanamicinui sritimi. PGR produktų įterpimui į bakterijų chromosominę DNR buvo naudojama Red/ET plazmidė. Ieškant orf319 geno funkcijos, buvo siekima sukurti jo mutantą į S.typhi ląstelėse. Siekiant gauti guanino auksotrofus, E.coli ląstelėse buvo siekiama sukurti atitinkamai guaA ar guaB genų, kurie atitinkamai koduoja IMP dehidrogenazę ir GMP sintetazę, mutantus. Transformacija į S.typhi ląsteles buvo nesėkminga – į bakterijas nepavyko įterpti Red/ET plazmidės, greičiausiai dėl šeimininko nukleazių veikimo. Tuo tarpu E.coli ląstelėse buvo gauti ir guaA, ir guaB mutantai su numatytu augimo fenotipu; ląstelės negalėjo gyventi minmalioje terpėje be guanino. Darbo metu yra apžvelgiamosa mutantų konstrukcijos ypatybės, iššūkiai ir nesklandumai, jų galimos priežastys. Darbą sudaro 5 dalys: įvadas, literatūrinė dalis, metodika, rezultatai ir jų aptarimas, išvadą ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 51 p. teksto, 13 paveikslėlių, 8 lentelės, 87 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: transformacija, purinai, pirimidinai, mutantai Anotacija (užsienio k.) The metabolism of purines and pyrimidines is an integral part of the development of each organism. These metabolic paths involve various enzymes encoded by specific genes. During this work, an attempt was made to construct mutants in the metabolism of modified purines and pyrimidines. Four different cell cultures were selected for the creation of mutants: Salmonella typhi and Escherichia coli. The insertion of circular plasmids and strained DNA into bacteria was carried out by several methods: by chemical transformation using CaCl2, the electroporation using the electrical fields, and mechanical (physical) transformation using the hydrogel sepiolith. The target genes were multiplied by polymerase chain reaction (PCR), with the help of different primers, pTZ57R plasmid with the area of resistance to kanamycin was used as a template. For the insertion of PCR products into bacterial chromosomal DNA, a recombinant Red/ET plasmid was used. In order to find a function of orf319 gene, it was attempted to create its mutant in the S. typhi cells. In order to obtain the guanine auxotrophs, it was attempted to create the mutants of respectively guaA or guaB genes, which encode IMP dehydrogenase or GMP synthetase, respectively. Unfortunately, the transformation into S. typhi cells was unsuccessful – recombinant Red/ET plasmid could not be inserted into the bacteria, probably due to the action of the host nucleases. Meanwhile, both guaA, ir guaB mutants with the expected growth phenotype were obtained; they could not grow on a minimal medium without the guanine. During this work, the features, challenges and problems during the construction of mutants are discussed together with the possible reasons of failure. Bachelor’s thesis structure: introduction, review of literature, material and methods, results and discussion, conclusions, references. Bacherlos thesis consists of 51 pages, 13 figures, 8 tables, 87 references Raktiniai žodžiai: transformation, purines, pirimidines, mutants
Studento vardas, pavardė Laura Cicėnaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Peroksidaze katalizuojamos 2,2'-dihidroksiazobenzeno oksidacijos reakcijos tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Rūta Ivanec-Goranina
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamojo darbo pagrindinis tikslas yra ištirti rekombinantinės Coprinus cinereus peroksidazės (rCip) katalizuojamą 2,2`-dihidroksiazobenzeno (2,2`-DHAB) oksidaciją. Literatūrinėje dalyje yra aprašomos tyrime naudojamų junginių, konkrečiai 2,2`-DHAB struktūros ypatybės, temos aktualumas ir rCip peroksidazės panaudojimas, veikimo mechanizmas. Metodinėje dalyje yra nuosekliai aprašoma detali tyrimo eiga, naudojami spektrofotometrinis ir fluorecencinis metodai bei skaičiavimų dalis. Tyrimo rezultatų skiltyje nurodoma, kaip buvo parenkami kinetiniai tyrimo parametrai, grafiškai atvaizduoti ir aptarti gauti 2,2`-DHAB oksidacijos reakcijos pradinio greičio priklausomybės nuo vandenilio peroksido, fermento rCip ir substrato 2,2`-DHAB koncentracijos rezultatai. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūrinė dalis, metodinė dalis, tyrimo rezultatai, išvados, literatūra. Darbo apimtis – 32 p. teksto be priedų, 11 pav., 2 lent., 47 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: rekombinantinė Coprinus cinereus peroksidazė, 2,2`-dihidroksiazobenzenas, oksidacija, bimolekulinė konstanta, kinetiniai parametrai Anotacija (užsienio k.) The main aim of this thesis is to investigate the oxidation of 2,2'-dihydroxyazobenzene (2,2'-DHAB) catalyzed by recombinant Coprinus cinereus peroxidase (rCip). In the literature part described compounds, used in this experiment, in particular the structural features and the relevance of 2,2'-DHAB. Also, the mechanism of action and the appliance of rCip peroxidase. The methodological part consistently describes the detailed course of the research, using spectrophotometric and fluorescence methods and presented calculations of the experiment. The test results section indicates how the kinetic parameters of the experiment were selected, the results of the initial oxidation reaction speed dependence of the 2,2'-DHAB on hydrogen peroxide, the enzyme rCip and the substrate 2,2'-DHAB concentration are plotted and discussed. The work consists of 6 parts: introduction, literature part, methodical part, research results, conclusions, literature. Scope of work: 32 p. text without appendixes, 11 pictures, 2 tables, 47 bibliographical entries. Work appendices are attached separately. Raktiniai žodžiai: recombinant Coprinus cinereus peroxidase, 2,2'-dihydroxyazobenzene, oxidation, bimolecular constant, kinetic parameters
Studento vardas, pavardė Jekaterina Novikova	Baigiamojo darbo pavadinimas Ląstelių 3D kultūrų inžinerija panaudojant natūralius, biologiškai suderinamus hidrogelius ir rekombinantinius morfogenus	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Vienas pagrindinių faktorių, labai ribojančių sėkmingą širdies, kepenų, plaučių ir kitų ligų gydymą, yra donorinių organų trūkumas. Organų transplantacija dažniausiai yra vienintelis galimas gydymas pacientams, sergantiems galutinės stadijos ligomis. Atėjusi nauja sintetinių biomedžiagų era, besivystanti milžinišku greičiu, jau leido sukurti dirbtines 3D biologines mikroaplinkas, kurios savo savybėmis labai panašios į natūralias mikroaplinkas ir leidžia panaudoti tarpląstelinio matrikso ir augimo faktorių kombinacijas terapiniams tikslams bei sprendžiant įvairius biologinius klausimus. Todėl audinių inžinerija gali pasiūlyti tvarias ir efektyvias pažeistų organų regeneracijos galimybes, kai pažeisti audiniai pakeičiami ilgalaikiais dirbtinais ir biosuderinamais audiniais. Vienas pagrindinių šio darbo tikslų buvo sukurti, genetiškai klonuoti ir pagaminti inovatyvius augimo faktorius/morfogenus bei juos pamėgdžiojančius peptidus ir panaudoti šias medžiagas 3D audinių inžinerijoje. Darbe buvo pritaikyti įvairūs molekuliniai genų inžinerijos ir ląstelės biologijos metodai, baltymų gamybos bakterinėse ir žinduolinėse sistemose technologijos, genų raiškos analizės bei 3D audinių inžinerijos metodai. Pateiktame darbe mes sukūrėme bakterinius ir žinduolinius DNR vektorius ephrinA1/B2 baltymų gamybai E.coli ląstelėse ir Expi293 sistemoje. Šios baltyminės molekulės buvo išgrynintos ir panaudotos indukuojant signalo perdavimo kelius bei ląstelių migraciją 3D sferoidų kultūrose. Mes sukūrėme keletą ephrin molekules pamėgdžiojančių peptidų, kurie gali būti kovalentiškai įjungti į 3D fibrino hidrogelius. Taip pat įdiegėme dviejų pakopų hepatocitų izoliavimo metodologijas iš žmogaus kepenų audinio, gauto atlikus kepenų rezekcijos operacijas ir analizavome šių ląstelių genų raišką bei įvairias jų savybes 2D ir 3D audinių kultūrose. Raktiniai žodžiai: efrinai, 3D audinių inžinerija, mimetiniai peptidai, baltymų raiška ir genų inžinerija Anotacija (užsienio k.) The shortage of donor organs remains a major treatment limitation including numerous diseases of liver, heart, lung failure and others. Liver transplantation is yet the only possible treatment for patients with end-stage liver disease. New era of synthetic biomaterials arrived and develops at a rapid pace forming 3D artificial extracellular microenvironments that are mimicking the natural microenvironment adding ECM-growth factors for therapeutic applications and biological studies. These models include the cell-cell and cell - ECM interactions. Therefore, tissue engineering may offer the possibility of sustainable and effective organ regeneration, where the damaged tissue is replaced with a long-lasting bio-manufactured artificial tissue. The objective of this work was the design, molecular cloning and expression of growth factors and mimicking peptides for 3D tissue engineering. Various molecular and cellular biology methods were used, including genetic engineering, expression of proteins in bacterial and mammalian expression systems, gene expression analysis and 3D tissue engineering. In the presented work we have constructed bacterial and mammalian DNA vectors for expression of ephrin A1/ B2 proteins in E.coli and Expi293 systems. These molecules were purified and used to induce cell signalling, cell migration in 3D cell spheroid model system. Additionally, we designed several ephrin mimetic peptides for covalent incorporation into 3D fibrin hydrogels. Finally, we have established two-step hepatocytes isolation methods from human liver resections and analysed gene expression and different properties of these cells in 2D and 3D cultures. Raktiniai žodžiai: Ephrins, 3D tissue engineering, mimetic peptides, protein expression, genetic engineering.
Studento vardas, pavardė Vainius Gagilas	Baigiamojo darbo pavadinimas Signalinių baltymų ir morfogenų eukariotinės ekspresijos sistemos kūrimas ir panaudojimas in vitro 3D audinių modeliuose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Organų transplantacija yra kol kas vienas efektyviausių gydymo metodų, taikomų įvairių širdies, kepenų, inkstų ir kitų organų patalogijų gydymui. Tačiau pagrindinis platesnį šių gydymo metodų pritaikymą ribojantis faktorius yra donorinių audinių nepakankamumas. Sparčiai besivystanti audinių inžinerija ir 3D audinių spausdinimas yra viena iš galimų alternatyvų donorų organams. Nors ir kompleksiniai organų audiniai, tokie kaip širdies, plaučių ar kepenų, yra sėkmingai pradėti kurti įvairiose laboratorijose, jie toli gražu dar nėra paruošti transplantacijai. Todėl ir toliau yra ieškoma natūralių biosuderinamų medžiagų, kurios galėtų praplėsti audinių inžinerijos galimybes. Mūsų atlikti tyrimai aiškiai parodė, kad egzistuoja kompleksiška tarpmolekulinė sąveika tarp augimo faktorių, tarpląstelinio matrikso ir tarp ląstelių ir mes parodėme, kad sumaniomis biomedžiagomis paremta strategija gali suteikti ląstelėms instrukcinius signalus ir turėti ilgalaikį regeneratyvinį potencialą. Šiame darbe buvo sukurta unikali ephrinA1 molekulių, kurios daro įtaką ląstelių adhezijai, migracijai, augimui bei audinių erdviniam išsidėstymui, imobilizavimo į 3D hidrogelius metodologija. Tokiu būdu, sukurdami in vitro 3D hidrogelių ir ląstelių sferoidų sistemas, kuriose imobilizuojami augimo faktoriai/morfogenai, galime pakeisti įvairių Eph receptorius ekspresuojančių ląstelių morfologiją, jų tolimesnį vystymąsi. Šios sistemos žymiai geriau atspindi in vivo procesus negu ląstelės auginamos 2D modeliuose. Todėl, šią technologiją galima būtų pritaikyti atliekant naujų vaistų, ląstelių receptorių sąveikos su imobilizuotais ligandais bei audinių regeneracijos tyrimams. Darbo apimtis – 67 p. teksto be priedų, 23 iliustr., 21 lent., 23 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: organų transplantacija, audinių inžinerija, augimo faktoriai, morfogenai, 3D hidrogeliai, audinių regeneracija Anotacija (užsienio k.) Organ transplantation is by far one of the most effective treatments for various heart , liver, kidneys and other organs pathologies. However, the main factor limiting the wider application of these therapies is the insufficiency of donor tissues. Rapidly evolving tissue engineering and 3D tissue printing are one of the possible alternatives wich could replace the donor organs. Although complex organ tissues such as the heart, lung, or liver have been successfully developed in various laboratories, they are far from ready for transplantation. Therefore, the search for natural biocompatible materials that could expand the possibilities of tissue engineering continues. Our research has clearly shown that there is a complex intermolecular interaction between growth factors, intercellular matrix, and between cells, and we have shown that a strategy based on biomaterials can provide instructional signals to cells and have long-term regenerative potential. In this work, a unique methodology for immobilization of ephrinA1 molecules, which influence cell adhesion, migration, growth and spatial arrangement of tissues on 3D hydrogels was developed. Thus, by creating in vitro 3D hydrogel and cell spheroid systems that immobilize growth factors / morphogens, we can change the morphology of various cells expressing Eph receptors and their further development. These systems reflect in vivo processes significantly better than cells grown in 2D models. Therefore, this technology could be applied to the research of new drugs, cell receptor interactions with immobilized ligands and tissue regeneration studies. Thesis consists of: 67 p. text without appendixes, 23 pictures, 21 tables, 23 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: organ transplantation, tissue engineering, growth factors, morphogens, 3D hydrogels, tissue regeneration
Studento vardas, pavardė Paulina Bludnickaja	Baigiamojo darbo pavadinimas Nukleorūgštis modifikuojančių fermentų tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas dr. Saulius Serva
Anotacija (lietuvių k.) Nukleorūgščių modifikacijas įvedantys fermentai yra neatsiejama darbo su nukleorūgštimis dalis. Naudojant šiuos fermentus galima palengvinti nukleorūgščių detekciją, jų gryninimą, paruošti nukleorūgštis tolimesnėms reakcijoms ir sudėtingesniems eksperimentams. Visgi šiuo metu naudojamų fermentų pasirinkimas nėra didelis, todėl naujų fermentų atradimas yra labai svarbus norint praplėsti su nukleorūgštimis susijusių darbų galimybes. Darbo tikslas – patikrinti įvairių baltymų gebėjimą modifikuoti nukleorūgštis ir įvertinti šių baltymų panaudojimo galimybes biotechnologijose. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 74 p. teksto su 1 priedu, 50 iliustr., 23 lent., 20 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: nukleorūgščių modifikacija, fermentai, biotechnologija Anotacija (užsienio k.) Nucleic acid modifying enzymes are relevant part of nucleic acid modification science. These enzymes can be used to improve detection and purification of nucleic acids as well as introduce modifications to nucleic acids which are essential in downstream applications. However, choice of these enzymes is limited therefore novel enzymes need to be investigated. The purpose of this research – examine the ability of various proteins to introduce modifications to nucleic acids and estimate possible use of these proteins in biotechnology. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consist of: 74 p. text with 1 appendix, 50 pictures, 23 tables, 20 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: nucleic acid modifications, enzymes, biotechnology
Studento vardas, pavardė Rūta Baltaragytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kobalto / cerio oksidų pagrindu veikiančių katalizatorių formavimas, charakterizavimas ir taikymas kuro elementuose vykstančioms reakcijoms	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rasa Vilkauskaitė
Anotacija (lietuvių k.) Kuro elementas – tai elektrocheminis energijos šaltinis, kuris cheminę molekulinių ryšių energiją, tiesiogiai verčia į elektros energiją. Buvo įrodyta, kad per pastaruosius du dešimtmečius aukso pagrindu pagaminti kuro elementų katalizatoriai yra veiksmingi daugeliui aplinkai svarbių reakcijų ir gali efektyviai generuoti energiją be žalos aplinkai. Šiame baigiamajame bakalauro darbe buvo siekiama suformuoti Co3O4 ir CeO2 turinčius nanokompozitus, taikant mikrobangų sintezę. Susintetinti nanokompozitai charakterizuoti indukuotos plazmos optinės emisijos spektrometrijos, peršviečiamosios elektroninės mikroskopijos, skenuojančios elektroninės mikroskopijos bei rentgeno spindulių difrakcinės analizės metodais. Susintetintų katalizatorių elektrokatalizinės savybės įvertintos etilenglikolio oksidacijos bei deguonies redukcijos reakcijoms, taikant ciklinę bei linijinę voltamperometriją. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis - 43 p. teksto be priedų, 17 paveikslų, 2 lentelės, 40 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Kuro elementai, mikrobangų sintezė, indukuotos plazmos optinės emisijos spektrometrija, peršviečiamoji elektroninė mikroskopija, skenuojanti elektroninė mikroskopija, rentgeno spindulių difrakcinė analizė, aukso nanodalelės, cerio oksidas, kobalto oksidas, etilenglikolio oksidacija, deguonies redukcija. Anotacija (užsienio k.) A fuel cell is an electrochemical energy source that converts chemical molecular bond energy directly into electricity. Over the last two decades, gold-based fuel cell catalysts have been shown to be effective for many environmentally important reactions and to efficiently generate energy without harming the environment. The aim of this bachelor thesis was to form nanocomposites containing Co3O4 and CeO2 by microwave synthesis. The synthesized nanocomposites were characterized by induced plasma optical emission spectrometry, translucent electron microscopy, scanning electron microscopy and X-ray diffraction analysis methods. The electrocatalytic properties of the synthesized catalysts were evaluated for ethylene glycol oxidation and oxygen reduction reactions using cyclic and linear voltammetry. Structure: introduction, literature part, materials methods, results and discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 43 p. of text , 17 figures, 2 tables, 40 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Fuel cells, microwave synthesis, induced plasma optical emission spectrometry, translucent electron microscopy, scanning electron microscopy, X-ray diffraction analysis, gold nanoparticles, cerium oxide, cobalt oxide, ethylene glycol oxidation, oxygen reduction.
Studento vardas, pavardė Monika Andrijauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Natūralios sudėties veido kremų antimikrobinių savybių tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Juliana Lukša
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamojo bakalauro darbo metu tiriamas trijų skirtingų natūralios sudėties veido kremų stabilumas, analizuojamas pagamintų produktų mikrobiologinis užterštumas bei antimikrobinės sąvybės. Difuzijos į agarą būdu tiriamas veido kremų antibakterinis poveikis prieš gram-neigiamas Escherichia coli ir Klebsiella pneumoniae ir gram-teigiamą Bacillus subtilis bakterijas. Nustatomos veido kremų antimikrobinės apsaugos savybės, kurios priklauso nuo kremų sudėtyje esančių natūralios augalinės kilmės antibakterinių ingredientų: eterinių aliejų ir augalinių ekstraktų. Atliekamas gyvybingumo tyrimas naudojant naktines ir dienines minėtų bakterijų kultūras. Paveikus kremus šaldymo-šildymo ciklais nustatomas poveikis antibakterinių medžiagų savybėms. Nustatyta, kad difuzijos į agarą metodas nėra tinkamas norint nustatyti mikrobiologinės kokybės standartus atitinkančių kremų biocidinį aktyvumą. Stabiliuose kremuose vyksta efektyvus dienines ir naktines E. coli, K. pneumoniae ir B. subtilis bakterijų augimo slopinimas. Šaldymo-šildymo ciklai sumažina kremų antimikrobines apsaugos savybes. Stipriausiomis antimikrobinėmis apsaugos savybėmis pasižymi I kremas skirtas brandžiai odai, kuriame yra spanguolių, alavijų ekstraktai ir bergamočių eterinis aliejus. Darbą sudaro 8 dalys: paveikslų sąrašas, lentelių sąrašas, įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, tyrimo rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 51 puslapiai teksto, 17 iliustracijų, 4 lentelės, 66 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: antibakterinis aktyvumas, natūralios augalinės kilmės antibakterinės medžiagos, gyvybingumo tyrimas, šaldymo-šildymo ciklai, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Bacillus subtilis. Anotacija (užsienio k.) During the bachelor's thesis, the stability of three face creams differing in composition was investigated, the microbiological contamination and antimicrobial properties of the manufactured products were analyzed. The antibacterial properties of face creams against gram-negative Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and gram-positive Bacillus subtilis were analyzed by the agar-diffusion method. The antimicrobial protective properties of face creams were determined, they depend on the antibacterial ingredients of natural plant origin contained in creams: essential oils and plant extracts. The cell viability study was performed using stationary and exponential phase bacterial cultures. The effect of cream exposure to cooling-heating cycles on the properties of antibacterial agents was tested. It was determined that the agar-diffusion method is not suitable for determining the biocidal activity of creams meeting microbiological quality standards. Stable creams provide effective inhibition of E. coli, K. pneumoniae, and B. subtilis bacteria regardless of their growth phase. Cooling-heating cycles have been found to reduce the antimicrobial protection properties of creams. The I cream for mature skin, which contains cranberry, aloe vera extracts and bergamot essential oil, has the strongest antimicrobial protection properties. Structure: list of pictures, list of tables, introduction, literature review, methods and materials, results and discussion, conclusions, references. Thesis consists of: 51 p. of text, 17 pictures, 4 tables, 66 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: antibacterial activity, natural antibacterial agents of plant origin, viability study, cooling-heating cycles, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Bacillus subtilis.
Studento vardas, pavardė Monika Veckaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas DNR sekų analizės pritaikymas helmintų bioįvairovės tyrimams	Baigiamojo darbo vadovas dr. Juliana Lukša
Anotacija (lietuvių k.) Šis darbas skirtas DNR sekų panaudojimui helmintų filogenetiniams tyrimams, gyvenimo ciklų ir bioįvairovės nustatymams. Tyrimo medžiaga buvo surinkta iš žuvų, moliuskų ir varlių. Trematodų įvairovė ir gyvenimo ciklai buvo vertinami lyginant gautas DNR sekas tarpusavyje su Genų Banko duomenimis. Branduolinės ribosominės DNR (ITS2 ir 28S) sekos buvo išskirtos iš Asymphylodora genties, Allocreadium genties ir Gorgoderidae šeimos atstovų suaugusių ir lervinių stadijų. Nustatytos naujos rDNR sekos, šeimininkai, gyvenimo ciklai, aprašyti rūšių panašumai ir skirtumai. Asymphylodora filogenetinė analizė atskleidė Asymphylodora sp. išskirtos iš Cobitis taenia Rusijos ir Asymphylodora sp. išskirtos iš B. tentaculata Lietuvos, bendrą gyvenimo ciklą. Tarpinis šeimininkas šiai rūšiai yra moliuskas B. tentaculata, o galutinis šeimininkas yra Cobitis taenia. Allocreadium DNR sekų filogenetinė analizė atskleidė, kad Cercariaeum crassum tarpiniai šeimininkai yra Pisidium amnicum, o galutiniai Alburnus alburnus. Allocreadium neotenicum išskirta Norvegijoje iš Oreodytes sanmarkii, tik nežymiai skiriasi nuo Allocreadium lobatum išskirtos JAV iš Semotilus corporalis. Allocreadium neotenicum tarpiniai šeimininkai yra dvigeldžiai moliuskai priklausantys Sphaeriidae šeimai, o galutinis šeimininkas yra Oreodytes sanmarkii. Gorgoderidae filogenetinė analizė atskleidė susiformavusį kladą tarp Phyllodistomum, išskirtos iš Pisidium sp., Gorgoderina sp., išskirtos iš Rana sp. ir Phyllodistomum, išskirtos iš Pisidium casertanum. Filogenetinė analizė parodė, kad kai kurios siurbikės iš Pisidium spp., identifikuotos kaip Phyllodistomum sp., yra Gorgoderina sp. Jas galime apjungti į vieną gyvenimo ciklą. Tarpiniai šeimininkai yra gėlavandeniai dvigeldžiai moliuskai, priklausantys Sphaeriidae šeimai (Pisidium sp. ir Pisidium casertanum), o galutiniai šeimininkai yra varlės (Rana sp.). Darbą sudarančios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodika, darbo rezultatai, rezultatų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Raktiniai žodžiai: Trematodai, DNR sekos, filogenija, gyvenimo ciklai Anotacija (užsienio k.) This work is devoted to the use of DNA sequences for phylogenetic studies of helminths including the determination ofbiodiversity. The study material was collected from fish, molluscs and frogs. Trematode diversity and life cycles were assessed bycomparing the resulting DNA sequences with each other and with Gene Bank data. Nuclear ribosomal DNA (ITS2 and 28S) sequenceswas isolated from the adult and larval stages of Asymphylodora genus, Allocreadium genus and Gorgoderidae family representive. New rDNA sequences, hosts, life cycles, species similarities also differences have been identified. Phylogenetic analyzes of Asymphylodora revealed that Asymphylodora sp. isolated from Cobitis taenia, Russia and Asymphylodora sp. isolated from B. tentaculata, Lithuania, common life cycle. The intermediate host for this species is the mollusc B. tentaculata along with the final hostis Cobitis taenia. Phylogenetic analysis of Allocreadium DNA sequences revealed that Cercariaeum crassum intermediate hosts are Pisidium amnicum and the final Alburnus alburnus. Allocreadium neotenicum isolated in Norway from Oreodytes sanmarkii is only slightly different from Allocreadium lobatum isolated in the USA from Semotilus corporalis. The intermediate hosts of Allocreadium neotenicum are the diving beetle bivalve molluscs belonging to the Sphaeriidae family and final hosts are Oreodytes sanmarkii. Phylogenetic analysis of Gorgoderidae formed close clades between Phyllodistomum isolated from Pisidium sp., Gorgoderina sp. isolated from Rana sp. and Phyllodistomum isolated from Pisidium casertanum. Phylogenetic analysis showed that some of the flukes from Pisidium spp., Identified as Phyllodistomum sp., are Gorgoderina sp. We can combine them into one life cycle. The intermediatehosts are freshwater bivalve molluscs which belong to the Sphaeriidae family (Pisidium sp. and Pisidium casertanum) also the final hosts are frogs (Rana sp.). Conent of the work: introduction, literature review, methodology, results of the work, discussion of theresults, conclusions, references. Raktiniai žodžiai: Trematodes, DNA sequences, phylogeny, life cycles
Studento vardas, pavardė Kornelija Buzytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Dumblių biomasės, kaip biotrąšos, poveikis žemės ūkio augalų augimo ir vystymosi procesams	Baigiamojo darbo vadovas dr. Eglė Strainienė
Anotacija (lietuvių k.) Žemės ūkio sektoriui tenka svarbus vaidmuo įgyvendinant Europos Sąjungos Žaliojo kurso tikslus. Gausiai naudojant sintetines ir organines trąšas, pastebimas nitratų koncentracijos didėjimas gamtiniuose vandenyse. Dideli kiekiai trąšų išplaunama į vandenis, o tai, visų pirma, skatina spartų ir perteklinį vandens dumblių ir melsvabakterių žydėjimą upėse ežeruose ir, galiausiai, jūrose. Fitoplanktono biomasės, kaip žaliosios trąšos panaudojimo galimybės, mažai ištyrinėtos. Eksperimentiniams tyrimams atlikti buvo pasirinkti trys iš dažniausiai Lietuvoje sėjamų žemės ūkio augalų – paprastasis kvietys (Triticum aestivum L.), sėjamasis žirnis (Pisum sativum L.) ir sėjamasis rapsas (Brassica napus L.). Į augalų augimo substratą buvo įterpiami skirtingi liofilizuotos fitoplanktono biomasės, surinktos iš Kuršių marių, kiekiai. Norint įvertinti fitoplanktono, kaip alternatyvos sintetinėms trąšoms, poveikį analizuotų augalų augimo ir vystymosi procesams, buvo atlikta biometrinių parametrų – antžeminės augalo dalies aukščio, žalios ir sausos masės pokyčių analizė, o taip pat fotosintetinių pigmentų – chl a, chl b kiekio, chl a ir b santykio ir karotinoidų kiekio, prolino kiekio, malondialdehido (MDA) kiekio ir vandenilio peroksido (H2O2) koncentracijos analizė. Tyrimai parodė, kad sprendžiant vandens kokybės problemą gerinimo klausimus, surinkta perteklinė fitoplanktono biomasė gali būti naudojama kaip biostimuliatorius augalininkystėje, o taip pat skatinant alternatyvius tręšimo būdus ir mažinant sintetinių trąšų naudojimą žemės ūkyje. Darbą sudarančios dalys: įvadas, teorinė, metodinė, tiriamoji dalys, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 66 psl. teksto be priedų, 37 iliustracijų, 85 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: Biotrąša, fitoplanktonas, fotosintezė, biostimuliaturius, žemės ūkio augalai, augalų augimas ir vystymasis. Anotacija (užsienio k.) The agricultural sector has an important role to play in achieving the objectives of the European Union's green course. The abundant use of artificial (industrial) soluble nitrogen fertilizers has resulted in a significant increase in nitrate concentration in natural waters. Large amounts of fertilizers are leached into marine waters, which subsequently causes excessive algal growth. Little research has been done about the possibilities of using the phytoplankton biomass as a green fertilizer so far. For the experimental research, three of the most frequently cultivated agricultural crops in Lithuania were selected: common wheat (Triticum aestivum L.), the pea (Pisum sativum L.) and rapeseed (Brassica napus L.). Different amount of the lyophilized phytoplankton biomass collected from the Curonian Lagoon were added to a plant growth substrate. In order to evaluate the effect of phytoplankton as an alternative to synthetic fertilizers on the growth and development processes of the chosen plants, we made an analysis of their biometric parameters – changes in the aboveground height and the fresh also dry weight – as well as of the content and ratio of the photosynthetic pigments chl a, chl b and the content of carotenoids and proline amount including the amount of malondialdehyde (MDA) and hydrogen peroxide (H2O2) concentration analysis. The study has shown that phytoplankton biomass can be used as a biostimulator in crop production and help deal with the problem of water quality by promoting alternative fertilization methods and reducing the use of synthetic fertilizers in agriculture. The parts of the work: introduction, theoretical, methodological and research parts including conclusions and bibliography. Thesis consist of 66 pg. of text without appendixes, 37 pictures and 85 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Phytoplankton, eutrophication, biofertilizer, photosynthesis, plant growth and development, biostimuliator.
Studento vardas, pavardė Raminta Šakickaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Cheminis metalo dangų nusodinimas ant aktyvuoto vario pagrindo	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Bakalauriniame baigiamąjame darbe pristatome gana paprastą bei nesudėtingą cheminį metalo dangų nusodinimą ant vario pagrindo. Darbo metu nustatytos optimalios dangų CoFe, CoNi, CoZn, CoFeMn ir CoFeMo dengimo sąlygos. Ištirta gautų dangų morfologija bei elementinė sudėtis ir įvertintas jų aktyvumas vandens skaldymo rekacijai. Atlikus dangų katalizinius tyrimus vandens skaldymo reakcijai nustatyta, kad visi darbo metu suformuoti katalizatoriai yra kataliziškai aktyvūs vandenilio ir deguonies išsiskyrimo reakcijose. Taigi, naujos sukurtos medžiagos yra perspektyvios bei katalitiškai aktyvios medžiagos ir gali būti panaudojamos kuro elementų gamyboje. Raktiniai žodžiai: cheminis nusodinimas, skenuojanti elektronų mikroskopija, elektrochemija, vandens skaldymo reakcija. Anotacija (užsienio k.) In the bachelor's thesis we present a relatively simple and uncomplicated chemical deposition of metal coatings on a copper base. The optimal coating conditions for CoFe, CoNi, CoZn, CoFeMn and CoFeMo coatings were determined during the work. The morphology and elemental composition of the obtained coatings were investigated and their activity for water splittig reaction was evaluated. Catalytic studies of the coatings for the water decomposition reaction showed that all the catalysts formed during the work are catalytically active in the hydrogen and oxygen evolution reactions. Thus, the newly developed materials are promising and catalytically active materials and can be used in the production of fuel cells. Raktiniai žodžiai: electroless deposition, scanning electron microscopy, electrochemistry, water decomposition reaction.
Studento vardas, pavardė Ignas Daunys	Baigiamojo darbo pavadinimas Pelės prioninio baltymo MoPrP 23-230 biosintezė, gryninimas ir agregacijos tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas dr. Algirdas Žiogas
Anotacija (lietuvių k.) Neurodegeneracinės ligos yra siejamos su amiloidinius agregatus sudarančiais baltymais. Šios ligos atsiranda dėl netaisyklingų - su neuronų veikla asocijuotų baltymų susidarymo arba netipinio antrinės struktūros formavimosi. Baigiamajame darbe buvo tirtas pelės prioninis baltymas MoPrP 23-230. Šiame darbe buvo atlikta MoPrP 23-230 biosintezė E.Coli BL-21 Star ląstelėse. Išgrynintas MoPrP 23-230 baltymas imobilizuotų metalo jonų afininės chromatografijos metodu, ir iš viso gauta 130 mg rekombinantinio baltymo. Taip pat atlikti agregacijos tyrimai skirtinguose buferiniuose tirpaluose, kurie parodė, jog baltymas daugiausia fibrilinių agregatų sudaro esant 1,5 M GuHCl koncentracijai. Atlikti agregaciniai tyrimai su slopikliu – Galo rūgštim. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 32 p. be teksto priedų, 18 paveikslų, 4 lentelės ir 35 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Amiloidiniai agregatai, pelės prioninis baltymas, fibriliniai agregatai, gryninimas, Anotacija (užsienio k.) Neurodegenerative diseases are commonly associated with the accumulation of protein aggregates. These diseases appear because of misfolding of a specific neurodegenerative protein or the misfolded second ?-sheet formation. Bachelor’s work covers the study of mouse prion protein MoPrP 23-230. This work covered MoPrP 23-230 protein biosynthesis expression in E.Coli Bl-21 star cells. MoPrP 23-230 was purified using immobilized metal ion affinity chromatography, and it was received 130 mg of total recombinant protein. Aggregation studies of MoPrP 23-230 were conducted in different buffer solutions, and the result showed that MoPrP 23-230 form most fibril aggregates with 1.5 M of GuHCl. Aggregation studies were made using inhibitor – Gallic acid. The structure contains 6 parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusion, and references. The thesis consists of 32 p. Text Without appendixes, 18 pictures, 4 tables, and 35 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Protein aggregates, mouse prion protein, fibril aggregates, Purification
Studento vardas, pavardė Austėja Butkutė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kamieniškumą slopinančių junginių įtaka storosios žarnos vėžio ląstelių imunomoduliuojančioms savybėms	Baigiamojo darbo vadovas dr. Agata Mlynska
Anotacija (lietuvių k.) Storosios žarnos vėžys yra viena iš labiausiai heterogeniškų vėžio lokalizacijų. Sparčiai besivystant onkologijos mokslui bei kuriant naujas vėžio gydymo strategijas, didesnis dėmesys yra skiriamas vėžines ląsteles supančiai mikroaplinkai. Storosios žarnos vėžio mikroaplinkoje vienas pagrindinių infiltruojančių imuninių ląstelių tipų yra makrofagai, kurių poveikis naviko vystymesi priklauso nuo jų poliarizacijos: klasikiniai skatinantys uždegimą M1 makrofagai - slopina, o alternatyviai aktyvuoti M2 makrofagai – skatina naviko augimą. Sutinkama, kad vėžinių ląstelių ir makrofagų tarpusavio sąveika yra itin svarbi vėžio vystymuisi ir invazijai. Įgytos mutacijos ir fenotipinis plastiškumas naviko mikroaplinkoje sukuria vėžinių ląstelių įvairovę, kurios tarpusavyje gali skirtis kamieniškumo savybių išreikštumo lygiu. Manoma, kad būtent šios savybės gali daryti įtaką imuninėms ląstelėms – makrofagams ir skatinti jų poliarizaciją į M2 – naviko augimą skatinantį tipą. Šio baigiamojo darbo tikslas buvo ištirti – naudojant storosios žarnos vėžio ląstelių ir makrofagų netiesioginę kokultūrą, ištirti kamieniškumą slopinančių junginių įtaką vėžinių ląstelių imunomoduliuojančioms savybėms. Tyrimas parodė, kad atrinktos CMS4 molekulinio subtipo storosios žarnos vėžio ląstelių linijos pasižymi skirtingu makrofagų poliarizacijos potencialu: HCT116 sukelia į M2 tipą panašius pokyčius, o SW620 į M1 tipą. Nepaisant to, makrofagai didina tiek su kamieniškumu (CD133, CD44), tiek su imunomoduliacija (MHCI, CD274) susijusių žymenų raišką abiejose ląstelių linijose. Taip pat kokultūroje su makrofagais, kamieniškumą slopinantys junginiai mažina kamieniškumą atspindinčių paviršiaus žymenų ir genų raišką storosios žarnos vėžio ląstelėse, ypač HCT116 linijoje, kur tiriamų junginių kombinacija gebėjo indukuoti su M1 poliarizacija siejamų žymenų raišką makrofaguose. Darbą sudaro 8 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodinė dalis, rezultatai, rezultatų aptarimas, išvados, padėka, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 58 p. teksto be priedų, 21 pav., 3 lent., 52 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Storosios žarnos vėžys, vėžinės ląstelės, kamieniškumo savybės, kamieniškumo savybių slopinimas, mikroaplinka, makrofagai, poliarizacija. Anotacija (užsienio k.) Colon cancer is one of the most heterogeneous localizations of cancer. With the rapid development of oncology science and the development of new cancer treatment strategies, more attention is given to the microenvironment surrounding cancer cells. Macrophages can have different roles in tumor progression, depending on their polarization. Classically activated inflammatory M1 type macrophages inhibit tumor growth, contrary to alternatively activated M2 macrophages, which play an important role in tumor progression. It is agreed that the interaction between cancer cells and macrophages is crucial for cancer development and invasion. The acquired mutations and phenotypic plasticity in the tumor microenvironment create a variety of cancer cells that may differ in the level of expression of stem traits. It is these properties that are thought to affect macrophages and promote their polarization to M2. The aim of this work was by using indirect colon cancer cells and macrophage coculture to investigate influence of stemness inhibitors on the immunomodulatory properties of cancer cells. Conclusions shows that colon cancer cell lines of the CMS4 molecular subtype selected for the study have different macrophage polarization potential: HCT116 demonstrated the trend to polarize macrophages into M2 type, while SW620 was more likely to induce M1 type macrophage polarization. Despite that macrophages increase the expression of markers associated with stemness (CD133, CD44) and immunomodulation (MHCI, CD274) in both cell lines. In macrophage coculture, stemness inhibitors reduce the expression of stemness inducing surface markers and genes in colon cancer cells, especially in the HCT116 line, where the combination of inhibitors was able to induce the expression of M1 polarization-associated markers in macrophages. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results, discussion, conclusions, acknowledgment, references. Thesis consist of: 58 p., 21 pictures, 3 tables, 52 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Colon cancer, cancer cells, stemness priperties, inhibition of stemness properties, microenvironment, macrophage, polarization.
Studento vardas, pavardė Ema Vitonytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Bifermentinės sistemos pagrindu sukurto vandenilio peroksido biojutiklio veikimo tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Norint geriau suprasti vandenilio peroksido įtaką biologinėms sistemoms, jo dalyvavimą fermentinėse reakcijose svarbu greitai ir tiksliai nustatyti jo koncentraciją terpėse. Tam gali būt naudojami specifiniai H2O2 biojutikliai. Šiame darbe bifermentinės sistemos pagrindu sukurtas vandenilio peroksido jutiklis bei ištirtas jo veikimas. Konstruojant biojutiklius buvo panaudoti stiklo anglies elektrodai modifikuoti anglies nanovamzdeliais ir skirtingi fermentų peroksidazės bei gliukozės dehidrogenazės kiekiai. Bifermentiniai elektrodai kurių konstravime naudotas didesnis peroksidazės kiekis pasižymėjo didesniu atsaku į vandenilio peroksidą bei didesniu veikimo stabilumo. Ištirti bifermentinių elektrodų veikimas esant skirtingam elektrodo potencialui, elektrodo potencialo šuolio įtaka veikimo stabilumui, bei gliukozės koncentracijos įtaka elektrodo srovės stiprio padidėjimui pridėjus į terpę vandenilio peroksido. Didžiausias biojutiklių jautris vandenilio peroksidui buvo nustatytas esant 100-150 mV elektrodo potencialui. Bifermentinio elektrodo atsako stabilumo priklausomybės tyrimas nuo matavimų pasikartojimo skaičiaus bei elektrodo potencialo kitimo rodo, kad elektrodo potencialų šuoliai neveikia elektrodų atsako į vandenilio peroksidą. Biojutiklio atsakas į vandenilio peroksidą didėjo didinant gliukozės koncentraciją matavimo mišinyje iki 20 mM, o kai gliukozės koncentracija buvo 40 mM stebimas atsako sumažėjimas. Atsako sumažėjimas siejamas su gliukozės dehidrogenazės slopinimu substrato pertekliumi. Raktiniai žodžiai: Biojutiklis, vandenilio peroksidas, peroksidazė, gliukozės dehidrogenazė, mediatorius Anotacija (užsienio k.) To better understand the impact of hydrogen peroxide on biological systems involved in enzymatic reactions, its concentrations in media can be determined quickly and accurately. This may require specific H2O2 biosensors. In this work, a hydrogen peroxide biosensor was developed on the basis of a bienzymatic system and its operation was investigated. Glassy carbon electrodes modified with carbon nanotubes and different amounts of enzymes peroxidase, and glucose dehydrogenase were used to design the biosensos. Bienzymatic electrodes, for which a higher amount of peroxidases are beneficial, were characterized by a higher response to hydrogen peroxide and greater operational stability. The dependences of the responce of bienzymatic electrodes on electrode potencial and glucose concentration was investigated. The highest sensitivity of biosensors to hydrogen peroxide was at 100-150 mV of electrode potential. A study of the dependence of the stability of the bienzymatic electrode response on the number of the repeated measurements and the change of the electrode potential shows that the jumps of the electrode potential do not affect the response electrode to hydrogen peroxide. The biosensor response to hydrogen peroxide increased with the increase of the glucose concentration in the measurement mixture up to 20 mM, and at the glucose concentration of 40 mM, the observed response decreased. The decreased response is associated with the inhibition of glucose dehydrogenase with the excess of substrate. Raktiniai žodžiai: Biosensor, hydrogen peroxide, peroxidase, gliucose dehydrogenase, mediator
Studento vardas, pavardė Greta Šreiderytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Apo gliukozės oksidazės gavimas ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Gliukozės oksidazės (GOx) fermentą sudaro apo-gliukozės oksidazė (apo-GOx) ir kofaktorius – flavino adenino nukleotidas (FAD). Kadangi FAD yra nekovalentiškai pririštas, jis gali būti išlaisvintas iš GOx aktyviojo centro ir virsti apo-GOx, kuri praranda savo aktyvumą. Baigiamajame bakalauro darbe buvo tiriamos ir palyginamos aktyvi ir neaktyvi gliukozės oksidazės formos bei sukurti jų biojutikliai. Pirmiausiai buvo matuojama holo-gliukozės oksidazės reakcijos greičio priklausomybė nuo skirtingų gliukozės koncentracijų ir pH chronoamperometriniu ir spektrofotometriniu metodais. Rezultatai parodė, kad didinant gliukozės koncentraciją didėja fermentinės reakcijos greitis, o optimalus pH, prie kurios reakcija vyksta greičiausiai yra 6,0. Tada buvo išgaunama apo-GOx, kurios koncentracija nustatyta Bradford metodu. Apo-gliukozės oksidazės tyrimas vyko grąžinant ją į aktyvią formą pridedant FAD kofaktoriaus ir atliekant tuos pačius matavimus, tomis pačiomis sąlygomis. Nustatyta, kad fermentas grįžo į pradinę aktyvią būseną, o rezultatai parodė, kad taip pat reakcijos greičio didėjimas priklausė nuo didėjančios gliukozės koncentracijos, o optimalus pH – 6,0. Buvo sukurti holo-GOx ir apo-GOx biojutikliai. CA metodu prie fiksuoto potencialo nustatyta, kad holo-GOx elektrodas yra aktyvus ir prie didžiausios 50 mM gliukozės koncentracijos generuoja 2,2 µA srovę. Taip pat nustatyta, kad apo-GOx ir apo-GOx su pridėtiniu FAD biojutikliai nėra aktyvus, nes didinant tiek gliukozės, tiek FAD koncentraciją srovė nekito ir buvo generuojama ties 0,05 µA. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimai, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 49 p. teksto be priedų, 28 iliustr., 2 lent., 36 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: gliukozės oksidazė, FAD, gliukozė, chronoamperometrija, spektrofotometrija, pH, biojutiklis Anotacija (užsienio k.) The enzyme glucose oxidase (GOx) consists of apo-glucose oxidase (apo-GOx) and a cofactor called flavin adenine nucleotide (FAD). Because FAD is non-covalently bound, it can be released from the active center of GOx and converted to apo-GOx which loses its activity. The bachelor’s thesis studies and compares active and inactive forms of glucose oxidase and develops their biosensors. First, the dependence of the rate of the holo-glucose oxidase reaction on different glucose concentrations and pH was measured by chronoamperometric (CA) and spectrophotometric methods. The results show that increasing the glucose concentration increases the rate of the enzymatic reaction, and the optimal pH at which the reaction rate is the highest is 6.0. Apo-GOx was then extracted, the concentration of which was determined by the Bradford method. Apo-glucose oxidase analysis was performed by returning it to the active form by adding FAD cofactor and making the same measurements under the same conditions. The enzyme was found to return to its initial active state, and the results show that the increase in the reaction rate was also dependent on the increasing glucose concentration and the optimal pH was 6.0. Holo-GOx and apo-GOx biosensors have been developed. Using the CA method, the holo-GOx electrode was determined to be active in the presence of fixed potential and generates a current of 2.2 µA at a glucose concentration of 50 mM. It was also found that apo-GOx and apo-GOx with added FAD biosensors were not active because increasing the concentration of both glucose and FAD did not change the current that was generated at 0.05 µA. The work consists of 6 parts: introduction, literature review, materials and methods, results and their overview, conclusions and references. Thesis consists of: 49 p. text without appendixes, 28 pictures, 2 tables, 36 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: glucose oxidase, FAD, glucose, chronoamperometry, spectrophotometry, pH, biosensor
Studento vardas, pavardė Valentina Kavaliauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Maistinių vabzdžių mikrobiologinės taršos įvertinimo metodikos optimizavimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Entomofagija – vabzdžių ir jų produktų panaudojimas mityboje. Ši mitybos rūšis sparčiai populiarėja visame pasaulyje, dėl potencialaus baltymų šaltinio, tačiau maistinių vabzdžių pramonė dar tik žengia pirmuosius žingsnius. Sklandžiam maistinių vabzdžių pramonės vystymuisi reikalinga dar daug mokslinių tyrimų, o vienas iš aktualiausių klausimų – vabzdžių mikrobiologinė tarša. Į valgomųjų vabzdžių sąrašą įtraukta daugiau nei 2000 rūšių, vieni iš jų – naminiai svirpliai (lot. Acheta domesticus). Tai hemimetaboliniai vabzdžiai, turintys kiaušinėlio, nimfos ir suaugėlio augimo stadijas, priskirti tiesiasparnių (lot. Orthoptera) šeimai. Šviežiuose vabzdžių produktuose aptinkama įvairių mikroorganizmų, tokių kaip bakterijos, grybai, virusai, pirmuonys, archėjos. Šie mikroorganizmai gali būti patogeniški tiek patiems vabzdžiams, tiek ir žmonėms, todėl vabzdžių produktus svarbu tinkamai apdirbti. Išskirtos bakterijos iš gyvų ir skirtingais būdais termiškai apdorotų naminių svirplių produktų. Nustatytos tinkamiausios mitybinės terpės bakterijų izoliavimui. Atlikta 16S rRNR regioną koduojančios DNR polimerazės grandininė reakcija. Rezultatai patikrinti elektroforezės metodu. Sekoskaitos būdu identifikuotos išskirtų bakterijų rūšys. Gauti rezultatai palyginti tarpusavyje bei su moksliniuose leidiniuose publikuotais duomenimis. Identifikuotos terminiam apdorojimui atsparios bakterijų rūšys. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas; literatūros apžvalga; medžiagos, metodai ir aparatūra; tyrimo rezultatai ir jų aptarimas; išvados; literatūros apžvalga Darbo atmintis: 44 p. teksto, 7 paveikslėliai, 11 lentelių, 39 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: 16S rRNR PGR, sekoskaita, bakterijų izoliavimas, bakterijos Anotacija (užsienio k.) Entomophagy – insect and insect origin products’ use in nutrition. This type of diet is rapidly growing in popularity in the world because it could be a potential source of protein, but the insect industry is just being established. For it to successfully grow, a lot of scientific research is required, and the most important topic is insect microbiological contamination. There are more than 2000 species of insect that can be eaten, one of those is a house cricket (la. Acheta domesticus). These insect are hemimetabolic, have egg, nymph and adult development stages. Also they are considered to be orthopterans (la. Orthoptera). In fresh, untreated insect products various microorganisms, for example bacteria, fungi, viruses, protozoa, archaea, can be detected. These microorganisms can be pathogenic to both the insects and humans. That is why is it crucial to properly process insect products. Bacteria from live and processed house crickets were extracted. The most suitable growth mediums were ascertained for the bacteria isolation. DNA which codes the 16S rRNA region was investigated using the polymerase chain reaction method. The results were verified by electrophoresis technique. Species of bacteria were identified by DNA sequencing. The results were compared to each other and to the data that was published in other scientific publications. Bacterial species resistant to heat treatment have been identified Structure: introduction; literature review; materials, methods and equipment; the results of the research and their analysis; conclusions; references. Thesis consist of: 44 p. text without appendixes, 7 pictures, 11 tables, 39 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: 16S rRNA PCR, Sequencing, bacteria, isolation of bacteria
Studento vardas, pavardė Paulina Simėnaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Sunkiųjų metalų šalinimo iš vandeninių tirpalų naudojant sapropelį tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Ramunė Albrektienė
Anotacija (lietuvių k.) Sunkieji metalai pasižymi kancerogeniniu ir toksišku poveikiu, net ir esant mažoms koncentracijoms gali pakenkti žmogaus sveikatai. Įvairiose pasaulio šalyse sunkiųjų metalų koncentracijos geriamajame vandenyje ir nuotekose viršija leistinas normas. Literatūrineje dalyje aprašomos sunkiųjų metalų savybės, jų paplitimas geriamajame vandenyje ir nuotekose įvairiose pasaulio šalyse, neigiamas jų poveikis sveikatai bei galimi šalinimo būdai iš vandens. Baigiamajame bakalauro darbe nagrinėjama sunkiųjų metalų (kadmio, chromo, vario ir cinko) pašalinimo iš vandeninių tirpalų galimybė naudojant biosorbentą sapropelį. Sapropelis – tai organinių ir neorganinių medžiagų mišinio nuosėdų sluoksnis per tūkstančius metų susikaupęs ežerų dugnuose, kuris pasižymi sorbcinėmis savybėmis. Eksperimentiniuose tyrimuose buvo naudojamos skirtingos sapropelio dozės (1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40 ir 50 g/L) ir skirtingos maišymo trukmės (15, 30, 60, 90, 120 ir 150 min). Atlikus eksperimentinius tyrimus nustatyta, kad tiek sorbento dozės dydis, tiek maišymo trukmė turi įtakos sunkiųjų metalų pašalinimo efektyvumui. Metalų nustatymas vandenyje buvo vykdomas pagal standartą LST ISO 8288:1998/P:2009 en „Vandens kokybė. Kobalto, nikelio, vario, kadmio, chromo ir švino nustatymas. Liepsnos atominės absorbcijos spektrofotometriniai metodai“. Tyrimo metu nustatyta, kad efektyviausiai iš vandeninio tirpalo pašalinamas kadmis (96,6 %), naudojant 40 mg/L sapropelio dozę, o mažiausias pašalinimo efektyvumas pasiekiamas šalinant chromą (62,9 %). Sapropelis efektyviausiai šalino visus metalus, vandeninį tirpalą maišant ilgiausiai – 150 min. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros analizė, metodai ir medžiagos, rezultatai ir jų aptarimas, išvados literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 60 p. teksto, 26 paveikslai, 11 lentelių, 52 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Geriamasis vanduo, nuotekos, sunkieji metalai, adsorbcija, sapropelis. Anotacija (užsienio k.) Heavy metals known for its carcinogenic and toxic effect, even when there is low concentration it is hazardous for human health. In various world countries heavy metals concentration of drinkable and waste water is above allowed rate. The literature describes the properties of heavy metals, their prevalence in drinking water and wastewater in various parts of the world, their negative effects on health and some possible ways of removal from water. In final bachelor thesis it is analysing removing heavy metals (cadmium, chrome, copper and zinc) from aqueous solutions in possibility to use biosorbent sapropel. Sapropel – it is sedimentary layer of a mixture of organic and inorganic substances, concentrated on the bottoms of lakes over thousand of years and has sorption properties. In experimental researches was used different sapropel portions (1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40 and 50 g/L) and different stirring duration (15, 30, 60, 90, 120 and 150 min). After experimental done diagnosed that both sorbent portion size and stirring duration have impact to heavy metals removing efficiency. Metals in water diagnosis done according to standard LST ISO 8288:1998/P:2009 en “Water quality. Determination of cobalt, nickel, copper, cadmium, chrome and lead. Flame atomic absorption spectrophotometer methods“. During research investigated that cadmium is most effectively removes from aqueous solution, using 40mg/L portion of sapropel, most non-effectively removing was chrome removing (62.9 %). Sapropel most efficient removed all metals from water when stirring for a longest time – 150 min. Structure: introduction, literature analysis, methods and substances, results and analysing, conclusion, bibliography. Thesis consist of: 60 p. text, 26 figures, 11 tables, 52 bibliography sources. Raktiniai žodžiai: Drinking water, wastewater, heavy metals, adsorption, sapropel.
Studento vardas, pavardė Gabrielė Lubaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Scenedesmus genties žaliadumblių testavimas vandenvalai ir bioproduktų gamybai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Jolanta Sereikaitė
Anotacija (lietuvių k.) Pramoninės ir komunalinės nuotekos yra vienas iš didžiausių vandens telkinių taršos šaltinių. Jos daro neigiamą poveikį ekosistemoms ir žmogaus gyvenimui, todėl prieš išleidžiant nuotekas į vandens telkinius, jos turi būti tinkamai išvalytos. Baigiamajame darbe siekta ištirti Scenedesmus genties žaliadumblių pritaikymą Kėdainių cukraus fabriko nuotekų vandenvalai. Nuotekų išvalymo kokybei įvertinti, nustatyti azoto ir fosforo neorganiniai junginiai prieš ir po eksperimento. Taip pat tirtos Scendesmus quadricauda žaliadumblių kultūros augimo nuotekose bei kontrolinėje terpėje charakteristikos. Dumblių biomasėje buvo vertinamas susikaupusių lipidų kiekis gravimetriniu metodu bei dažant ląsteles fluorescensiniais Bodipy 505/515 dažais. Tyrimai leido įvertinti Scenedesmus quadricauda 2012/KM/C2 žaliadumblių kamieno potencialą pritaikant vandenvalai ir biodyzelino gamybai. Raktiniai žodžiai: Augimo greitis, biomasė, kokoidiniai žaliadumbliai, nuotekos, Scenedesmus quadricauda, vandenvala. Anotacija (užsienio k.) Industrial and municipal wastewater are largest sources of environmental pollution. They have a negative impact on ecosystems and human life, so wastewater must be properly treated before being discharged into water sources. The aim of the current study was to investigate the application green algae of Scenedesmus genus for treatment of Kėdainiai sugar factory wastewater. Inorganic nitrogen and phosphorus compounds were determined before and after the experiment to evaluate the quality of wastewater treatment. The growth characteristics of Scenedesmus quadricauda green algae culture in wastewater and control medium were also investigated. The amount of accumulated lipids in algal biomass was assessed by gravimetric method and by applying staining the cell with fluorescent Bodipy 505/515 dye. The studies allowed to evaluate the potential of green algae Scenedesmus quadricauda 2012/KM/C2 green algae strain for water treatment and biodiesel production. Raktiniai žodžiai: Biomass, bioremediation, coccoid green algae, growth rate, Scenedesmus quadricauda, wastewater.
Studento vardas, pavardė Miglė Jankauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Popieriaus gamybos atliekos įtaka nedegto molio fizikinėms - mechaninėms savybėms bei gautuose bandiniuose augančių mikroorganizmų tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas Violeta Voišnienė
Anotacija (lietuvių k.) „Žiedinės ekonomikos“ idėja ypač svarbi atliekų ir išteklių tvarkymui. Tuo pat metu daugybė publikacijų ir iniciatyvų atkreipia dėmesį į globalizuotą išteklių naudojimo iš atliekų aspektą. Žiedinė ekonomika pasisako už panaudotų išteklių grąžinimą atgal į ekonomiką, kurie kitu atveju taptų atliekomis. Atliekos tampa pereinamuoju etapu, kuris yra amžinojo panaudojimo ciklo etapas antropogeninėje ekonominėje veikloje. Popieriaus gamybos procese susidaro didelis kiekis atliekų, vadinamų popieriaus dumblu, kurį iš esmės sudaro celiuliozės pluoštai, netinkami popieriui gaminti. Popieriaus dumblo šalinimas tapo problema ekologiniu atžvilgiu dėl fizinių, cheminių ir mechaninių savybių bei skilimo procesų. Popieriaus dumblo panaudojimas keramikos ar statybos gamyboje galėtų būti ekonomiškai perspektyvus sprendimas, norint apsaugoti aplinką. Šiame darbe atliekant eksperimentinius tyrimus, siekiama išsiaiškinti ar popieriaus dumblas yra tinkamas komponentas molio bandinių gamyboje, siekiant pritaikyti popieriaus dumblą statybinėse medžiagose. Molio bandiniai modifikuojami pridedant skirtingą procentinį kiekį popieriaus dumblo (20 %, 40 %, 60 %). Tiriamos bandinių fizikinės savybės, įvertintas mikroorganizmų (Alternaria alternata, Stachybotrys chartarum, Rhodotorula mucilaginosa, Aureobasidium pullulans) poveikis bandinių biologiniam jautrumui. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 53 p. teksto be priedų, 29 iliustr., 2 lent., 39 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Popieriaus gamybos atlieka, molis, antrinė žaliava, mikroorganizmai, ekologija. Anotacija (užsienio k.) The idea of "circular economy" is particularly important for waste and resource management. At the same time, many publications and initiatives draw attention to the globalized dimension of resource use from waste. The circular economy advocates the return of used resources back to the economy, which would otherwise become waste. Waste becomes a transitional stage, which is a stage in the life cycle of anthropogenic economic activity. The papermaking process generates a large amount of waste called paper sludge, which consists mainly of cellulose fibers unfit for paper production. The disposal of paper sludge has become an ecological problem due to its physical, chemical and mechanical properties and decomposition processes. The use of paper sludge in the production of ceramics or construction could be an economically viable solution to protect the environment. In this work, experimental studies aim to determine whether paper sludge is a suitable component in the production of clay specimens for the application of paper sludge in building materials. Clay samples are modified by adding different percentages of paper sludge (20%, 40%, 60%). The physical properties of the samples were investigated, and the effect of microorganisms (Alternaria alternata, Stachybotrys chartarum, Rhodotorula mucilaginosa, Aureobasidium pullulans) on the biological sensitivity of the samples was evaluated. The work consists of 6 parts: introduction, literature review, methods and materials, research results and their discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 53 p. text without appendixes, 29 pictures, 2 tables, 39 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Paper production waste, clay, secondary raw material, microorganisms, ecology.
Studento vardas, pavardė Deimantė Voronkaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Paprastajame ąžuole (Quercus robur L.) aptinkamų Ophiostoma sp. grybų savybių tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas Dovilė Vasiliauskienė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe buvo siekiama ištirti paprastajame ąžuole (Quercus robur) aptinkamų Ophiostoma sp. grybų savybes. 42 grybų izoliatai suskirstyti į morfologines grupes. Atliktas šių izoliatų vegetatyvinio suderinamumo testas, gauta 861 suderinama arba nesuderinama reakcija. Atrinkus po 2 izoliatus iš kiekvienos morfologinės grupės, buvo išskirta jų DNR ir atlikta polimerazės grandininė reakcija. Atlikta Ophiostoma sp. izoliatų filogenetinė analizė, grupavimas pagal ją, vegetatyvinio suderinamumo reakcijas ir morfologiją neatitiko. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros šaltiniai ir priedai. Darbo apimtis 49 p. be priedų, 14 paveikslų, 6 lentelės ir 120 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: filogenetinė analizė, morfologinės grupės, Ophiostoma sp., paprastasis ąžuolas, PGR, vegetatyvinis suderinamumas. Anotacija (užsienio k.) In this bachelor thesis characteristics of Ophiostoma sp. fungi found in common oak (Quercus robur L.) were examined. 42 fungal isolates were divided into morphological groups. A vegetative compatibility test of these isolates was performed, obtaining 861 compatible or incompatible reactions. After selecting 2 isolates from each morphological group, their DNA was extracted and polymerase chain reaction was performed. Results of phylogenetic analysis of Ophiostoma sp. isolates did not coincide with the reactions of vegetative compatibility and morphological grouping. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references and appendixes. Thesis consists of 49 p. without appendixes, 14 pictures, 6 tables and 120 bibliographic entries. Raktiniai žodžiai: common oak, morphological groups, Ophiostoma sp., PCR, phylogenetic analysis, vegetative compatibility.
Studento vardas, pavardė Gabija Tamoliūnaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Komunalinių deginimo atliekų lakiųjų pelenų apdorojimo vandenyje išplaunamų sunkiųjų metalų koncentracijų tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Ramunė Albrektienė
Anotacija (lietuvių k.) Komunalinių atliekų deginimo metu susidarę lakieji pelenai yra deginimo jėgainės išmetamų dujų valymo sistemos likučiai. Šių pelenų sudėtyje yra aptinkama sunkiųjų metalų ir kitų teršalų. Baigiamajame bakalauro darbe nagrinėjama, kaip pagal atliekų tvarkymo hierarchiją turi būti tvarkomos komunalinės atliekos Europos Sąjungoje. Išanalizuota, kokie reikalavimai yra keliami Europos Sąjungos šalims siekiant pereiti prie žiedinės ekonomikos. Atlikus literatūrinę analizę, išvardintos pagrindinės galimybės, kaip tinkamai apdoroti, perdirbti ir iš naujo panaudoti lakiuosius pelenus, kurie susidaro po komunalinių atliekų deginimo. Atliktas mokslinis tyrimas, kurio metu ištirta, kokios sunkiųjų metalų (Zn, Ni, Cu, Cr, Cd, Pb) koncentracijos susidaro vandenyje išplovus lakiuosius pelenus. Baigiamojo darbo eksperimentinio tyrimo metu buvo naudojami skirtingi lakiųjų pelenų ir plovimo vandens santykiai (0,1:100, 0,5:100, 1:100 ir 2:100) ir skirtingos maišymo trukmės (15, 30, 60, 90, 120 min.). Atlikus tyrimus nustatyta, kad didžiausios cinko ir vario koncentracijos, išplautos iš lakiųjų pelenų, gautos maišant 15 min., o švino ir kadmio maišant 90 min. Taip pat buvo atlikti tyrimai šalinant metalus iš išplovimo vandens naudojant sapropelį. Nustatyta, kad sapropelis iš išplovimo vandens efektyviausiai pašalina cinką, kurio efektyvumas siekia 78-99 % ir šviną, pašalinimo efektyvumas yra 77-88 %. Mažiau efektyviai pašalinamas varis, kurio efektyvumas siekia 46-67 %, o neefektyviausiai šalina kadmį – efektyvumas iki 25 %. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – p. 50 teksto be priedų, 24 iliustr., 7 lent., 48 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Komunalinės atliekos, žiedinė ekonomika, atliekų deginimas, lakieji pelenai, sunkieji metalai, sapropelis Anotacija (užsienio k.) Municipal solid waste incineration fly ash is the residue collecting from flue gas purification system of waste incineration power plant. Fly ash contains heavy metals, dioxin and other pollutants. The bachelor's thesis examines how municipal solid waste should be managed in the European Union according to the waste management hierarchy. The requirements for the countries of the European Union to transition in to a circular economy have been analyzed. After literature review, the main options for the proper treatment, recycling and reuse of fly ash generated after municipal solid waste incineration were listed. A scientific study was done to research the concentrations of heavy metals (Zn, Ni, Cu, Cr, Cd, Pb) in water after leaching of fly ash. In the experimental study of work, different ratios of fly ash and washing water (0,1:100, 0,5:100, 1:100 ir 2:100) and different mixing times (15, 30, 60, 90, 120 min) were used. Studies showed that the highest concentrations of zinc and copper leached from fly ash were obtained by stirring for 15 min, lead and cadmium by stirring for 90 min. Studies have also been performed on the removal of metals from leachate using sapropel. Sapropel has been found to remove zinc from leaching water with an efficiency of 78-99 % and lead with a removal efficiency of 77-88 %. Copper, which has an efficiency of 46-67 %, is less efficiently removed, and the most inefficient removal of cadmium, the efficiency is up to 25 %. The work consists of 6 parts: introduction, literature review, methods and materials, research results and their discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 50 p. text without appendixes, 24 pictures, 7 tables, 48 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Municipal solid waste, circular economy, waste incineration, fly ash, heavy metals, sapropel
Studento vardas, pavardė Emilija Šikšniūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Sarcocystis parazitų paplitimas Baltijos šalių vandens ekosistemose	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Sarcocystis parazitai yra cistas formuojantys viduląsteliniai pirmuonys, paplitę visame pasaulyje, parazituojantys roplius, paukščius, žinduolius, tame tarpe ir žmones. Gyvūnai gali užsikrėsti vartodami sporocistomis užterštą vandenį ir maistą. Apie Sarcocystis parazitus gamtinėse ekosistemose yra žinoma labai mažai, o kaip aptikti šiuos parazitus, kokios gali būti randamos rūšys ir kokia jų koncentracija telkiniuose duomenų beveik nėra. Todėl šio darbo tikslas – naudojant molekulinius tyrimų metodus Sarcocystis rūšių identifikavimui nustatyti ir palyginti parazitų rūšinę įvairovę tirtuose Lietuvos, Latvijos ir Estijos vandens ir smėlio mėginiuose. Pirmaisiais metais tyrimui Lietuvoje buvo pasirinktos retos rūšys: S. lutrae, S. felis, S. wobeseri, S. calchasi, S. halieti, S. canis ir nustatyta, kad didesnė tikimybė Sarcocystis parazitus aptikti miško teritorijoje esančiuose vandens telkiniuose. Identifikuota S. lutrae rūšis smėlio mėginyje. Todėl tyrimui antraisiais metais buvo surinkti vandens ir telkinių dugno smėlio mėginiai iš Lietuvos, Latvijos ir Estijos, ir tirtos Sarcocystis rūšys turinčios neigiamos įtakos ekonomiškai svarbiems naminiams gyvuliams: S. bovifelis, S. capracanis, S. miescheriana, S. cruzi, S. tenella ir S. hirsuta. Bendras Sarcocystis paplitimas Lietuvos mėginiuose – 73,33 %, Latvijos mėginiuose – 40 %, o Estijos – 77,78 %. Lietuvos ir Estijos mėginiuose nustatytos – 5, o Latvijos mėginiuose – 4 rūšys. Buvo parodyta, kad sporocistos nusėda į telkinių dugno smėlį. Šio darbo rezultatai yra pirminis Sarcocystis infekcijos monitoringas Baltijos šalių gamtinėse ekosistemose. Nustatyti parazitų paplitimo skirtumai tarp vandens telkinių tipų, valstybių ir vandens bei smėlio mėginių. Statistiškai parodyta, kad sporocistų identifikavimas smėlio mėginiuose yra efektyvesnis nei tų pačių telkinių vandens mėginiuose. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 58 p. teksto be priedų, 13 iliustr., 11 lent., 75 bibliografiniai šaltiniai. Pridedami 4 priedai. Raktiniai žodžiai: Sarcocystis, parazitai, lizdinis PGR, sporocistos. Anotacija (užsienio k.) Sarcocystis parasites are widespread, cyst forming, intracellular protozoa which infects reptiles, birds, mammals and humans. Animals get infected when they consume water or food that has been contaminated with sporocysts. It is not yet known about Sarcocystis parasites in aquatic ecosystems and there is almost no information on how to detect these parasites, what kind of species there are and what concentration could be in a body of water. The aim of this study was to identify and compare the biodiversity of Sarcocystis parasites in water and sand samples collected in the Baltic countries using the same molecular analysis methods. During the first year, in Lithuania, rare species were selected for the research: S. lutrae, S. felis, S. wobeseri, S. calchasi, S. halieti, S. canis. It was determined that there is a higher probability to find Sarcocystis parasites in water bodies located in a forested areas. S. lutrae was found in a sand sample. Our work has led us to the second year of research, water and sand samples from bodies of waters were collected from each of the Baltic countries. Only the species of economically important Sarcocystis spp. were analized, wich can lead to serious economic outcomes in the livestock sector. Such species include: S. bovifelis, S. capracanis, S. miescheriana, S. cruzi, S. tenella and S. hirsuta. General Sarcocystis prevalence was estimated – in Lithuanian samples – 73,33 %, Latvian – 40 %, Estonian – 77,78 %. 5 species were identified in Lithuanian and Estonian samples, 4 in Latvian. We have obtained primary monitoring of Sarcocystis infection in the natural ecosystems of the Baltics. The difference in prevalence of the parasites in different bodies of water, countries, water and sand samples was determined. Identification of sporocysts is more effective when analyzing sand samples from bodies of water than the water samples. The work consists of 6 parts: the introduction, review of literature, materials and methods. Pages of pure text – 58 p., 13 illustrations, 11 tables, 75 library references. 4 appendixes are included. Raktiniai žodžiai: Sarcocystis, parasites, nested PCR, sporocysts.
Studento vardas, pavardė Lukas Dobrovolskis	Baigiamojo darbo pavadinimas Mielių bioįvairovė ir paplitimas Baltijos šalių vandens ekosistemose	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Mielės – vienaląsčiai eukariotiniai mikroorganizmai aptinkami įvairiose gamtinėse nišose: ant augalų paviršiaus, dirvožemyje, ore ir vandenyje. Mikrobiologinis vandens saugumas dažniausiai įvertinamas pagal indikatorinių bakterijų kiekį jame. Nors per pastaruosius kelis dešimtmečius eukariotiniai mikroorganizmai, tame tarpe ir mielės, vis dažniau identifikuojami kaip įvairių infekcijų sukėlėjai. Galimos to priežastys gali būti žinių apie mielių paplitimą vandenyje ir jų patogeniškumo mechanizmus trūkumas, metodinės šių mikroorganizmų kultivavimo, išskyrimo ir identifikavimo problemos, molekulinių metodų nepakankamas įdiegimas vandens kokybę kontroliuojančiose tarnybose - dėl to retai žmonių ir/arba gyvūnų ligos siejamos su vandens vartojimu. Šio tyrimo tikslas buvo identifikuoti ir palyginti mielių rūšių įvairovę Baltijos šalių vandens telkiniuose, kuriuose maudosi žmonės. Tyrimo eigoje vandens mėginiai buvo surinkti iš vandens telkinių, sukoncentruoti ir išsėti ant agarizuotų YEPD terpių. Morfologiškai į mieles panašios kolonijos buvo naudojamos molekulinei analizei atlikti. Ne visos mielės aptiktos vandens telkiniuose geba augti laboratorinėmis sąlygomis. Nekultivuojamų mielių gDNR skyrta iš koncentruotų vandens mėginių, ITS sritys padaugintos atliekant PGR, gauti DNR fragmentai įterpti į klonavimo vektorius ir atlikta sekoskaita. Buvo nustatyta, kad Baltijos šalių vandens telkiniuose labiausiai paplitusios mielių gentys yra Rhodotorula, Cryptococcus, Aureobasidium ir Candida. Šios mielių gentys yra siejamos su antropogenine tarša ir kai kurios jų rūšys yra oportunistiniai patogenai, tokie kaip Rhodotorula glutinis, Aureobasidium pullulans ir t. t. Didžiausia mielių rūšių įvairovė nustatyta Estijos Kiidjarvės ežere, Latvijos upėse Kišupėje ir Mėmelėje, ir Lietuvos upėse Nemune ir Sruojoje. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 85 p. teksto, 10 paveikslėlių, 8 lentelės, 98 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Mielės, Vanduo, Baltijos šalys, Įvairovė, Paplitimas Anotacija (užsienio k.) Yeasts are single-celled eukaryotic microorganisms found in the environment: on plant surfaces, in soil, air and water. Microbiological safety of water is usually assessed by the amount of indicator bacteria present in the water. Although in the last few decades fungi are becoming frequently recognized as causative agents of various infections. Possible reasons may be the lack of knowledge of the fungal load in water, divergent cultivation methods, heterogeneous mechanisms of fungal pathogenicity and consequently the low number of reports connecting fungal presence in water and the occurrence of diseases in humans. The objective of the present work was to identify and compare the diversity of yeast species in human bathing areas in Baltic states. In the course of our research, water samples were collected from human bathing areas and applied for direct isolation of microorganisms as well as for metagenomic-based identification. Isolated colonies with yeast-like morphology were used for molecular identification. Not all yeasts found in water are cultivable under laboratory conditions. So, we extracted total gDNA from concentrated water samples, amplified internal transcribed spacer regions by PCR, inserted resulting DNA fragments into cloning vectors and sequenced. It was shown that the most common yeast genera found in water bodies of Baltic states are Rhodotorula, Cryptococcus, Aureobasidium and Candida. They are associated with anthropogenic pollution and some of them are opportunistic pathogens, such as Rhodotorula glutinis, Aureobasidium pullulans, etc. The greatest diversity of yeast species was found in Estonian lake Kiidjarve, Latvian rivers Kišupe and Memele, and Lithuanian rivers Nemunas and Sruoja. Bachelor’s thesis structure: introduction, review of literature, material and methods, results, conclusions, references. Bacherlos thesis consists of 85 pages, 10 figures, 8 tables, 98 references Raktiniai žodžiai: Yeast, Water, Baltic States, Diversity, Prevalence
Studento vardas, pavardė Evelina Virmauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Oksopirolidino darinių antibakterinis tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Ingrida Bružaitė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame bakalauro darbe nagrinėjama oksopirolidino darinių antibakterinis poveikis keturioms bakterijų kultūroms E.coli, B. subtilis, B coagulans, B. megaterium. Išnagrinėti pagrindiniai keturi antibakteriniai aktyvumo nustatymo metodai, kuriais remiantis nustatomas minimalios slopinančios junginių koncentracijos bei kiekvienos bakterijų kultūros antibakterinis poveikis priklausomai nuo junginio. Minimalia slopinimo koncentracija laikyta tokia tirtų oksopirolidino darinių koncentracija, kuri sumažino bakterijų augimą 50 % lyginant su kontroliniu bandymu. Baigiamajame darbe nagrinėjama kiekvieno oksopirolidino junginio poveikis skirtinagi bakterijų kultūrai. Gauti rezultatai parodė, kad oksopirolidino dariniai turi antimikrobinių savybių, tačiau jie skirtingai veikia skirtingas bakterijų kultūras. Įvertinus junginių įtaka bakterijų kultūroms, pastebėta, kad BAG-8 junginys labiausiai slopina visų bakterijų aktyvumą. Išnagrinėjus teorinius ir praktinius informacijos šaltinius pateikiamos baigiamojo darbo išvados. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros analizė, metodai ir medžiagos, rezultatai ir jų aptarima, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis –50p. teksto be priedų, 35 iliustr., 3 lent., 26 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: oksopirolidinas, antibakterinis aktyvumas, difuzijos į agarą metodas, minimali slopinanti koncentracija, kolonijų skaičius, optinis tankis, bakterijų augimas. Anotacija (užsienio k.) The antibacterial effect of oxopyrrolidine derivatives on four bacterial cultures of E.coli, B. subtilis, B coagulans, B. megaterium is investigated in the bachelor's thesis. The four main methods for the determination of antibacterial activity, which determine the minimum inhibitory concentrations of compounds and the antibacterial effect of each bacterial culture depending on the compound, are examined. The minimum inhibitory concentration was considered to be the concentration of the tested oxopyrrolidine derivatives that reduced bacterial growth by 50% compared to the control test. The effect of each oxopyrrolidine compound on different bacterial cultures is investigated in the final work. The results obtained are that oxopyrrolidine derivatives have antimicrobial properties, but they act sieve on different bacterial cultures. When evaluating the influence of the compounds on bacterial cultures, it was observed that the BAG-8 compound inhibits the activity of all bacteria the most After analyzing the theoretical and practical sources of information, the conclusions of the final work are presented. Structure: introduction, literature analysis, methods and materials, results and their discussion, conclusions, references, appendices. Thesis consists of: 50 p. text without appendixes, 35 pictures, 3 tables, 26 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: oxopyrrolidine, antibacterial activity, agar diffusion method, minimum inhibitory concentration, colony count, optical density, bacterial growth.
Studento vardas, pavardė Kristina Rizlerytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Polioviruso nukleokapsidės baltymų sintezė mielėse Saccharomyces cerevisiae	Baigiamojo darbo vadovas Vilius Bešėnas
Anotacija (lietuvių k.) Poliovirusas yra Enterovirus genties Picornaviridae, mažų teigiamų RNR grandinių virusų, šeimos narys. Šis virusas plinta išmatomis-oraliniu būdu, replikuojasi virškinimo trakte ir gali išplisti bei sukelti neuronų pažeidimus, o vėliau paralyžių. Dėl didelių gamybos sąnaudų ir būtinumo užtikrinti aukštą saugumo lygį, vienas iš vakcinos kūrimo būdų yra tuščių polioviruso kapsidžių gamyba, naudojant rekombinantines raiškos sistemas. Šios sistemos leidžia gaminti imunogenines virusines kapsides, virusines daleles neužsikrečiant. Sintetinant virusinius baltymus svarbu pasirinkti tinkamą raiškos sistemą, kad baltymai kuo mažiau skirtųsi nuo natyvių analogiškų baltymų. Bakalauro darbo metu buvo siekiama sukonstruoti mielių raiškos vektorių su tris pirmojo tipo polioviruso PV1 Mahoney nukleokapsidės baltymus koduojančiais genais, susintetinti polioviruso nukleokapsidės baltymus mielių S. cerevisiae AH22 ir AH22-?pep4 kamienuose bei įvertinti jų sintezę. Darbo metu į mielių raiškos vektorių pFGAL7 įterpti trys polioviruso nukleokapsidės baltymų genai VP0, VP1mut ir VP3. Raiškos vektoriaus konstravimui panaudotas E. coli DH5? kamienas. Sėkmingai sukonstravus mielių raiškos vektorių pFGAL7-VP0-VP3-VP1mut, pastebėta netolygi baltymų sintezė nuo šio vektoriaus, todėl įterptas GAL7 promotorių transkripcijos aktyvatorių Gal4p koduojantis genas GAL4. Įterpus į mielių raiškos vektorių GAL4 geną, abiejuose mielių S. cerevisiae kamienuose baltymų raiška sustiprėjo, tačiau visų trijų rekombinantinių baltymų panašios raiškos nepavyko gauti. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 60 p. teksto be priedų, 13 paveikslų, 4 lentelės, 125 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: poliovirusas, genų raiška, nukleokapsidė, baltymų sintezė, į virusą panašios dalelės Anotacija (užsienio k.) Poliovirus is a prototype member of Enterovirus genus of the Picornaviridae family of small positive strand RNA viruses. Spread by the fecal-oral route, poliovirus replicates in the gastrointestinal tract and can disseminate and cause neuronal damage and subsequent paralysis in the host. Due to the high production costs and the need to ensure a high level of safety, one of the ways to develop the vaccine is to produce empty poliovirus capsids using recombinant expression systems. These systems allow the production of immunogenic viral capsids and viral particles without infecting. When synthesizing viral proteins, it is important to choose the appropriate expression system so that the proteins differ as little as possible from native analogous proteins. The aim of the bachelor‘s thesis was to construct a yeast expression vector with three nucleocapsid protein genes of 1 serotype poliovirus PV1 Mahoney, synthesize poliovirus nucleocapsid proteins in yeast S. cerevisiae AH22 and AH22-?pep4 strains and evaluate their synthesis. Three poliovirus nucleocapsid protein genes VP0, VP1mut and VP3 were cloned into the yeast expression vector pFGAL7. The E. coli DH5? strain was used to construct the expression vector. Insertion of the promoter GAL7 transcription activator GAL4 into the expression vector pFGAL7-VP0-VP3-VP1mut resulted in higher protein expression, but no similar expression was obtained for all three recombinant proteins in both yeast strains. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 60 p. of text without appendixes, 13 pictures, 4 tables and 125 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: poliovirus, gene expression, nucleocapsid, protein synthesis, virus-like particles
Studento vardas, pavardė Miglė Avižaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Bet v 1 alergeno išskyrimas iš skirtingų biologinių šaltinių	Baigiamojo darbo vadovas Vilius Bešėnas
Anotacija (lietuvių k.) Nors žinių turima daug, bet kuo toliau tuo daugiau žmonių susiduria su alergijomis. Kai kuriose regionuose, tai paveikia iki 50% ten gyvenančių žmonių. Paprastai alergenai yra visiškai nekenksmingos baltymų molekulės – antigenai, kurios atsakingos už jautresnį nei įprastai imuninės sistemos atsaką, paremtą IgE sąveika su antigenu. Biocheminis alergijos mechanizmas yra kompleksiškas ir sudėtingas. Dažniausiai paveikiamos odos, kvėpavimo takų ir virškinimo sistemos ląstelės.Kai APC – antigeną pristatančios ląstelės (angl. antigen presenting cells) yra paveikiamos alergeno, aktyvuojasi specifinės T ląstelės (TH2) ir IgE antikūnų sintezė. Kuomet žmogus jau yra įsijautrinęs konkrečiam alergenui, kiekvieną kartą jam esant aplinkoje IgE sudaro ryšį su afinišku Fc?RI receptoriumi, kuris paskatina putliąsias ląsteles išskirti mediatorius, kurie sukelia staigią alerginę reakciją Šiame darbe buvo gryninamas natūralus ir rekombinantinis Bet v 1 alergenas bei lyginami gryninimo reultatai. Natūralus baltymas grynintas hidrofobinės sąveikos chromotografija ir gelfiltracija, rekombinantinis grynintas afininės chromotografijos metodu. Rezultatai tikrinti elektroforetiškai bei pamatuota koncentracija Lowry metodu. Rezultatai parodė, jog geriausia gryninti bakterijose ekspresuotą Bet v 1 baltymą, kurio grynumas siekia 93,38%, tada natūralų baltymą 94,11% grynumo. Geriausias aktyvumas ir išeiga yra baltymo su MBP, o prasčiausi rezultatai lyginant su kitais analogais yra baltymo iš Nicotiana benthamiana lapų ir šis baltymas netinkamas diagnostiniams tyrimams. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodai ir medžiagos, eksperimentų rezultatai, rezultatų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 40 p., 19 paveikslėlių, 6 lentelės, 40 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Alergenas, Bet v 1, gryninimas, rekombinantinis baltymas, natūralus baltymas Anotacija (užsienio k.) Although a lot of knowledge is available, people still deal with allergies. In some regions, it affects up to 50% of the people living there. Typically, allergens are completely harmless protein molecules - antigens that are responsible for a more sensitive than normal immune response based on the interaction of IgE with the antigen. The biochemical mechanism of allergy is complex. Skin cells, respiratory tract and digestive system are most commonly affected. When APC - antigen presenting cells are exposed to an allergen, the synthesis of specific T cells (TH2) and IgE antibodies are activated. When a person is already sensitive to a particular allergen, each time they are in the environment, IgE binds to the affinity Fc?RI receptor, which causes mast cells to secrete mediators that cause a sudden allergic reaction. In this work, natural and recombinant Bet v 1 allergen were purified and the purification results were compared. Natural protein purified by hydrophobic interaction chromatography and gel filtration, recombinant purified by affinity chromatography. The results were checked electrophoretically and concentration measured by Lowry method. The results showed that it was best to purify the bacterially expressed Bet v 1 protein with a purity of 93.38%, then the natural protein with a purity of 94.11%. The best activity and yield is the protein with MBP, and the worst results compared to other analogues are the protein from the leaves of Nicotiana benthamiana and this protein is not suitable for diagnostic tests. The work consists of seven parts: introduction, literature review, methods and materials, experimental results, discussion of results, conclusions, references. Thesis consists of: 38 pages, 19 figures, 6 tables, 40 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Allergen, Bet v 1, purification, recombinant protein, native protein
Studento vardas, pavardė Vilius Saržickas	Baigiamojo darbo pavadinimas Rekombinantinio Saccharomyces cerevisiae Tyw1 baltymo gryninimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Rekombinantiniai baltymai yra populiarūs šiuolaikinėje biotechnologijoje dėl pasiekiamos didesnės tikslinio baltymo ekspresijos bei sumažintų gamybos kaštų. Atliekant mikroorganizmų manipuliacijas genetiniame lygmenyje, dažnai gaunami nauji fermentai su naudingomis biocheminėmis savybėmis arba išaiškinami fermentų veikimo principo mechanizmai. Raiškos vektorius pET21a+ su perkoduotu Saccharomyces cerevisiae TYW1 genu buvo transformuotas į Escherichia coli BL21(DE3) kompetentines ląsteles, užauginta biomasė ir atlikta tikslinio baltymo indukcija. Surinkta biomasė suardyta ultragarsiniu dezintegratoriumi ir vykdytas fermento gryninimas atliekant afininę metalų jonų chromatografiją. Baltymo sintezės lygis ir grynumas buvo kiekybiškai įvertinti SDS–PAGE pagalba ir densitometrine analize. Panaudojus spektrometriją, buvo patvirtinta, kad išgrynintas tikslinis baltymas. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir tyrimo metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 47 p. teksto be priedų, 16 iliustr., 7 lent., 30 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: 4-demetilviozino liazė, TYW1, TAW1, afininė metalų jonų chromatografija, Escherichia coli, S-adenozil-L-metioninas Anotacija (užsienio k.) R???mb?nant pr?t??ns hav? b???m? v?r? p?pular in modern biotechnology du? t? th??r advantag?s ?n a?h??v?ng increased pr?t??n ??pr?ss??n and r?du??ng the pr?du?t??n ??sts. Th? man?pulat??ns ?f m??r??rgan?sms at th? g?n?t?? l?v?l ?ft?n ???lds ?n novel ?nz?m?s w?th us?ful b???h?m??al pr?p?rt??s ?r ?lu??dat?s th? ?atal?t?? m??han?sms. In th?s stud?, Escherichia coli BL21(DE3) ??mp?t?nt ??lls w?r? transf?rm?d w?th pET21a+ ??pr?ss??n v??t?r ??nta?n?ng r???ded Sa??har?m???s ??r?v?s?a? TYW1 g?n?. The b??mass was gr?wn, and th? targ?t pr?t??n was ?ndu?ed. Th? ??ll??t?d b??mass was d?srupt?d w?th an ultras?n?? d?s?nt?grat?r. Furth?rm?r?, ?nz?m? was pur?f??d b? aff?n?t? m?tal ??n ?hr?mat?graph?. Th? protein biosynthesis level and pur?t? ?f th? targ?t pr?t??n was quant?f??d b? SDS–PAGE and the densitometric analysis. Th? pr?s?n?? ?f th? targ?t pr?t??n was ??nf?rm?d sp??tr?ph?t?m?tr??all?. This work consist of six parts: introduction, the literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, bibliography. Th? thes?s ??ns?sts ?f 47 t??t pag?s w?th?ut app?nd???s, 16 p??tur?s, 7 tabl?s, 30 b?bl??graph??al ?ntr??s. Raktiniai žodžiai: 4-demetilwyozine liase, TYW1, TAW1, immobilized metal-affinity chromatography, Escherichia coli, S-adenozil-L-methionine
2021 metų magistro baigiamųjų darbų anotacijos
Studento vardas, pavardė Arnoldas Chmelevskis	Baigiamojo darbo pavadinimas Nukleorugščių gryninimo rinkinio tirpalų gamybos proceso validavimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Šiuo metu platus biotechnologinių produktų naudojimas reikalauja turėti jų kokybę užtikriniančius gamybos procesus, vieni tokių produktų yra nukleorūgščių gryninimo rinkiniai. Šių rinkinių pagrindinė funkcija yra išgryninti kokybišką DNR/RNR, kuri bus naudojama tolesnėje analizėje. Kadangi biologinių šaltinių įvairovė yra didelė, todėl gryninimo rezultatai gali varijuoti. Šio darbo tikslas yra validuoti nukleorūgščių gryninimo rinkinio gamybos procesą, identifikuoti kritinius proceso etapus, žaliavas ir įrangą bei patvirtinti, kad gamybos procesas yra atsikartojantis, galintis pateikti kokybiškus ir technines sąlygas atitinkančius produktus kiekvienos gamybos metu. Raktiniai žodžiai: Nukleorūgščių gryninimo rinkiniai, COVID-19, proceso validavimas Anotacija (užsienio k.) Currently, the widespread use of biotechnological products requires production processes that ensure their quality, some of which are nucleic acid purification kits. The main function of these kits is to purify high quality DNA / RNA that will be used for further analysis. Due to the great diversity of biological sources, purification results may vary. The aim of this work is to validate the production process of a nucleic acid purification kit, to identify critical process steps, raw materials and equipment, and to confirm that the production process is repetitive, able to provide quality and technical products during each production. Raktiniai žodžiai: Nucleic acid purification kits, COVID-19, process validation
Studento vardas, pavardė Ingrida Stefankevičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Amperometrinio glutamato biojutiklio kūrimas naudojant nanostruktūrizuotus ir modifikuotus elektrodus	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe buvo kuriamas ir tiriamas glutamato biojutiklis, kurio formavimui panaudota glutamato dehidrogenazė iš Bos taurus (GLDH). Pirmiausia sukurti kelių tipų, aukso ir anglies stiklo, fermentiniai elektrodai ir buvo vertinama fermento vykdoma biokatalizė. Atsižvelgus į neefektyvius biokatalizės rezultatus, toliau buvo atliekama CV analizė siekiant įvertinti GCE-CNT-GLDH ir GCE-CNT-TTF-GLDH elektrodų atsaką į glutamato koncentracijos pokyčius. Buvo pademonstruota, kad elektrodai neparodė teigiamo atsako ir nereagavo į substrato koncentracijos pokytį. Vėliau buvo analizuojami eksperimentai, parodantys, kaip teoriškai turėtų atrodyti efektyviai veikiantis biojutiklis, baigiamajame darbe demonstruojamas glicerolio biojutiklio veikimas. Teoriškai įvertinus glicerolio biojutiklio parametrus, buvo nustatyta, kad biojutiklio jautrumas potenciostatinėmis sąlygomis, kai E = 50 mV, tiesinėje 0,0126 – 0,57 mM dalyje yra 106 ± 1 µA · mM-1 · cm-2 . Glicerolio biojutiklis pasižymėjo 2 µM detekcijos limitu. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, metodai ir medžiagos, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas ir padėka. Darbo apimtis – 43p. be priedų, 23 paveikslai, 2 lentelės, 41 bibliografinis šaltinis. Raktiniai žodžiai: Aukso ir anglies stiklo elektrodai, glutamato dehidrogenazė, glutamato biojutiklis, glutamatas Anotacija (užsienio k.) In this master thesis glutamate biosensor was formed and investigated by using glutamate dehydrogenase from Bos taurus. At first, several types of enzyme electrodes, gold and glassy carbon, were developed and biocatalysis of the enzyme was evaluated. Given the inefficient biocatalysis results, further CV analysis was performed to assess the GCE-CNT-GLDH and GCE-CNT-TTF-GLDH electrodes in response to changes in the concentration of glutamate. It has been shown that the electrodes did not appear to have a positive response and did not respond to the increase in substrate concentration. Further it was shown how effectively acting biosensor should work in theory - a glycerol biosensor operation was demonstrated as an example. It was observed that at the optimal conditions (50 mV vs SCE, pH 7,5, 25 °C) formed glycerol biosensor exhibited 106 µA · mM-1 · cm-2 sensitivity in linear range from 0,0126 to 0,57 mM of glycerol. Formed glycerol biosensor demonstrated 2 µM detection limit. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references and acknowledgment. Thesis consists of 43p. text without appendices, 23 pictures, 2 tables and 41 bibliographic entry. Raktiniai žodžiai: Gold and glassy carbon electrodes, glutamate dehydrogenase, glutamate biosensor, glutamate
Studento vardas, pavardė Emilija Katinaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Elektrocheminio jutiklio kūrimas atrazinui nustatyti	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Šiuo laikotarpiu kuriant elektrocheminius jutiklius prioritizuojamas natūralių, gamtoje aptinkamų junginių naudojimas. Natūralūs polimerai jau naudojami kuriant jutiklius, tačiau natūralių monomerų kopolimerai yra gana nauja biologinių jutiklių srities tema. Folio rūgštis ir riboflavinas yra B klasės, natūraliai gamtoje aptinkami vitaminai. Abu šiuos vitaminus tam tikromis sąlygomis galima elektrochemiškai polimerizuoti ir kadangi junginiai nėra pavojingi ar toksiški organizmui, gauti kopolimerai gali būti naudojami medicinos ar maisto kokybės kontrolės jutikliuose ar kituose biologiniuose mėginiuose. Pesticidai yra svarbūs sėkmingam augalų augimui, tačiau yra kenksmingi žmonių ir gyvūnų organizmams. Dėl šios priežasties būtina stebėti jų koncentraciją vartojamuose produktuose. Atrazinas yra triazino klasės herbicidas, kurio likučiai gali likti vandenyje, pasėliuose ar kituose kultūriniuose augaluose. Baigiamajame darbe ant stikliškosios anglies elektrodo (GCE) sintezuoti keturi kopolimerai: PFA-PRF (1:3), PFA-PRF (1:5), PFA-PRF (1:10), PFA-PLL (0,1:1). Visi kopolimerai naudoti bandymuose siekiant nustatyti atraziną. Darbe pateikiama kopolimerų elektrocheminė analizė, kompozicijos optimizavimas ir elektrokatalizinis aktyvumas atrazino atžvilgiu. Darbo apimtis – 67 p. teksto be priedų, 41 paveikslėlis, 4 lentelės, 54 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Folio rūgštis, riboflavinas, atrazinas, kopolimerai, elektrai laidūs polimerai, elektrocheminiai jutikliai. Anotacija (užsienio k.) During this period, the development of electrochemical sensors prioritizes the use of natural, naturally occurring compounds. Natural polymers are already used in the development of sensors, but copolymers of natural monomers are a relatively new topic in the field of biological sensors. Folic acid (FA) and riboflavin (RF) are class B, naturally occurring vitamins. Both of these vitamins can be electrochemically polymerized under certain conditions, and since the compounds are not hazardous or toxic to the body, the resulting copolymers can be used in medical or food quality control sensors or other biological samples. Pesticides are important for successful plant growth, but are harmful to humans and animals. For this reason, it is necessary to monitor their concentration in consumed products. Atrazine is a triazine herbicide whose residues may remain in water, crops or other agricuture products. In this work, four copolymers were synthesized on a glassy carbon electrode (GCE): PFA-PRF (1: 3), PFA-PRF (1: 5), PFA-PRF (1:10), PFA-PLL (0.1: 1) . All copolymers were used in the tests to determine atrazine. This work presents electrochemical analysis of copolymers, optimization of it‘s composition and electrocatalytic activity against atrazine. Thesis consists of: 67 p. of text, 41 figures, 4 tables, 54 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Folic acid, riboflavin, atrazine, copolymers, conducting polymers, electrochemical sensors.
Studento vardas, pavardė Gerda Geršvaltaitytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Kiaušialąstės skaidriojo dangalo (zona pellucida) storio įtaka pagalbinio apvaisinimo procedūrų efektyvumui	Baigiamojo darbo vadovas dr. Agata Mlynska
Anotacija (lietuvių k.) Manoma, kad viena iš priežasčių, kodėl neįvyksta kiaušialąstės apvaisinimas, yra per storas kiaušialąstės skaidriojo dangalo (angl. zona pellucida, ZP) sluoksnis. Šio tyrimo tikslas – nustatyti kiaušialąstės ZP storio įtaką kiaušialąsčių apsivaisinimo ir embriono implantacijos dažniui. Darbo uždaviniai: analizuojant kompiuterinius vaizdus išmatuoti PA procedūroms gautų ir apvaisintų kiaušialąsčių ZP storius, iš PA registracijos žurnalų surinkti duomenis apie moterų, kurioms buvo atliktos PA procedūros, apvaisinimo metodą, apvaisintų embrionų skaičių, talpintų embrionų skaičių ir galutinį procedūros rezultatą. Naudojant statistinės analizės metodus, įvertinti kiaušialąstės ZP storio sąsajas su kiaušialąsčių apsivaisinimo dažniu bei metodu ir pastojimo dažniu. Storių matavimai nuotraukose buvo atliekami su NIS-Elements F vaizdų apdorojimo programa. Nuotraukų analizė buvo atlikta su 3151 kiaušialąstėmis, gautomis iš 374-ių moterų, kurioms 2018 m. buvo taikytos PA procedūros (IVF arba ICSI). Gautieji rezultatai parodė, kad vidutinis ZP storis 18,793 ± 2,557 µm. ZP storio analizė atlikta suskirsčius ZP į 5 storio grupes ir analizuojant jų apsivaisinimo rezultatus individualiai kiekvienai grupei. Taip pat, tyrime atrinkti PA procedūrų atvejai kai implantavosi visi talpinti embrionai (32 moterys) ir atvejai, kuriuose embrionai nesiimplantavo iš viso (208 moterys). Tyrimo rezultatai parodė, kad kiaušialąsčių ZP storis turi įtakos kiaušialąsčių apsivaisinimo dažniui ir kokybei, embriono implantacijai bei moters pastojimo dažniui. Raktiniai žodžiai: Kiaušialąstės skaidrusis dangalas, pagalbinis apvaisinimas, kiaušialąstė, apsvaisinimas, embrionas, implantacija Anotacija (užsienio k.) Thick zona pellucida (ZP) is listed as one of the main reasons of failed oocytes fertilization. The aim of this study was to evaluate correlation between zona pellucida (ZP) thickness and oocytes fertilization frequency, and find out how it affects success of assisted reproductive procedures. Objectives: to measure oocytes’ ZP and whole envelope thickness by analyzing computer images, to collect data from assisted fertilization register about women’s, who endured assisted fertilization procedures, methods of procedure and final result of procedure, and to estimate oocyte ZP thickness correlation with oocytes’ fertilization frequency, fertilization type and frequency of getting pregnant using methods of statistical analysis. Measurements of zona pellucida thickness and whole envelope thickness were made using NIS-Elements F software. 3151 oocytes from 374 women undergoing to the IVF/ICSI treatment in 2018 were enrolled in this study. The results showed that average thickness of ZP was 18,793 ± 2,557 µm. 5 groups were made by ZP thickness and individual fertilization results were collected. Also, this study showed that 32 women out of 240 succeeded to get pregnant with all embryos that were transfered, other 208 cases show a negative result. Analyzes were made for each group to correlate embryo implantation with ZP thickness. Following conclusions are that oocytes’ ZP thickness has an impact on fertility frequency and quality. Also, ZP thickness does have an impact on frequency of getting pregnant. Raktiniai žodžiai: Zona pellucida, IVF, oocyte, fertilization, embryo, implantation
Studento vardas, pavardė Ieva Šeškevičiūtė	Baigiamojo darbo pavadinimas Silikagelio pagrindo sorbentų pakartotinio panaudojimo didelio efektyvumo skysčių chromatografijos kolonėlėms pakuoti galimybių tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Daiva Tauraitė
Anotacija (lietuvių k.) Darbo tikslas – įvertinti, kokios yra 5 skirtingų silikagelio pagrindu pagamintų sorbentų pakartotinio panaudojimo galimybės. Pasirinkti sorbentai tarpusavyje skiriasi savo fizikocheminėmis savybėmis, todėl jie yra tinkami skirtingiems chromatografiniams režimams. Sorbentai pakartoniam panaudojimui turės būti išstumti iš esamų kolonėlių, išdžiovinami atitinkamomis sąlygomis ir kolonėlės pakraunamos tokiomis pat arba modifikuotomis sąlygomis iš naujo. Sorbentų džiovinimas juos išstūmus iš kolonėlių yra vienas svarbiausių tyrimo aspektų, svarbu parinkti tinkamiausią tirpiklį, džiovinimo temperatūrą ir trukmę. Parinkus po 6 kiekvieno parametro kriterijus bus pasitelkta DOE programa, siekiant optimizuoti eksperimentų derinių skaičių. Kolonėlės bus pakartotinai pakraunamos sorbentu 3 ciklus ir ieškomos optimalios sąlygos, po kiekvieno ciklo atliekama sorbento analizė. Darbo uždaviniai – optimizuoti džiovinimo ir krovimo sąlygas sorbento pakartotiniam panaudojimui. Raktiniai žodžiai: Kolonėlė, sorbentas, silikagelis, chromatografija. Anotacija (užsienio k.) The aim of the study was to evaluate the possibilities of reusing 5 different silica gel based sorbents. The selected sorbents differ from each other in their physicochemical properties, so they are suitable for different chromatographic modes. Sorbents for reuse was removed from existing columns, was dried under appropriate conditions, and the columns was reloaded under the same or modified conditions. Drying of the sorbents after removal from the columns is one of the most important aspects of the study, it is important to select the most suitable solvent, drying temperature and duration. Was selected 6 criteria for each parameter, the DOE program was used to optimize the number of experiment combinations. The columns was reloaded with sorbent for 3 cycles and the optimal conditions was sought, followed by sorbent analysis after each cycle. Tasks – to optimize drying and loading conditions for sorbent reuse. Raktiniai žodžiai: Column, media, silicagel, chromatrography.
Studento vardas, pavardė Erika Putincevaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Optimalių sąlygų parinkimas, kuriant gliukozės biologinį jutiklį netirpaus elektronų pernašos tarpininko pagrindu, bei sukurto modelio pritaikymas praktinėje analizėje	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Milijonai diabetikų kasdien tikrina gliukozės kiekį kraujyje, todėl gliukozė yra dažniausiai tiriama analitė. Amperometriniai fermentų biologiniai jutikliai, pagrįsti gliukozės oksidaze, atlieka pagrindinį vaidmenį pereinant prie paprastų, lengvai naudojamų cukraus kiekio kraujyje tyrimų, ir tikimasi, kad jie atliks panašų vaidmenį pereinant prie nuolatinio gliukozės kiekio stebėjimo. Baigiamojo magistro darbo tikslas buvo sukurti ir ištirti gliukozės biologinius jutiklius, naudojant nanostruktūras ir nanodaleles, parinkti optimalias sąlygas, įvertinti pagrindines analizines nustatymo charakteristikas ir praktiškai pritaikyti nustatant analitę realiame objekte. Darbo metu buvo nustatyta, kad didesni gliukozės analiziniai signalai buvo gauti, naudojant grafito elektrodą, imobilizuotą platinos nanostruktūromis, 1,10-fenantrolin-5,6-dionu ir gliukozės oksidaze. Ekperimentų metu buvo parinktos optimalios PtNS padengimo sąlygos – 6 mM H2PtCl6 imobilizacijos tirpalas, esant KNO3; chronoamperometrinis metodas esant 100 s kaupimo laikui ir -0,2 V potencialui, panaudojant viengubą sistemą. Tyrimų metu nustatyta, kad gliukozės biologinio jutiklio GE/PtNS/FD/GOx elektrodo pagrindu tiesinis koncentracijos intervalas yra 0,99 – 13,2 mM su koreliacijos koeficientu 0,994, aptikimo riba 0,45 mM, o po 5 val. išlaikius GE/PtNS/FD/GOx elektrodą pirolo polimerizacijos tirpale – tiesinis koncentracijos intervalas lygus 2,00 – 29,4 mM su koreliacijos koeficientu 0,998, aptikimo riba 1,74 mM. Eksperimentų metu nustatyta, kad sukurti gliukozės biologiniai jutikliai GE/PtNS/FD/GOx ir GE/PtNS/FD/GOx/Ppy elektrodų pagrindu lieka stabilūs iki 28 ir 56 parų, atitinkamai. Gliukozės biologinis jutiklis GE/PtNS/FD/GOx/Ppy elektrodo pagrindu yra atsparus trukdantiems komponentams ir pritaikytas analitės koncentracijos nustatymui praskiestame žmogaus serume iki 20 mM, kai analitės išgava siekė 94,5 %. Darbą sudaro 10 dalių : turinys, santrumpos, paveikslų ir lentelių sąrašas, įvadas, literatūros apžvalga, tyrimų metodika, ekperimentinės procedūros, išvados, literatūros sąrašas. Raktiniai žodžiai: chitozanas, 1,10-fenantrolin-5,6-dionas, gliukozės biologinis jutiklis, gliukozės oksidazė, gliukozė, pirolas, paltinos nanostruktūros, polimeras, žmogaus serumas. Anotacija (užsienio k.) Millions of diabetics check their blood glucose levels daily, making glucose the most commonly analyzed analyte. Amperometric enzyme biological sensors based on glucose oxidase play a key role in the transition to simple, easy-to-use blood glucose tests, and are expected to play a similar role in the transition to continuous glucose monitoring. The aim of the final master's thesis was to develop and study glucose biological sensors using nanostructures and nanoparticles, to select optimal conditions, to evaluate analytical characteristics and to detect the analyte in real object. It was found that higher glucose analytical signals were obtained using a graphite electrode immobilized with platinum nanostructures, 1,10-phenanthroline-5,6-dione and glucose oxidase. During the experiments, the optimal conditions for PtNS modification were selected - 6 mM H2PtCl6 immobilization solution with KNO3; chronoamperometric method with an accumulation time of 100 s and a potential of -0.2 V using a single system. The GE/PtNS/PD/GOx electrode-based glucose biological sensor has a linear concentration range from 0.99 to 13.2 mM with a correlation coefficient of 0.994, a detection limit of 0.45 mM, and after 5 hours of modification of GE/PtNS/PD/GOx electrode by polypyrrole the linear concentration range was from 2.00 to 29.4 mM with a correlation coefficient of 0.998, detection limit of 1.74 mM. The developed glucose biosensors based on GE/PtNS/PD/GOx and GE/PtNS/PD/GOx /Ppy electrodes were stable till 28 and 56 days, respectively. The GE/PtNS/PD/GOx/Ppy electrode-based glucose biosensor is resistant to interfering components and is designed to determine the analyte in diluted human serum: up to 20 mM of glucose with recovery of 94.5%. Work consists of 10 parts: content, abbreviations, list of pictures and tables, introduction, literature review, research methodology, experimental procedures, conclusions, references. Raktiniai žodžiai: chitosan, 1,10-phenanthroline-5,6-dione, glucose biological sensor, glucose oxidase, glucose, pyrrole, platinum nanostructures, polymer, human serum.
Studento vardas, pavardė Deimantė Prušinskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Nizinu konjuguotų nanodalelių bei magnetinių laukų poveikio Listeria innocua bakterijoms tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Šiame darbe buvo tiriamas laisvo ir geležies oksido nanodalelėmis konjuguoto nizino antibakterinis poveikis prieš L. innocua bakterijas. Taip pat buvo analizuojama stiprių ir silpnų magnetinių laukų įtaka bakterijų išgyvenamumui nuo veikimo laiko, bakterijas inkubuojant kartu su nanodalelėmis arba be jų. Geležies nanodalelėmis konjuguotas nizinas turi stipresnį antibakterinį poveikį prieš L. innocua nei laisvas nizinas. Stiprūs arba silpni magnetiniai laukai be nanodalelių minimaliai slopina bakterijų augimą, nepriklausomai nuo veikimo laiko. Veikiant bakterijas geležies oksido nanodalelėmis be magnetinių laukų, nebuvo stebimas L. innocua išgyvenamumo sumažėjimas, nepriklausomai nuo nanodalelių koncentracijos. Taikant silpnus arba stiprius magnetinius laukus kartu su nanodalelėmis antibakterinis poveikis priklauso nuo magneto veikimo trukmės. Ilginant magneto veikimo laiką bakterijų mirtingumas didėja, stipriausias antibakterinis poveikis buvo gautas veikiant bakterijų ląsteles 30 minučių, o trumpas veikimo laikas (5min) neturi poveikio bakterijų išgyvenamumui. Stiprus magnetinis laukas esant sulyginamai Niz-IONP-Ca nanodalelių koncentracijai ir veikimo laikui turi stipresnį L. innocua žudantį veikimą nei silpnas magnetinis laukas. Naudojant maksimalias konjuguoto nizino koncentracijas kartu stiprių magnetinių laukų poveikiu 30 minučių, yra pasiekiamas stipriausias antibakterinis poveikis prieš L. innocua. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 72 p. teksto, 19 iliustr., 5 lent., 142 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Nizinas, bakteriocinai, L. innocua, magnetiniai laukai, nanodalelės, antibakterinis poveikis. Anotacija (užsienio k.) In this study the antibacterial effect of free and iron oxide nanoparticle conjugated nisin against L. innocua bacteria was investigated. The influence of strong and weak electromagnetic fields on bacterial survival from the time of exposure, with or without nanoparticles, was also analyzed. Iron nanoparticle – conjugated nisin had a stronger antibacterial effect against L. innocua than free nisin. Strong or weak magnetic fields without nanoparticles minimally inhibit bacterial growth, regardless of the duration of exposue. When bacteria were exposed to iron oxide nanoparticles without magnetic fields, no decrease in L. innocua survival was observed regardless of the concentration of nanoparticles. When weak or strong magnetic fields are applied in combination with nanoparticles, the antibacterial effect depends on the duration of exposure to the magnetic field. Prolonging the time of exposure to the magnetic field increases bacterial mortality, the strongest antibacterial effect was obtained by exposing the bacterial cells for 30 min. The short exposure time (5 min) has no effect on bacterial mortality. A strong magnetic field at comparable concentration and duration of exposure from Niz-IONP-Ca nanoparticles, has a stronger eradicating effect on L. innocua than a weak magnetic field. The strongest antibacterial effect against L. innocua is achieved by using maximum concentration of conjugated nisin and exposure to strong magnetic fields for 30 min. Structure: introduction, literature overview, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consists of: 72 p. text, 19 pictures, 5 tables, 142 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Nisin, bacteriocins, L. innocua, magnetic fields, nanoparticles, antibacterial effect.
Studento vardas, pavardė Edgaras Barysas	Baigiamojo darbo pavadinimas Bakterijų Bacillus pseudofirmus gyvybingumo biologiniame atsikuriančiame betone tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamojo darbo tikslas — pagaminti savaime atsikuriantįjį biologinį betoną, naudojant skirtingos cheminės sudėties cementus. Savaime atsikuriančiajam biologiniam betonui pagaminti panaudota Bacillus pseudofirmus (DMS 8715), šarmus toleruojanti sporas formuojanti bakterijų rūšis. Baigiamojo darbo metu nustatytas betone esančių bakterijų gyvybingumas, naudojant skirtingus cementų tipus. Didžiausias bakterijų gyvybingumas buvo nustatytas mėginiuose, kurių gamybai buvo panaudojamas baltas CEM-I rūšies „Aalborgportland“ cementas. Taip pat nustatytas skirtingų cementų tipų pH bei elektrinis laidumas ir cheminė sudėtis. Cementų sudėtyse aptikta tokių metalų jonų, kurie gali turėti neigiamos įtakos bakterijų gyvybingumui. Taip pat įvertintas savaime atsikuriančiojo biologinio betono plyšių „užgydymo“ efektyvumas. Didžiausias pilnai „užgydyto“ plyšio plotis siekė 0,348 mm. Toks betonas yra geras sprendimas siekiant sumažinti finansines ir žmogiškąsias išlaidas betoninių paviršių ir konstrukcijų priežiūrai, tačiau norint tai įgyvendinti reikia sumažinti savaime atsikuriančiojo biologinio betono gamybos, medžiagų, reikalingų tokiam betonui paruošti, kainas, kad toks betonas taptų ekonomiškai naudinga, prieinama prekė, turinti didelį atsiperkamumo efektyvumą. Raktiniai žodžiai: atsikuriantysis, betonas, Bacillus pseudofirmus, plyšių užpildymas, bakterijų gyvybingumas Anotacija (užsienio k.) The goal of this thesis is to produce self-healing biological concrete using cements of different chemical composition. Bacillus pseudofirmus (DMS 8715), an alkali-tolerant and spore-forming bacterial species, was used to produce self-healing biological concrete. During the thesis, the viability of bacteria in concrete was determined using different types of cements. The highest bacterial viability was found in samples prepared using white CEM-I type „Aalborgportland“ cement. The pH, electrical conductivity and chemical composition of different types of cements were also determined. Metal ions that may adversely affect bacterial viability have been detected in cement compositions. The efficiency of healing cracks in self-healing biological concrete was also evaluated. The maximum width of a fully healed crack was 0.348 mm. Such concrete is a good solution to reduce the financial and human costs of maintenance of concrete surfaces and structures, but it requires to reduce price of the production of self-healing concrete and of the materials needed to prepare such concrete. It is should be economically viable, an affordable commodity, which has a high payback efficiency. Raktiniai žodžiai: self-healing, concrete, Bacillus pseudofirmus, crack filing, bakterial viability.
Studento vardas, pavardė Raminta Mazūraitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Imobilizuoto fermento katalizinio aktyvumo tyrimas chemiškai modifikuotose nanostruktūrose	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Fermento imobilizavimas skirtingo tipo atramose sukuria išsamios analizės reikalaujančią sistemą, kuri gali tiek sustiprinti galutinę imobilizuoto fermento funkciją, tiek lemti visišką aktyvumo praradimą. Baigiamajame magistro darbe nagrinėjama skirtinga paviršiaus chemija pasižyminčių aukso nanodalelių, laisvos gliukozės oksidazės bei aukso nanodalelių ir gliukozės oksidazės nanobiokonjugatų gliukozės oksidacijos reakcijos kinetika. Uv-vis spektrofotometro duomenys atskleidė sėkmingą Citr-AuND modifikaciją PAH ir PAA polielektrolitų sluoksniais bei leido išanalizuoti skirtingų aukso nanodalelių koloidinį stabilumą skirtingomis aplinkos sąlygomis (pH, joninė jėga). Vėliau naudojant chronoamperometrijos metodą tirtas skirtingų aukso nanodalelių nanoziminis aktyvumas priklausomai nuo substrato koncentracijos ir pH ir išryškėjo polielektrolitais modifikuotų aukso nanodalelių tendencija aktyviau katalizuoti reakciją žemo pH sąlygomis. Vis dėlto, šiomis sąlygomis bendras katalizinis aktyvumas vis tiek buvo žemesnis nei nemodifikuotų dalelių. Tiriant nanobiokonjugatus paaiškėjo, kad modifikuotos aukso nanodalelės keičia optimalų imobilizuoto fermento pH ir beveik visais atvejais nanobiokonjugatai yra aktyvesni negu laisvas fermentas. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūros šaltiniai. Darbo apimtis – 61 p., 26 paveikslai, 6 lentelės ir 77 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: aukso nanodalelės, gliukozės oksidazė, polielektrolitai, nanobiokonjugatų tyrimai, chronoamperometrija Anotacija (užsienio k.) Immobilization of the enzyme on different types of supports creates a system, which can both enhance the ultimate function of the immobilized enzyme and lead to a complete loss of activity. Therefore, it requires detailed analysis. The final master's thesis deals with the kinetics of glucose oxidation reaction of gold nanoparticles, free glucose oxidase and gold nanoparticles and glucose oxidase nanobioconjugates with different surface chemistry. UV-vis spectrophotometer data revealed successful modification of Citr-AuND by PAH and PAA polyelectrolyte layers and allowed to analyze colloidal stability of different gold nanoparticles under different environmental conditions (pH, ionic strength). Subsequently, the nanozyme activity of different gold nanoparticles depending on the substrate concentration and pH was investigated using chronoamperometry, and the tendency of polyelectrolyte-modified gold nanoparticles to catalyze the reaction more actively at low pH conditions was revealed. However, under these conditions, the total catalytic activity was still lower than that of the unmodified particles. Studies of nanobioconjugates have shown that the modified gold nanoparticles alter the optimal pH of the immobilized enzyme and nanobioconjugates are in all cases more active than the free enzyme. The final paper consists of six parts: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions and literature sources. Thesis consists of: 61 pages, 26 figures, 6 tables and 77 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: gold nanoparticles, glucose oxidase, polyelectrolytes, nanobioconjugate studies, chronoamperometry
Studento vardas, pavardė Živilė Buivydaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Aukso nanostruktūrose imobilizuoto biokatalizatoriaus tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Magistro baigiamajame darbe yra pateikiami gliukozės oksidacijos reakcijos, kurią katalizuoja aukso nanodalelės (AuND), gliukozės oksidazė (GOx) arba AuND ir GOx konjugatai, kinetikos tyrimų rezultatai. Atlikus chronoamperometrinę analizę panaudojant analitinę potenciostato sistemą su Klarko deguoniniu elektrodu, buvo ištirta gliukozės oksidacijos reakcijos kinetikos priklausomybė nuo AuND dydžio. Tyrimo metu esant skirtingoms substrato – gliukozės – koncentracijoms bei AuND diametrui, buvo fiksuojamas deguonies koncentracijos pokytis, iš kurio buvo apskaičiuojamas pradinis reakcijos greitis. Nagrinėjant skirtumus nustatyta, jog didėjant AuND diametrui nuo 13 nm iki 50 nm pradinis reakcijos greitis didėja. Taip pat, GOx imobilizacija ant AuND paviršiaus fermento kinetikai reikšmingos įtakos neturi, o didėjant imobilizuotos GOx koncentracijai ant AuND paviršiaus, AuND katalizuojamos gliukozės oksidacijos reakcijos pradinis greitis mažėja. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, mokslinės literatūros apžvalga, metodai ir priemonės, rezultatai ir jų aptarimas, išvados ir literatūra. Darbo apimtis – 49 p., 17 paveikslų, 4 lentelės ir 56 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: aukso nanodalelės, chronoamperometrija, gliukozės oksidacija, Klarko elektrodas Anotacija (užsienio k.) The data of reaction kinetic studies of glucose oxidation, catalyzed by gold nanoparticles (AuNPs), glucose oxidase (GOx) or AuNPs and GOx conjugates, is submitted in the final thesis for the master‘s degree. The influence of AuNPs size on the kinetics of glucose oxidation reaction was investigated by chronoamperometric analysis using an analytical potentiostat system with a Clark‘s oxygen electrode. The experiment was carried out using different substrate – glucose – concentrations and AuNPs varying in diameter. During the analysis, the change of oxygen concentration was recorded, from which the initial reaction rate was calculated. Examining the differences, it was found that the initial reaction rate increases when AuNPs diameter increases from 13 nm to 50 nm. Also, immobilization of GOx on AuNPs surface has no significant effect on the kinetics of the enzyme, but increasing immobilized GOx concentration on the surface of AuNPs lowers the initial rate of the AuNPs catalyzed glucose oxidation reaction. The work consists of six parts: introduction, review of scientific literature, methods and tools, results and their discussion, conclusions and literature. Thesis consists of: 49 pages, 17 figures, 4 tables and 56 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: gold nanoparticles, chronoamperometry, glucose oxidation, Clark electrode
Studento vardas, pavardė Irvydas Voveraitis	Baigiamojo darbo pavadinimas Pilvo aortos aneurizmos biožymenų paieška šlapime naudojant baltymų mikrogardeles ir multipleksinį kinazių inhibitorių sorbentą	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jonas Cicėnas
Anotacija (lietuvių k.) Pilvo aortos aneurizma (AAA) yra segmentinis, viso storio pilvo aortos išsiplėtimas daugiau kaip 50 % normalios aortos skersmens. Aneurizma iki plyšimo išlieka besimptomė, plyšimas dažniausiai yra mirtinas; mirtingumas sieka 85 – 90 %, todėl svarbu nustatyti ligą ir stebėti jos eigą kaip įmanoma anksčiau. AAA biožymenų identifikavimas padėtų diagnozuoti ligą ankstyvosios vystimosi stadijos. Šiame darbe buvo atlikti penkių sergančių AAA ir penkių sveikų žmonių šlapimo mėginių tyrimai panaudojant baltymų mikrogardeles ir multipleksinį kinazių inhibitorių sorbentą, identifikuoti baltymai, kurių raiška sergančių žmonių šlapimo mėginiuose skyrėsi nuo sveikų žmonių šlapimo mėginių, atlikus duomenų analizę nustatyti baltymai, kurie galėtų būti potencialūs biožymenys pilvo aortos aneurizmai diagnozuoti. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, eksperimento metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 42 p. teksto be priedų, 16 iliustr., 3 lent., 62 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Pilvo aortos aneurzima, baltymų mikrogardelės, multipleksinis kinazių inhibitorių sorbentas, biožymenys, kinoma, ląstelių signalinimas. Anotacija (užsienio k.) Abdominal aortic aneurysm (AAA) is a segmental, full-thickness dilatation of the abdominal aorta exceeding the normal aorta diameter by 50%. Until rupture aneurysm remains asymptomatic. However, rupture of the aneurysm is usually fatal with mortality rate of 85-90%. It is important to diagnose and observe progression of the disease as soon as possible. Identification of AAA biomarkers would help to diagnose the disease during early stages of its development. In this study urine samples of 5 AAA patients and 5 healthy individuals were analyzed using protein microarrays and multiplexed kinase inhibitor beads. Proteins with different levels of expression in AAA patients’ urine samples compared to samples of healthy individuals were identified. Potential AAA biomarkers were identified by analyzing the obtained data. Structure: introduction, literature review, experimental methods, results and discussion, conclusions, references. Thesis consists of: 42 p. of text without appendixes, 16 pictures, 3 tables, 62 references. Raktiniai žodžiai: Abdominal aortic aneurysm, protein microarrays, multiplexed kinase inhibitor beads, biomarkers, kinome, cellular signaling.
Studento vardas, pavardė Žiedūna Vasiliūnė	Baigiamojo darbo pavadinimas Bakterijų, randamų ant augalinės kilmės termoizoliacinių medžiagų, celiuliazinių fermentų aktyvumo tyrimai	Baigiamojo darbo vadovas Dovilė Vasiliauskienė
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe tiriamas bakterijų, randamų ant augalinės kilmės termoizoliacinių medžiagų, celiuliazinių fermentų aktyvumas. Atlikta bakterijų, augančių ant gamtinės kilmės termoizoliacinų medžiagų, atranka. P. putida bei Paenibacillus spp. inkubuojamos 2, 5, 7, 13, 20, 27, 35 paras ant karboksimetilceliuliozinės terpės. Užpylus kongo raudonojo tirpalu stebimos gelsvos spalvos celiuliozės hidrolizės zonos su P. putida, kurios parodo celiuliazinį aktyvumą. Atliktas P. putida endo-?-1,4-gliukanazės aktyvumo tyrimas, jo metu nustatyta, jog mėginio F30-2 fermentinis aktyvumas buvo didžiausias ir siekė 4,16 U/ml. Taip pat atliktas bendro celiuliazinio aktyvumo tyrimas, jo metu nustatyta, jog mėginio G6-1 bendras fermentinis aktyvumas buvo didžiausias ir siekė 6,47 U/ml. Patikrintas P. putida ir Paenibacillus spp. amilazinis aktyvumas su DNS reagentu bei krakmolo terpėje, dažant Gram jodo tirpalu. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir tyrimo metodai, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 49 p. teksto, 17 iliustr., 9 lent., 40 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: Celiuliozė, celiuliazės, celiuliazinis aktyvumas, Pseudomonas putida, Paenibacillus spp. bakterijos. Anotacija (užsienio k.) In this study the activity of bacterial cellulases isolated from thermal insulation materials was tested. After 2, 5, 7, 13, 20, 27, 35 days of P. putida and Paenibacillus spp. incubation on carboxymethylcellulose medium, yellow hydrolysis zones were visible with P. putida after loading Petri dish with kongo red solution, that indicates cellulase activity. A study of P. putida endo-?-1,4-glucanase activity was performed. It showed that the F30-2 sample had the highest enzymatic activity and it reached 4,16 U/ml. Also a study of total cellulase activity was performed and it showed that G6-1 sample had the highest enzymatic activity and it reached 6,47 U/ml. Furthermore amylase activity of P. putida ir Paenibacillus spp. was tested with DNS reagent and also with starch medium and Gram iodine solution. Structure: introduction, literature overview, materials and methods, results, conclusions, references. Thesis consists of – 49 p. text, 17 pictures., 9 tables, 40 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Cellulose, cellulases, cellulase activity, Pseudomonas putida, Paenibacillus spp. bacteria.
Studento vardas, pavardė Agnė Baranauskaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Naminius gyvulius infekuojančių Sarcocystis genties parazitų skyrimo iš vandens telkinių metodikos optimizavimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Sarcocystis gentis – tai vienaląsčių gyvūnų parazitų grupė, kuriai būdingas dviejų šeimininkų gyvybinis ciklas. Iki šiol Sarcocystis infekcija dažniausiai buvo tiriama morfologiniais arba molekuliniais metodais, naudojant gyvulių skerdeną, dėl to nėra žinoma, kokių Sarcocystis parazitų rūšių gali būti vandens telkiniuose ir kokios įtakos jie gali turėti žmonių bei naminių gyvulių sveikatai. Šio darbo tikslas buvo optimizuoti parazitų skyrimo iš vandens metodiką ir molekuliniais metodais įvertinti naminius gyvulius infekuojančių Sarcocystis parazitų įvairovę vandens telkiniuose. Darbo metu buvo parinktos tinkamos sąlygos vandens mėginių surinkimui ir sporocistų išskyrimui iš vandens mėginių, optimizuotas gDNR išskyrimo metodas. Tyrimų metu išbandžius įvairaus tipo PGR, buvo padaryta išvada, kad tinkamiausias metodas yra lizdinė PGR, tiek pirmo, tiek antro etapo metu, naudojant rūšiai specifinius pradmenis. Darbo metu buvo parinktos pradmenų poros, specifiškos ir tinkamos 6 rūšių identifikavimui: S. cruzi, S. bovifelis, S. hirsuta, S. tenella, S. capracanis ir S. miescheriana. Taikant optimizuotą molekulinės diagnostikos metodiką, buvo ištirta 114 vandens mėginių. Didžiausia Sarcocystis infekcija nustatyta kanaluose (86 %) bei tvenkiniuose (83 %), dažniausiai mėginiuose identifikuotos ožkas infekuojanti S. capracanis (46 %) ir galvijus infekuojanti S. bovifelis (45 %), rečiausiai galvijus infekuojančios S. cruzi (10 %) ir S. hirsuta (7 %) rūšys bei kiaules infekuojanti S. miescheriana (8 %). 2020 m. surinktuose vandens mėginiuose naminius gyvulius infekuojantys Sarcocystis parazitai identifikuoti 4 kartus dažniau nei 2019 m. Apibendrinus gautus rezultatus, galima teigti, jog naminius gyvulius infekuojančių Sarcocystis genties parazitų identifikavimo iš vandens metodika buvo optimizuota. Darbą sudaro septynios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, apibendrinimas, išvados ir literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 58 p. teksto be priedų, 22 iliustr., 5 lent., 61 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: parazitai, PGR, Sarcocystis, vanduo Anotacija (užsienio k.) The genus Sarcocystis is a group of unicellular animal parasites with a life cycle of two hosts. To date, Sarcocystis infection has been mostly studied by morphological or molecular methods using animal carcasses therefore it is not known what Sarcocystis species may be present in water bodies and what impact they may have on the health of humans and domestic animals. The objective of the present study was to optimize the molecular-based method for the identification of Sarcocystis species from farmed animals in water samples. During the work, suitable conditions for the collection of water samples and isolation of sporocysts from water samples were selected, and the gDNA isolation method was optimized. After studies of different types of PCR, it was concluded that nested PCR was the most appropriate method, both for the first and the second reaction, using species-specific primers. Primer pairs that were specific and suitable for identification of S. cruzi, S. bovifelis, S. hirsuta, S. tenella, S. capracanis and S. miescheriana were selected. 114 water samples were analyzed using the optimal molecular diagnostic methodology. The highest Sarcocystis infection rate was detected in canals (86%) and reservoirs (83%). Two species were most commonly identified in water samples – S. capracanis infecting goats (46%) and S. bovifelis infecting cattle (45%). The least frequently identified species were S. cruzi (10%), S. hirsuta (7%) and S. miescheriana (8%). In 2020, domestic animals infecting Sarcocystis parasites were identified 4 times more than in water samples collected in 2019. Based on the obtained results, it can be concluded that the methodology of identification of domestic animals infecting Sarcocystis parasites from the water has been optimized. Structure: introduction, literature, materials and methods, results and discussion, summary, conclusions, references. Thesis consists of – 58 p. text without appendixes, 22 pictures, 5 tables, 61 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: parasites, PCR, Sarcocystis, water
Studento vardas, pavardė Brigita Padegimaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Alytaus padangų perdirbimo įmonėje „Ekologistika“, kilusio gaisro padariniai: atvejo analizė	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Baigiamajame magistro darbe buvo siekiama įvertinti padangų perdirbimo įmonėje UAB „Ekologistika“ įvykusio gaisro galimus padarinius ir jų galimą poveikį žmonių sveikatai. 2019 m. spalio 16 d. padangų perdirbimo įmonės UAB „Ekologistika“ sandėliuose, kurių plotas siekė 2000 m2 kilo gaisras, atvira liepsna degė padangos. Degimo proceso metu į aplinką pateko didelis kiekis pačių įvairiausių cheminių medžiagų. Įvertinus tai, kad vėjas paskleidė gaisro metu susidariusias chemines medžiagas, taip pat ir galimai toksiškas bei pavojingas aplinkai ir žmogaus sveikatai, buvo pradėtas gaisravietės bei gyvenviečių dirvožemio monitoringo tyrimas. Tyrimo metu buvo tiriama policiklinių aromatinių angliavandenilių (PAA) ir sunkiųjų metalų (As, Cd, Co, Cr, Ni, Pb, Zn) koncentracijų dirvožemyje kitimo priklausomybė nuo mėginio paėmimo tyrimams atstumo matuojant jį nuo gaisro židinio bei PAA ir sunkiųjų metalų koncentracijų pokyčio stebėjimo fiksuotose mėginių paėmimo vietose kintant laikui. Dirvožemio ėminiai tyrimams buvo atrinkti iš 9 skirtingų vietovių. Gaisro metu vyravo vėjo kryptis link Alytaus rajone esančios Miklusėnų gyvenvietės, todėl šia kryptimi buvo pasirinktos 5 dirvožemio mėginių paėmimo vietos, trys mėginių atrinkimo vietos pasirinktos priešinga vėjo krypčiai. Iš pasirinktų vietovių dirvožemio ėminiai tyrimams buvo atrinkti praėjus 1 sav., 3 sav. ir 6 mėn. po gaisro likvidavimo. PAA koncentracijos pirmuoju ir antruoju mėginių atrinkimo etapais buvo santykinai panašios. Trečiuoju ėminių tyrimams atrinkimo etapu atrinktuose ėminiuose buvo pastebėtas reikšmingas PAA koncentracijų padidėjimas, ypatingai tose vietovėse, link kurių gaisro metu pūtė vėjas. Sunkiųjų metalų koncentracijos buvo nustatytos didesnės taip pat vietovėse, kurių kryptimi gaisro metu pūtė vėjas, t. y. Taukotiškių, Raudonikių, Mardosų kaimai. Iš gautų tyrimų rezultatų pastebima tendencija, kad praėjus vis ilgesniam laikui po gaisro likvidavimo tiek PAA, tiek SM koncentracijos dirvožemyje didėja. Darbo apimtis: 58 puslapių teksto, 24 paveikslų, 11 lentelės ir 63 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Padangų gaisras, UAB „Ekologistika“, policikliniai aromatiniai angliavandeniliai, sunkieji metalai Anotacija (užsienio k.) At this master thesis was analyzed the possible consequences of the fire in the tire recycling company LLC “Ekologistika“ and it’s possible impact on human’s health. On the 16th of October, 2019, open fire burned the hundreds of tires in the company's UAB “Ekologistika” warehouses. During the open fire process, a huge amount of a wide variety of chemicals was forced into the environment. After assessing the fact that the wind released chemicals formed during the fire, including potentially toxic and dangerous to the environment and human’s health, a study of the fireplace and Alytus district soil monitoring was launched. The study investigated the dependence of the change of PAHs and heavy metals (As, Cd, Co, Cr, Ni, Pb, Zn) concentrations in soil of the sampling distance from the fireplace and the change of PAHs and heavy metals concentrations at the fixed sampling places over all-time. Soil samples were selected for analysis from 9 different locations on different distances from the fireplace location. During the fire, the wind direction was towards Miklusenai village in Alytus district, and that is why 5 sampling locations were selected in this direction, therefore three sampling locations were selected in the opposite wind direction. Soil samples from these locations were selected for analysis at different timing – 1 weeks, 3 weeks and 6 months after the fire. Concentrations of PAHs in the first and second sampling stages were relatively similar. At the third sampling stage, a significant increase of PAH concentrations was detected in the samples selected in the location where the wind direction was during the fire. Concentrations of heavy metals were also increased in locations where the wind direction was during the fire – Taukotiskes, Raudonikiai, Mardosai villages. The results of the research show a tendency that the concentrations of both PAHs and heavy metals in the soil samples increased over a long term after the fire. Composition of master’s thesis: 58 pages, including 24 images, 11 tables and 63 bibliographic sources. Raktiniai žodžiai: Tire fire, LLC “Ekologistika“, polycycic aromatic hidrocarbons, heavy metals
Studento vardas, pavardė Edvinas Karalius	Baigiamojo darbo pavadinimas Kiaušidžių vėžio biožymenų analizė, naudojant multipleksinį kinazių inhibitorinį sorbentą	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jonas Cicėnas
Anotacija (lietuvių k.) Kiaušidžių vėžys yra daug moterų mirčių sukelianti genetinė liga, atsirandanti dėl mutavusios DNR ir nenormalių epigenetinių procesų. Šios vėžio formos ankstyvosios stadijos pastebėjimas yra itin svarbus, nes vėlyvesnių stadijų liga tampa nepagydoma. Iki šiol naudojami CA-125 ir HE4 biožymenys ankstyvos stadijos nustatymui ne visada pasiteisina, todėl atsiranda reikiamybė atrasti kitų arba papildomų biožymenų kiaušidžių vėžio nustatymui neinvaziniu būdu. Šiame darbe buvo atlikti sergančių kiaušidžių vėžiu ir sveikų moterų šlapimo kinomos tyrimai naudojant multipleksinį kinazių inhibitorių sorbentą, išanalizuoti rasti baltymai. Nenustatyti potencialūs biožymenys ligos nustatymui. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, eksperimento metodika, rezultatai ir aptarimas, išvados ir literatūros sąrašas Darbo apimtis – 40 p. teksto be priedų, 11 paveikslų, 1 lentelė, 82 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: kiaušidžių vėžys, kinazė, biožymuo, multipleksinis kinazių inhibitorinis sorbentas, šlapimas. Anotacija (užsienio k.) Ovarian cancer is a genetic disease that causes many deaths among women, because of mutations in DNA and abnormal epigenetic process. Identification of an early stage of this cancer is crucial, as later stages are untreatable. Biomarkers, such as CA-125 and HE4, are not fullproof in identifying ovarian cancer and of this reason a need rises for new or supplementary biomarkers to improve the identification of ovarian cancer in a noninvasive way. In this study analysis was conducted of 4 ovarian cancer positive and 4 healthy women urine kinome using multiplexed kinase inhibitor beads, found proteins were analysed. Potential biomarkers for ovarian cancer were unidentified. Structure consists of six parts: introduction, literature overview, experiment methodology, results and discussion, conclusions and references. Thesis consists of: 40 p. of text, 11 figures, 1 table, 82 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: ovarian cancer, kinase, biomarker, multiplexed inhibitory beads, urine.
Studento vardas, pavardė Audrius Trybė	Baigiamojo darbo pavadinimas Modifikuotųjų purinų degradacijos fermentų paieška ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Jaunius Urbonavičius
Anotacija (lietuvių k.) Heterociklinių purino bazių biosintezė yra viena svarbiausių ląstelės metabolizmo funkcijų, atliekama įvairiuose organizmuose. Šie junginiai aptinkami DNR, RNR ir kitose struktūrose, kurios savo sudėtyje turi nukleobazių. Modifikuotųjų purinų sintezės keliai ir įjungimas į makromolekules yra gerai išnagrinėti, tačiau kokiu būdu šie junginiai yra degraduojami ir grąžinami į metabolizmą, yra mažai žinoma. Šiame darbe buvo atliekama fermentų, kurie gebėtų modifikuotus purinus paversti į nemodifikuotus, paieška bei atranka. Fermentų paieškai naudotas Escherichia coli guanino auksotrofinis kamienas bei metagenominės bibliotekos, kuriose buvo tikimasi rasti genų, susijusių su modifikuotųjų guaninų katabolizmu. Buvo parodyta, kad šis kamienas neauga terpėse, kuriose kaip guanino šaltinis buvo modifikuotosios guanino heterociklinės bazės (1-metilguaninas, 7-metilguaninas). Be to, darbo metu buvo išreikšti E. coli šeimininke bei išgryninti NdmA ir NdmB baltymai, vykdantys kofeino ar teobromino N-demetilinimą. Siekiant nustatyti jų vaidmenį vykdant modifikuotųjų guaninų katabolizmą nustatyta, kad fermentiniam aktyvumui reikia papildomo fermento ir/ar mediatorių, kurie reakcijoje dalyvauja kaip elektronų donoras. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros šaltiniai. Darbo apimtis – 68 p. teksto be priedų, 20 iliustr., 10 lent., 3 graf., 68 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: Guanino auksotrofinis kamienas, Escherichia coli, metagenominės bibliotekos, modifikuotieji purinai, kafeino ir teobromino N-demetilinimas. Anotacija (užsienio k.) Biosynthesis of the heterocyclic purine bases is one of the most important functions of cellular metabolism occurring in a variety of organisms. These compounds are found in DNA, RNA, and other structures that contain nucleobases. The pathways for the synthesis of modified purines and their incorporation into the macromolecules are well studied, but how these compounds are degraded and returned to metabolism is not known. In this work, the search and screening of enzymes that are capable of converting modified purines into unmodified purines was performed. The guanine auxotroph strain of Escherichia coli and the metagenomic libraries, which were expected to have genes related to the catabolism of modified guanines, were used to search for such enzymes. The experiment results demonstrated that the guanine auxotroph strain of E. coli did not grow in a medium containing the modified guanines (1-methylguanine, 7-methylguanine) as a source of guanine. In addition, NdmA and NdmB proteins performing N-demethylation of caffeine or theobromine were expressed in E. coli host and purified to hemogeneity during the work. During the attempt to establish their role in the catabolism of modified guanines, it was demonstrate that for the enzymatic activity, an additional enzyme and/or mediator acting as an electron donor, is required. Structure: introduction, literature review, materials and methods, results and their discussion, conclusions, references. Thesis consists of 68 p. text without appendixies, 20 pictures, 10 tables, 3 graphs and 68 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: Guanine auxotroph strain, Escherichia coli, metagenomic libraries, modified purines, N-demethylation of caffeine and theobromine
Studento vardas, pavardė Viktorija Teišerskytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Formaldehido dehidrogenazės iš Pseudomonas Putida aktyvumo nustatymas ir imobilizavimas aukso nanostruktūrose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Formaldehidas (FA) laikomas vienu iš svarbiausių komercinių chemikalų ir naudojamas daugelyje pramonės sričių. Kadangi šis junginys sukelia mutageninį, alerginį ir kancerogeninį poveikį, ieš-koma įvairių būdų, kurie galėtų efektyviai nustatyti formaldehido koncentraciją maiste, ore ar vandenyje. Norint nustatyti tikslią FA koncentraciją, pradėti kurti elektrocheminiai biojutikliai, kurių veikimas būtų pagrįstas fermentais, o pats aptikimo metodas greitas, paprastas ir nebrangus. Šio magistro baigiamojo darbo metu buvo sukurtas trečios kartos formaldehido biojutiklis, pagrįstas tiesioginės elektronų pernašos veikimu. Biojutiklio kūrimui panaudotas rekombinantinis baltymas formaldehido dehidrogenazė (FDH) iš Pseudomonas putida (EC 1.2.1.46), kurio veikimui reikalingas kofermentas NAD. Siekiant įvertinti sukurto biojutiklio elektrocheminį aktyvumą, fer-mentas buvo imobilizuotas ant aukso nanodalelėmis nanostruktūrizuotų įvariaus dizaino elektrodų ir išrinkta tinkamiausia fermentinio elektrodo konfigūracija. Nustatyta, kad biokatalizė efektyviausiai vyksta tada, kai fermentas yra imobilizuotas ant aukso nanodalelėmis padengto elektrodo be jokių pridėtinių medžiagų. Naudojant 7.5 pH buferinį tirpalą bei esant kambario temperatūrai nustatyta, kad potencialų intervale nuo -0,3 iki 0,3 V vs SCE, tirpale esant 10 mM formaldehido, pastebima didėjanti anodinė srovė visame potencialų skleidimo intervale ir ties 0.3 V vs SCE potencialo pasiekiama maksimali 1.87 ?A reikšmė. Sukurtas biojutiklis pasižymėjo 0.0034 ?A/mM jautrumu, 0.05 mM detekcijos limitu ir geru stabilumu (50 % per 14 dienų). Taip pat įvertinti ir kinetiniai biojutiklio aktyvumo parametrai: KM, kcat ir Vmax. Naudojant sukurtą biojutiklį buvo atlikti interferencijos tyrimai ir matuojami tikri upės vandens mėginiai. Nustatyta, kad formaldehido biojutiklis gali būti naudojamas mažoms formaldehido koncentracijoms nustatyti tikruose mėginiuose. Raktiniai žodžiai: formaldehidas, formaldehido dehidrogenazė, biojutiklis, tiesioginė elektronų pernaša, aukso nanodalelės Anotacija (užsienio k.) Formaldehyde (FA) is considered to be one of the most important commercial chemicals due to its broad application in chemical synthesis. Although this compound can cause mutagenic, allergic and carcinogenic effects, various methods are being sought that could effectively determine the concentration of formaldehyde in food, air or water. To determine an accurate concentration of FA, the development of enzyme-based electrochemical biosensors has begun and the detection method is fast, simple and inexpensive. In this master thesis a third-generation formaldehyde biosensor was created based of a direct electron transfer (DET). Coenzyme of NAD-dependent recombinant formaldehyde dehydrogenase(EC 1.2.1.46) (FDH) from Pseudomonas Putida was used to develop the biosensor. In order to evaluate the electrochemical activity of the developed biosensor, the enzyme was immobilized on the gold nanoparticles-modified electrodes of various designs and the most appropriate configura-tion of enzyme electrode was selected. It was found that biocatalysis is the most efficiently when the enzyme is immobilized on a gold nanoparticles-modified electrodes without any additives. It was found that 10 mM of formaldehyde in the solution, an increasing anodic current is observed in the whole potential spreading range and at 0.3 V vs SCE potential generates a maximum current of 1.87 ?A. Created formaldehyde biosensor exhibited 0.0034 ?A/mM sensitivity, 0.05 mM detection limit and demonstrated good storage stability (50% activity after two weeks). Kinetic parameters of biosensor activity were also evaluated: KM, kcat and Vmax. Created biosensor was used for interference studies and the measurements of real samples – river water. It has been found that a formaldehyde biosensor can be used to detect a low concentrations of formaldehyde in real samples. Raktiniai žodžiai: foraldehyde, foraldehyde dehydrogenase, biosensor, direct electron transfer, gold nanoparticles
Studento vardas, pavardė Alina Franckevič	Baigiamojo darbo pavadinimas Produkto, skirto chromosomų nuokrypių tyrimams mikrogardelėmis, tobulinimas	Baigiamojo darbo vadovas doc. dr. Elena Servienė
Anotacija (lietuvių k.) Vienas labiausiai paplitusių genetinių variacijų tipų žmogaus genome yra vieno nukleotido polimorfizmai, kurie gali būti identifikuojami 25 bp žymenų DNR mikrogardelių pagalba. Dėl aukšto jautrumo ir rezultatų tikslumo mikrogardelės taikomos biologiniuose ir klinikiniuose tyrimuose. Tokie genų lustai leidžia nustatyti delecijas ir duplikacijas chromosomose bei gali būti naudingas įrankis ateityje, suteikiantis daugiau informacijos genetikams ar gydytojams, tiriantiems asmenis su įgimtomis anomalijomis bei raidos sutrikimais. Tiriamojo darbo metu atliktas produkto, skirto chromosomų nuokrypių detekcijai, kokybės gerinimas ir proceso eigos optimizavimas. Analizuota, ar kelių tipų restriktazių bei didesnio aktyvumo ligazės panaudojimas leidžia patobulinti chromosomų nuokrypių detekcijos produkto kokybę. Tirtos PGR produkto, naudojomo chromosomų nuokrypių detekcijoje, savybės, panaudojant realaus laiko PGR metodą bei įvertinant po reakcijos susidariusį viengrandės ir dvigrandės DNR santykį. Įvertintas chromosomų nuokrypių detekcijos produkto efektyvumas fragmentavimo stadijoje, lyginant iš jaučio kasos liaukų išskirtos DNazės I ir rekombinantinės DNazės I veikimą. Naudoti tik moksliniams tyrimams. Negalima naudoti atliekant diagnostikos procedūras. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis: 72 p. teksto be priedų, 32 paveikslai, 22 lentelės, 49 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: chromosomų nuokrypiai, mikrogardelės, vieno nukleotido polimorfizmas. Anotacija (užsienio k.) One of the most common type of genetic variation in the human genome is single nucleotide polymorphisms. It can be detected by array designs with 25 base pair long DNA probes. Due to their high sensitivity and accuracy of results, microarrays are applied in biological and clinical research. Gene chips provide broad coverage and high performance for detecting chromosomal aberrations such as deletion, amplifications, it could be a valuable tool in the future and provide additional information for geneticists and/or clinicians studying individuals with congenital anomalies and developmental delay. The aim of this study was to improve and optimize the process and quality of the chromosome aberration kit. Various types of restriction enzymes and higher DNA ligase activity was used to analyze the influence on the quality of chromosomal aberrations detection product. By using real-time PCR method and determining single-stranded and double-stranded DNA ratio, the properties of PCR product were established. The quality of the product in the fragmentation reaction was addressed by using recombinant DNase I instead of isolated from bovine pancreatic glands DNase I. For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. Structure of this manuscript: introduction, literature review, materials and methods, results and review of results, conclusions, references. Thesis consists of: 72 pgs. of the text without appendixes, 32 figures, 22 tables, 49 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: chromosome aberrations, microarrays, single nucleotide polymorphism.
Studento vardas, pavardė Raminta Balčytytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Mikroorganizmų nustatymas ant termoizoliacinių medžiagų, gautų perdirbant antrines žaliavas	Baigiamojo darbo vadovas Dovilė Vasiliauskienė
Anotacija (lietuvių k.) Vidaus patalpų oro kokybė labai svarbi žmonių sveikatai, tačiau dėl drėgmės pertekliaus patalpose, ant sienų, pertvarų bei termoizoliacinių medžiagų gali augti mikroorganizmai. Ypatingai pavojingi grybeliai, kurie gamina mikotoksinus. Šie toksinai sukelia alergines reakcijas ir kvėpavimo takų infekcijas. Kai kurie mikroorganizmai geba sintetinti celiuliazės fermentus, skaidančius celiuliozę, kurios gausu iš perdirbto popieriaus pagamintose termoizoliacinėse medžiagose. Baigiamojo magistro darbo metu nuo gamtinės kilmės termoizoliazinės medžiagos padarytos nuoplovos. Išskirta bendroji genominė DNR, kuri naudota atliekant naujos kartos sekoskaitą. Mikroorganizmų DNR amplifikuota polimerazinės grandininės reakcijos metodu naudojant atitinkamai 16s rRNR universalius bakterinius arba ITS srities grybeliams specifinius pradmenis. Mėginiai paruošti ilgalaikiam saugojimui bei išsiųsti sekoskaitai. Išanalizavus gautus rezultatus identifikuota 14 pavienių mikroorganizmų, iš kurių 6 skirtingi – bakterijos, mielės ir 4 pelėsinių grybelių rūšys. Nustatyti identifikuotų mikroorganizmų fermentiniai – amilazinis ir celiuliazinis aktyvumai. Penicillium rubens CBS 129667 (G11) grybelis pasižymėjo didžiausiu endo-?-1,4-gliukanaziniu (97,58±0,82 U/ml) ir bendruoju celiuliaziniu (47,74±0,49 U/ml) aktyvumu, o mieliagrybis Rhodotorula mucilaginosa CBS 316 (G3) – didžiausiu (32,46±0,42 U/ml) amilaziniu aktyvumu. Ištirta, kad labiausiai antimikrobinėmis savybėmis pasižymėjo Pantoea agglomerans JCM1236 (G7) bakterijos, prieš B. subtilis sudarydamos 33,00±0,58 mm inhibicijos zoną. Iš raudonųjų mielių išskirti bendrieji karotenoidai, o didžiausia torularodino (2,57±0,37 mg/l) ir toruleno (2,20±0,21 mg/l) ekstrakcijos išeiga nustatyta Rhodotorula mucilaginosa CBS 316 (G3) mielėse po šaldymo-šildymo ciklo. Išskirti karotenoidai nepasižymėjo antibakterinėmis savybėmis. Darbą sudaro 6 dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai ir jų aptarimas, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 72 p. teksto be priedų, 25 paveikslai, 7 lentelės, 123 bibliografiniai šaltiniai. Raktiniai žodžiai: bakterijos, grybeliai, 16S rRNR, ITS, naujos kartos sekoskaita, termoizoliacinė medžiaga, fermentinis aktyvumas, karotenoidai Anotacija (užsienio k.) Indoor air quality is essential for human health, but due to the excess of moisture in the indoor environment, on walls, partitions, and thermal insulation materials, microorganisms can grow. The hazardous fungi can produce mycotoxins. These toxins cause allergic reactions and respiratory infections. Some microorganisms can synthesize cellulase enzymes that break down cellulose, which is abundant in thermal insulation materials made from recycled paper. During the final master's thesis, the wash-off from thermal insulation material of natural origin was made. Total genomic DNA was isolated and used for next-generation sequencing. The DNA of the microorganisms was amplified by the polymerase chain reaction using universal bacterial 16s rRNA or fungal-specific ITS primers. Samples were prepared for long-term storage and sent for sequencing. The obtained results were analyzed and 14 individual microorganisms were identified of which 6 were different – bacteria, yeast and 4 mold species. The enzymatic – amylase and cellulase activities of the identified microorganisms were determined. Penicillium rubens CBS 129667 (G11) mold had the highest endo-?-1,4-glucanase (97,58±0,82 U/ml) and total cellulase (47,74±0,49 U/ml) activity and yeast Rhodotorula mucilaginosa CBS 316 (G3) showed the highest (32,46±0,42 U/ml) amylase activity. Pantoea agglomerans JCM1236 (G7) bacteria showed the best antimicrobial properties against B. subtilis by making 33,00±0,58 mm inhibition zone. Total carotenoid content were isolated from red yeast and the highest extraction yield of torularhodin (2,57±0,37 mg/l) and torulene (2,20±0,21 mg/l) was determined in Rhodotorula mucilaginosa CBS 316 (G3) after cooling-heating cycle. Extracted carotenoids did not show antibacterial properties. Thesis structure: introduction, literature review, materials and methods, results and discussion, conclusions, references. The final thesis consists of: 72 pages text without appendixes, 25 pictures, 7 tables, 123 bibliographical entries Raktiniai žodžiai: bacteria, fungi, 16S rRNA, ITS, next-generation sequencing, thermal insulation, enzymatic activity, carotenoids
Studento vardas, pavardė Juozas Naudužas	Baigiamojo darbo pavadinimas Jutiklio ląstelių metabolitams kūrimas panaudojant Au ir Pt nanostruktūras	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Jutikliai yra esminiai visų matavimo ir kontrolės sistemų komponentai. Jie biologinį signalą paverčia registruojamu fizikiniu signalu. Tinkamų jutiklių kūrimas ir parinkimas yra vienas iš pagrindinių medicinos, aplinkos ir maisto kokybės stebėsenos, ligų diagnostikos poreikių, svarbus tiksliniam vaistų pristatymui organizme ir kitose pramonės srityse. Miniatiūriniais sensoriais galima nustatyti fermentus, antikūnus, nukleotidų sekas, juos galima naudoti įvairiems taikiniams aptikti, genetikos ir genomo analizei ir padėti reguliuoti ir kontroliuoti ląstelių auginimo procesus nustatant jų šalutinius produktus ir metabolitus. Biojutikliai, kurie pagaminti naudojant mikroelektrodus, gali padėti spręsti daug bioanalitinės ir klinikinės chemijos problemų. Nanostruktūriniai jutikliai dėl greitos ir atrankios reakcijos, jautrio, greito atsako laiko, lengvo jų valdymo ir mažų naudojimo išlaidų yra efektyvi įvairių medžiagų nustatymo priemonė. Jutiklių gamybos technologijoje integruojant ir kombinuojant nanomedžiagas galima pagerinami įvairius jutiklių parametrus: paviršiaus ir tūrio santykis, elektrokatalintinės savybės, terminis stabilumas, atsparumas ir t. t. Baigiamajame darbe naudojant Au ir Pt nanodaleles kuriamas elektrodas ląstelių metabolitams nustatyti. Buvo gaminamas elektrodas, kuris platinizuotas. Atlikta elektrodo ir H2O2 elektrocheminė analizė bei išbandyta ląstelių kultūroje. Raktiniai žodžiai: Vandenilio peroksidas, mikroelektrodas, jutikliai, metabolitai, biojutikliai. Anotacija (užsienio k.) Sensors are essential components of all measurement and control systems. Sensors are able to convert biological signal in to registered physical signal. Finding and adapting the right sensor is one of the basic needs in medicine, environmental monitoring, food quality, disease diagnostics, drug delivery in humans body, and other industries. Miniature sensors can be used to detect enzymes, antibodies, nucleotide sequences, detect various targets, in genetics and genome analysis, and help regulate and control cell growth processes by identifying their by-products and metabolites. Biosensors made by using microelectrodes can help solve many problems in bioanalytical and clinical chemistry. Nanostructured sensors are an efficient means of detecting a wide range of materials, due to their fast and selective response, sensitivity, easy maintenance and low cost. By integrating and combining nanomaterials in sensor manufacturing technology, various parameters can be improved: surface to volume ratio, electrocatalytic properties, thermal stability, resistance, and so on. During this researche Au and Pt nanoparticles was used to develop a sensor for the detection of cellular metabolites. The platinum coted elektrode was developed and testet with various concentrations of H2O2, both with chromoaperometry and cyclic voltammetry. Raktiniai žodžiai: Hydrogen peroxide, microelectrode, sensors, metabolites, biosensors.
Studento vardas, pavardė Gintarė Jansonaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Insulino amiloidinių fibrilių agregacijos slopinimo gosipetinu mechanizmas	Baigiamojo darbo vadovas Ričardas Mališauskas
Anotacija (lietuvių k.) Amiloidinės fibrilės pasižymi dideliu stabilumu, yra tiesios, nešakotos, apie 10 nm pločio, mikrometrų ilgio, beta klostėmis turtingos netirpios struktūros. Netinkamai susivyniojus tirpiems baltymams gali susidaryti ?-klostes turinčios molekulės, kurios agreguojasi ir sudaro amiloidus. Tiek natyvaus baltymo funkcijos netekimas, tiek agregatų citotoksiškumas sukelia daugiau nei 40 neurodegeneratyvinių ligų, tokių kaip Alzhaimerio ar Parkinsono ligos. Dėl to labai svarbu ištirti šių struktūrų susidarymo mechanizmą, nustatyti galimus jų susidarymo slopinimo būdus ir rasti tinkamus slopiklius. Flavonas gosipetinas pasižymi slopinimo savybėmis, todėl šiame darbe siekiama nustatyti, kaip jo buvimas tirpale veikia fibrilių susidarymo mechanizmą. Kaip modelinis baltymas naudojamas insulinas, o agregacijos kinetika stebima naudojant dažą tioflaviną T. Nors gosipetinas, esant tirtai koncentracijai (0,6 mM), nėra visiškai tirpus, tačiau gauti rezultatai rodo, kad esant tokiam flavono kiekiui vyksta inhibicija. Toks efektas siejamas su galutiniu flavono kiekiu tirpale. Manoma, kad gosipetinas slopina insulino fibrilinių branduolių susidarymą ir ilgėjimo fazę. Darbo apimtis – 72 p. teksto be priedų, 30 iliustracijų, 5 lentelės, 20 grafikų, 60 bibliografinių šaltinių. Raktiniai žodžiai: gosipetinas, amiloidas, fibrilė, flavonas, agregacija, slopinimas, insulinas, tioflavinas T. Anotacija (užsienio k.) Amyloid fibrils have high stability, are straight, unbranched, about 10 nm wide, micrometers long, insoluble structure that contains beta-sheets. Improper overlap of soluble proteins can result in the formation of ?-sheet rich molecules that aggregate and form amyloids. Both losses of native protein function and cytotoxicity of aggregates cause more than 40 neurodegenerative diseases, such as Alzheimer’s or Parkinson’s. It is therefore very important to determine the conditions under which the inhibition of the formation of these strong structures can take place. The flavone gossypetin has inhibitory properties, so the aim of this work is to determine how its presence in solution affects the mechanism of fibril formation. Insulin is used as a model protein and aggregation kinetics are monitored using a thioflavin T dye. Although gossypetin is not completely soluble at the tested concentration (0.6 mM), the results obtained indicate that this amount of flavone is causing inhibition. This effect is related to the final amount of flavone in the solution. Gossypetin is thought to inhibit the formation of fibrillar nuclei and the elongation phase. Structure: introduction, literature analysis, materials and methods, results and conclusions. The thesis consist of: 72 p. text without appendixes, 30 pictures, 5 tables, 20 graphics, and 60 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: gossypetin, amyloid, fibril, flavone, aggregation, insulin, Thioflavin T, inhibition.
Studento vardas, pavardė Agnė Čiukšytė	Baigiamojo darbo pavadinimas Mielių pritaikymas kuro elementuose ir biojutikliuose	Baigiamojo darbo vadovas dr. Dalius Ratautas
Anotacija (lietuvių k.) Pasaulio energijos suvartojimas ir poreikis kasmet vis didėja. Šiuo metu didžiausia energijos dalis yra išgaunama iš naftos produktų, tačiau gausus jų suvartojimas yra glaudžiai susijęs su opiomis taršos bei globalinio atšilimo problemomis. Būtent tai yra viena iš pagrindinių priežasčių, skatinančių žmoniją atsigręžti į alternatyvius ir atsinaujinančius energijos šaltinius. Šio tyrimo metu buvo siekiama sukonstruoti sėkmingai veikiantį biokuro elementą ir biojutiklį. Šiam tikslui buvo panaudotos Saccharomyces cerevisiae mielių ląstelės bei tarpinė elektronų perdavimo sistema, kurią sudaro dvi elektronus pernešančios medžiagos (mediatoriai). Kalio heksacianoferatas buvo naudojamas kaip hidrofilinis mediatorius, o chlorofilas a kaip lipofilinis. Sukonstruotų biokuro elementų veikimui ir efektyvumui tirti buvo naudojamos skenuojanti elektrocheminė mikroskopija bei ciklinė voltamperometrija. Eksperimentų metu buvo naudojamos dviejų rūšių mielių ląstelės – įprastos mielių ląstelės ir ląstelės, augintos terpėje su chlorofilu a. Šiame tyrime buvo vertinamas tiek abiejų tipų mielių kaip kuro elementų, tiek tarpinės elektronų perdavimo sistemos veiksmingumas. Buvo nustatytos optimalios gliukozės ir chlorofilo a koncentracijos, kurioms esant yra generuojamas didžiausias elektros srovės tankis. Atlikus elektrocheminius matavimus, buvo identifikuota, jog chlorofilu a nepaveiktos mielės buvo aktyvesnės. Taip pat buvo atlikti sukonstruotų biokuro elementų galios matavimai. Į sistemą pridėjus hidrofilinio ir lipofilinio mediatorių bei gliukozės, elementas su įprastomis mielėmis sugeneravo 2 mW/m2 galią esant 30 mV įtampai, o elementas su mielėmis, augintomis su chlorofilu a, esant toms pačioms sąlygoms, sugeneravo 0,77 mW/m2 galią esant 59,2 mV įtampai. Gautieji rezultatai tik patvirtino, kad mielės gali būti naudojamos kaip biokuro elemento katalizatoriai, o pasirinkta elektronų pernašos sistema yra veiksminga, tačiau reikalauja tolimesnių tyrimų ir sistemos tobulinimo. Raktiniai žodžiai: biokuro elementas; skenuojantis elektrocheminis mikroskopas; mielių ląstelės; Saccharomyces cerevisiae; chlorofilas a; tarpinė elektronų perdavimo sistema. Anotacija (užsienio k.) Every year, the world's energy demand rises. Although petroleum products currently meet the majority of this demand, the increasing challenge of long-term supply, as well as the associated problems of emissions and global warming, is driving research into alternative renewable energy technologies. The present study aims to design a functioning biofuel cell (BFCs) and biosensor based on Saccharomyces cerevisiae yeast cells. For a smooth charge transfer to the anode, a mediated electron transfer (MET) was applied and potassium ferricyanide was used as a hydrophilic mediator while chlorophyll a (Chl a) was used as the lipophilic one. Cyclic voltammetry and scanning electrochemical microscopy were used to investigate designed BFCs performance and its efficiency. Two types of yeast cell were used in this study – regular yeast and yeast, grown with chlorophyll a. Series of experiments were conducted with both to evaluate the capability of designed BFCs and chosen MET system. The optimal concentration of Chl a and glucose were identified for both types of yeast. After electrochemical measurements were performed, it was disclosed that regular yeast generated higher current density than yeast grown with Chl a while the same MET system was used for both. The maximal calculated power of regular yeast-based BFC anode, with MET and glucose added to the system, was 2 mW/m2 registered at 30 mV, and for yeast grown with Chl a-based BFC, with MET and glucose added to the system, 0.77¬ mW/m2 at 59.2 mV. Obtained results verified that yeast as a biocatalyst in biofuels has potential and chosen hydrophilic and lipophilic mediator system was suitable and effective. Although, further investigations have to be performed to improve the efficiency of the constructed system. Raktiniai žodžiai: biofuel cell; scanning electrochemical microscopy; yeast cells; Saccharomyces cerevisiae; chlorophyll a; mediated electron transfer
Studento vardas, pavardė Jolita Pachaleva	Baigiamojo darbo pavadinimas Skirtingo krūvio nizino dalelių sintezė ir tyrimas	Baigiamojo darbo vadovas dr. Rūta Gruškienė
Anotacija (lietuvių k.) Nizino panaudojimas maisto konservavimui yra apribotas dėl jo sąveikos su įvairiomis medžiagomis, esančiomis maisto sudėtyje ir silpninančiomis jo bakteriocidinį poveikį. Šiai problemai išspręsti gali būti naudojamas kapsuliavimas, dėl to šiame darbe kuriamos skirtingo krūvio trikomponentės nizino-pektino-chitooligosacharidų dalelės. Tiriama chitooligosacharidų koncentracijos, pektino tipo ir pH įtaka gautų dalelių zeta potencialui, stebimas jo stabilumas. Naudojant dinaminės šviesos sklaidos metodą įvertinamas dalelių dydis ir jo dinamika laike. Dalelės charakterizuotos Furjė transformacijos infraraudonųjų spindulių spektrometriniu metodu. Kapiliarinės elektroforezės metodu palygintas nizinu kapsuliuotų dalelių ir laisvo nizino atsparumas proteolitiniam skaidymui, mėginius veikiant proteaze iš Aspergillus saitoi. Naudojant DPPH metodą nustatyta temperatūros ir chitooligosacharidų koncentracijos įtaka nizinu įkapsuliuotų dalelių antioksidaciniam aktyvumui. Darbą sudaro šešios dalys: įvadas, literatūros apžvalga, medžiagos ir metodai, rezultatai, išvados, literatūros sąrašas. Darbo apimtis – 60 p. teksto be priedų, 19 iliustr., 5 lent., 64 bibliografiniai šaltiniai. Atskirai pridedami darbo priedai. Raktiniai žodžiai: bakteriocinai, chitooligosacharidai, dalelės, kapsuliavimas, krūvis, nizinas, pektinas. Anotacija (užsienio k.) Other food additives, components, and physical treatments during food processing affect the antibacterial activity of nisin. Various encapsulation methods expand nisin application in food and extend its activity in food products for a longer time. This study aimed to create nisin-loaded pectin particles, coated with different concentrations of chitooligosacharides. The influence of pectin type, concentration of chitooligosacharides, and pH on the zeta potential of nisin-loaded particles was evaluated. The dynamic light scattering method was used to determine the size and stability of three-component particles. Nisin-loaded particles were characterized using FT-IR spectroscopy methods. The effect of encapsulation on the proteolytic stability of nisin using a protease from the Aspergillus saitoi was evaluated. The impact of temperature, the concentration of chitooligosacharides on nisin loaded particles antioxidant activity was evaluated by using DPPH method. Structure: introduction, review of literature, materials and methods, results, conclusions, references. Thesis consists of 60 p. text without appendixes, 19 pictures, 5 tables, 64 bibliographical entries. Raktiniai žodžiai: bacteriocin, charge, chitooligosacharides, encapsulation, nisin, particles, pectin.
Studento vardas, pavardė Paulina Zenkovaitė	Baigiamojo darbo pavadinimas Daugkartinio imunojutiklio kūrimas interleukinui 10 nustatyti biologinėse terpėse	Baigiamojo darbo vadovas Eimantas Ramonas
Anotacija (lietuvių k.) Interleukinas 10 (IL-10) yra priešuždegiminis citokinas, kuris reguliuoja imuninį atsaką į patogenus bei palaiko normalią audinių homeostazę. Šiame baigiamajame darbe buvo siekiama sukurti imunojutiklį interleukinui 10 biologinėse terpėse nustatyti, kuris pasižymėtų grįžtamu orientuotų antikūnų imobilizavimu, jautria analize, daugkartiniu bei paprastu naudojimu. Tyrimo metu paruošta imunoanalizės platforma, kurios pagrindą sudaro skirtingomis baltymus prijungiančiomis savybėmis pasižymintis savitvarkis monosluoksnis (STM) iš alkantiolių, suformuotas ant auksu dengto lusto. Antikūnai ant lusto paviršiaus buvo kryptingai imobilizuoti per baltymo G (SpG) sąveiką. Grįžtamam antikūnų imobilizavimui naudotas chelatinis junginys – HS-(CH2)11EG3-tris-NTA (EG3-trisNTA). Medžiagų bei paviršiaus sąveikos vertintos vaizdinančiu elipsometriniu paviršiaus plazmonų rezonanso metodu. Eksperimentų metu baltymų nejungiančios zonos, kurių elipsometrinis storis gautas ?? 2 nm, formuotos mikrokontaktinio antspaudavimo būdu iš HS-(CH2)11EG3-OMe (EG3-OMe) alkantiolio tirpalo. Atlikti tyrimai su 98 % žmogaus serumu parodė, jog ant šio paviršiaus vyko nespecifinė baltymų adsorbcija, tačiau ją galima sumažinti į terpę pridėjus detergento „Tween 20“. Funkcines zonas formuojant iš 30 µM HS-(CH2)11EG3OH (EG3-OH) ir EG3-trisNTA mišinio, kuriame yra dalinė 10 % (mol) EG3-trisNTA koncentracija, His6-Tag turinčių baltymų imobilizavimas yra efektyviausias. Esant dalinei 10 % (mol) EG3-trisNTA koncentracijai, EG3-trisNTA paviršinis padengimas siekia ? 57,38 %. Sukurta imunoanalizės platforma pasižymėjo imunoanalizinių zonų atsikartojamumu bei specifiškumu tiksliniam baltymui nustatyti. Tačiau įvertinta, jog tik ? 15% imobilizuotų antikūnų dalyvauja sąveikoje su tiksliniu baltymu. Raktiniai žodžiai: Imunojutiklis, Savitvarkis monosluoksnis, Alkantiolis, Interleukinas 10, Baltymas G, Vaizdinantis elipsometrinis paviršiaus plazmonų rezonansas Anotacija (užsienio k.) Interleukin 10 (IL-10) is an anti-inflammatory cytokine that regulates the immune response to pathogens and maintains normal tissue homeostasis. The aim of this final work was to develop an immunosensor for the detection of interleukin 10 in biological media, which would be characterized by reversible immobilization of targeted antibodies, sensitive analysis, multiple and simple use. During the study, an immunoassay platform was prepared, which is based on a self-assembled monolayer (SAM) of alkanethiols with different protein-binding properties formed on a gold-coated chip. Antibodies on the chip surface were targeted immobilized through protein G (SpG) interaction. A chelating compound HS-(CH2)11EG3-tris-NTA (EG3-trisNTA) was used for reversible immobilization of antibodies. Material-surface interactions were evaluated by imaging ellipsometric surface plasmon resonance method. Non-protein-binding zones with an ellipsometric thickness of ? 2 nm were formed by microcontact printing from HS-(CH2)11EG3-OMe (EG3-OMe) alkanethiol solution. Studies with 98 % human serum have shown non-specific protein adsorption on this surface, but this can be reduced by adding detergent Tween 20 to the medium. Meanwhile, immobilization of His6-Tag-containing proteins is most efficient by forming functional zones from a mixture of 30 µM HS-(CH2)11EG3OH (EG3-OH) ir EG3-trisNTA with a partial concentration of 10 % (mol) EG3-trisNTA. At a partial concentration of 10 % (mol) EG3-trisNTA, the surface coverage of EG3-trisNTA is ? 57,38 %. The developed immunoassay platform was characterized by the repeatability and specificity of the immunoassay zones for the determination of the target protein. However, it is estimated that only ? 15 % of immobilized antibodies interact with the target protein. Raktiniai žodžiai: Immunosensor, Self-assembled monolayer, Alkanethiol, Interleukin 10, Protein G, Imaging ellipsometric surface plasmon resonance

Studentai kviečiami teikti paraiškas „Thermo Fisher Scientific“ stipendijoms

Studentai kviečiami teikti paraiškas „Thermo Fisher Scientific“ stipendijoms

UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“, tęsdama bendradarbiavimą su Lietuvos universitetais, kviečia Vilnius Tech (VGTU) Fundamentinių mokslų fakulteto 1 kurso magistro magistrantūros studentus Bendrovėje rengti antrosios (magistro) studijų pakopos baigiamuosius darbus.
Geriausiems studentams, kurie 2021-2022 mokslo metais baigiamuosius studijų darbus rengs Bendrovėje, bus skirtos vardinės „Thermo Fisher Scientific stipendijos – 1.800 Eur. vieniems mokslo metams. Studentams, rengiantiems baigiamuosius darbus 2 metus, nepablogėjus jų studijų rezultatams – iš viso skiriama 3.600 Eur. stipendija.
Skiriant stipendiją įvertinami studento studijų rezultatai ir pažangumas (bakalauro baigiamojo darbo (egzaminų) įvertinimas ir studijų pagrindinės studijų krypties (šakos) dalykų svertinis vidurkis ne mažiau kaip 8 balai), motyvacija ir praktiniai tiriamojo darbo įgūdžiai. Paskyrus stipendiją, studentai turi galimybę gauti valstybės, „Thermo Fisher Scientic“ ar kitokias stipendijas.
Paraiškas magistrantūros 1 kurso studentai turi pateikti iki 2021 m. rugsėjo 27 d.
Konkursui studentai el. paštu turi pateikti šiuos dokumentus:

gyvenimo aprašymą (CV);
motyvacinį laišką, nurodant baigiamojo darbo, kurį norėtų rengti UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“, tyrimų kryptis. Visos siūlomos kryptys nurodytos stipendijos skyrimo 2021-2022 mokslo metams stipendijos konkurso sąlygose;
bakalauro diplomo ir priedėlio kopijas;
brandos atestato priedo kopiją (brandos egzaminų rezultatus);
kitus studento studijų pasiekimus, visuomeninės ir/ar mokslinės veiklos (dalyvavimas mokslinėse olimpiadose ir pan., jei yra) pasiekimus įrodančių dokumentų kopijas;
rekomenduojančio Universiteto padalinio darbo vadovo ar grupės vadovo arba darbovietės vadovo rekomendacija būtų privalumas.

Dokumentus prašome pateikti per Vilnius Tech dokumentų valdymo sistemą (DVS) adresu crypt:PGEgaHJlZj0ibWFpbHRvOnZpbG5pdXN0ZWNoQHZpbG5pdXN0ZWNoLmx0IiBzdHlsZT0iY29sb3I6Ymx1ZTsgdGV4dC1kZWNvcmF0aW9uOnVuZGVybGluZSI+PHNwYW4gbGFuZz0iTFQiIHN0eWxlPSJmb250LXNpemU6MTIuMHB0Ij48c3BhbiBzdHlsZT0iZm9udC1mYW1pbHk6JnF1b3Q7VGltZXMgTmV3IFJvbWFuJnF1b3Q7LCZxdW90O3NlcmlmJnF1b3Q7Ij52aWxuaXVzdGVjaEB2aWxuaXVzdGVjaC5sdDwvc3Bhbj48L3NwYW4+PC9hPg==:xx, nurodant „Paraiška Thermo Fisher Scientific stipendijai gauti“.
Iškilus klausimams, prašome kreiptis į UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ atstovą Saulių Burbulį: el. paštu crypt:PGEgaHJlZj0ibWFpbHRvOnNhdWxpdXMuYnVyYnVsaXNAdGhlcm1vZmlzaGVyLmNvbSIgc3R5bGU9ImNvbG9yOmJsdWU7IHRleHQtZGVjb3JhdGlvbjp1bmRlcmxpbmUiPnNhdWxpdXMuYnVyYnVsaXNAdGhlcm1vZmlzaGVyLmNvbTwvYT4=:xx, telefonu +370 640 68532 arba į Universiteto Chemijos ir bioinžinerijos katedros reikalų tvarkytoją Danguolę Kiršienę el. paštu: crypt:PGEgaHJlZj0ibWFpbHRvOmRhbmd1b2xlLmtpcnNpZW5lQHZpbG5pdXN0ZWNoLmx0IiBzdHlsZT0iY29sb3I6Ymx1ZTsgdGV4dC1kZWNvcmF0aW9uOnVuZGVybGluZSI+ZGFuZ3VvbGUua2lyc2llbmVAdmlsbml1c3RlY2gubHQ8L2E+:xx

Sąlygos

- Puslapio administratoriai:
- Ričardas Mališauskas
- Greta Markūnaitė
- Augustė Jablonskytė
- Agnė Augustinaitė