Fakultetas turi jungtinę doktorantūrą su trimis Lietuvos universitetais: Vytauto Didžiojo universitetu, Kauno technologijos universitetu ir Klaipėdos universitetu. Jungtinėje Transporto inžinerijos mokslo krypties doktorantūroje rengiama dėstytojų, mokslininkų tyrėjų pamaina. 2020 metais mokslų daktaro disertacijas apsigynė 3 gabūs žmonės, kurie atnaujino ir sustiprino fakulteto dėstytojų gretas. Disertacijas apgynė fakulteto doktorantai Algimantas Danilevičius, Vytenis Surblys ir Mantas Felneris. Jų atlikti moksliniai tyrimai svariai prisideda prie šalies transporto aktualių nūdienos problemų sprendimo.
Fakulteto mokslininkų rengiamas ir leidžiamas tarptautinis mokslo žurnalas "TRANSPORT" - vienas labiausiai cituojamų MII bazėse (ISI Web of Science) šios srities žurnalų pasaulyje, turintis vienus iš aukščiausių reitingų.