Aplinkos inžinerijos fakulteto pradininku laikytinas MIESTŲ STATYBOS FAKULTETAS įsteigtas 1968 metais, kaip Kauno politechnikos instituto Vilniaus filialo fakultetas.
1969 metais pertvarkius filialą į Vilniaus inžinerinį statybos institutą, fakultetas išlaikė savo vardą iki 1990-09-01. Fakultete buvo ruošiami taikomosios geodezijos, miestų statybos ir automobilių kelių inžinieriai.
Iš Kauno į VISI perkėlus „Šilumos, dujų tiekimo ir vėdinimo“ bei „Vandentvarkos“ specialybes, 1987 metais įsteigtas KOMUNALINIO ŪKIO FAKULTETAS. Toks fakultetas gyvavo iki 1990 metų.
1990 metais susijungus Miestų statybos ir Komunalinio ūkio fakultetams įsteigtas INŽINERINIŲ KOMUNIKACIJŲ FAKULTETAS. Taip fakultetas buvo vadinamas iki 1992 metų.
Nuo 1992 metų jis buvo vadinamas MIESTŲ INŽINERIJOS FAKULTETU. Šį vardą fakultetas turėjo iki 1995 metų.
Nuo 1995 metų fakultetas vadinamas APLINKOS INŽINERIJOS FAKULTETU.
