Statybos fakultete studijuoja doktorantai iš Lietuvos ir užsienio. Dauguma doktorantūros vietų finansuojama valstybės, tačiau dalis doktorantų studijuoja savo ar įmonės lėšomis. Fakulteto mokslininkai kasmet aktyviai ir sėkmingai dalyvauja Lietuvos mokslo tarybos (LMT) rengiamame konkurse dėl papildomų doktorantūros vietų, todėl dalis doktoantūros vietų finansuojamos LMT.
Doktorantūros studijos fakultete vyksta keliose mokslinių tyrimų kryptyse:
Statybos inžinerija, T002
Medžiagų inžinerija, T008
Mechanikos inžinerija, T009
Fakulete kiekvienais metais sėkmingai apginama 8-12 disertacijų. Doktorantų skaičius fakultete - apie 50. Nuolatinės formos mokslo doktorantūros trukmė - iki 4 metų, ištęstinės formos - iki 6 metų.