Nuo 2011 metų studentai norintys tapti vandentvarkos specialistais turi  stoti į Aplinkos apsaugos inžinerijos studijų programą ir pasirinkti Vandentvarkos specializaciją.
Aplinkos inžinerijos studijų programa skirta rengti specialistus, kurie gebėtų kritiškai stebėti ir įvertinti aplinkos taršos problemas, planuoti ir įgyvendinti inžinerines aplinkos taršos prevencijos ir aplinkos kokybės būklės stabilizavimo priemones, projektuoti šiuolaikinius aplinkosaugos įrenginius, skirtus aplinkos ir žmogaus gyvenimo kokybei gerinti, domėtis technologijos mokslų naujovėmis ir jas taikyti įvairiomis aplinkybėmis, mokančius susieti savo profesinius įgūdžius su verslo ir vadybos pagrindais, sugeba palaikyti savo profesinę kompetenciją mokydamasis visą gyvenimą.
Studentai gali pasirinkti vieną iš trijų specializacijų: aplinkos apsaugos technologiją, aplinkos apsaugos vadybą arba vandentvarką.
Pabaigus studijas suteikiamas Aplinkos inžinerijos bakalauro vardas mokomasi 4 metus, studijos dieninės.
Baigę aplinkos inžinerijos studijas Vandentvarkos specializacijoje studentai turi žinoti kaip analizuoti ir vertinti įvairias globalias, regionines ir lokalias aplinkos taršos problemas ir aplinkos būklę, planuoti ir įgyvendinti inžinerines aplinkos taršos prevencijos, žinoti racionalaus vandens panaudojimo principus ir metodus, gebėti projektuoti ir eksploatuoti šalto ir karšto vandentiekio, buitinių ir lietaus nuotekų sistemas pastatuose ir miesto inžinerines sistemas, vandens tiekimo ir nuotekų šalinimo siurblines, vandens ruošimo ir nuotekų valymo įrenginius, bei vykdyti jų techninės priežiūros darbus.

Programos tikslas parengti specialistus, kurie, turėdami žinių, sukauptų studijuojant bendruosius, studijų pagrindų ir specialiųjų studijų dalykus, gebėtų: atpažinti, formuluoti ir spręsti su statinių inžinerinėmis sistemomis (šildymo, vėdinimo, vandentiekio, nuotakyno, transporto, ryšių, signalizacijos ir kitomis patalpų mikroklimatui ir darbo sąlygoms kurti skirtomis sistemomis) susijusias problemas; planuoti projektuoti, naudoti naujus ir esamus įrenginius ir sistemas, pasižyminčias darniu, subalansuotu energijos ir išteklių poreikiu bei poveikiu aplinkai, aukštu jų naudojimo ir valdymo efektyvumu, rentabilumu, kokybe ir patikimumu.

Statinių inžinerinių sistemų bakalauro kvalifikacija reikalinga norint dirbti projektavimo, statybos, prekybos, naudojimo ir priežiūros organizacijose, kurių veikla susijusi su pastatų šildymo, vėdinimo, dujų, elektros ir šilumos tiekimo, sanitarinių, vandentvarkos, transporto, ryšių, signalizacijos sistemomis ir įrenginiais.

Pabaigus studijas suteikiamas Statybos inžinerijos bakalauro vardas, mokomasi 6 metus, studijos neakivaizdinės.

Studijų programą kuruoja dvi katedros: Pastatų energetikos ir Vandentvarkos. Studentai studijų metu gali pasirinkti dalį dalykų. Baigiamojo darbo temą studentai renkasi iš vienos iš katedros temų.

Vandens ūkio inžinerijos studijų programos tikslas yra rengti specialistus, kurie turėtų tokius gebėjimus ir įgūdžius:

Magistrai galės dirbti valstybinėse ir savivaldybių institucijose, susijusiose su vandens apsauga ir valdymu, vandentvakos ūkį eksploatuojančiose, prižiūrinčiose ir statančiose įmonėse, projektavimo ir prekybos bendrovėse, pramonės įmonėse.

Pabaigus studijas suteikiamas Vandens inžinerijos magistro vardas mokomasi 2 metus, studijos vyksta vakarais. Taip pat yra sudaryta galimybė mokytis 2,5 metų, ištęstinėse studijose.

Būsimieji vandens inžinerijos magistrai studijuoja šiuos privalomus dalykus: vandens išteklių valdymas, aprūpinimo energija sistemos, moksliniai tyrimai ir inovacijos, poveikio aplinkai vertinimas, hidrotechnikos statiniai, vandentvarkos ūkio valdymas, nuotekų valymo technologijos, vandens ruošimas, vandentvarkos sistemų darbo optimizavimas, vandens apsaugos politika, tarptautinių projektų vadyba, bei pasirenkamus dalykus: paviršinių nuotekų tvarkymas, informacinės technologijos inžinerijoje, vandens ūkio geoinformacinės sistemos, individualios vandentvarkos sistemos, atvirų vagų hidraulika, vandens apsaugos politika, teisė ir ekonomika. Dalykai, skirti gilinti teorines ir praktines žinias ir jas taikyti su vandens ūkio inžinerija susijusioje veikloje. Iš viso mokomasi 13 dalykų, atliekami atsiskaitymai už tris tiriamuosius darbus, bei rašomas baigiamasis magistro darbas, kuris ginamas viešai.